[Bio] / FigKernelPackages / FFserver.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FFserver.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.17, Wed Jul 8 20:36:20 2009 UTC revision 1.18, Mon Jul 20 21:48:52 2009 UTC
# Line 193  Line 193 
193                                    id_seq => $input]);                                    id_seq => $input]);
194  }  }
195    
196    sub find_rnas
197    {
198        my($self, $input, $genus, $species, $domain) = @_;
199    
200        if (ref($input) ne 'ARRAY')
201        {
202            my $fh;
203            if (ref($input))
204            {
205                $fh = $input;
206            }
207            else
208            {
209                my $fasta_file = $input;
210                open($fh, "<", $fasta_file);
211            }
212            $input = [];
213            while (my($id, $seqp, $com) = FastaWorkQueue::read_fasta_record($fh))
214            {
215                push(@$input, "$id,$$seqp");
216            }
217            close($fh);
218        }
219    
220        return $self->run_query_form([function => "find_rnas",
221                                      genus => $genus,
222                                      species => $species,
223                                      domain => $domain,
224                                      id_seq => $input]);
225    }
226    
227  sub assign_functions_to_dna  sub assign_functions_to_dna
228  {  {
229      my($self, $input, $min_hits, $max_gap, $blast) = @_;      my($self, $input, $min_hits, $max_gap, $blast) = @_;

Legend:
Removed from v.1.17  
changed lines
  Added in v.1.18

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3