[Bio] / FigKernelPackages / FFserver.pm Repository:
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Diff of /FigKernelPackages/FFserver.pm

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revision 1.15, Mon Jun 29 16:33:40 2009 UTC revision 1.16, Wed Jul 1 17:43:53 2009 UTC
# Line 110  Line 110 
110    
111  sub run_query_form  sub run_query_form
112  {  {
113      my($self, $form) = @_;      my($self, $form, $raw) = @_;
114    
115      my $res = $self->{ua}->post($self->{server_url}, $form);      my $res = $self->{ua}->post($self->{server_url}, $form);
116    
117      if ($res->is_success)      if ($res->is_success)
118      {      {
119          my $content = $res->content;          my $content = $res->content;
120            if ($raw)
121            {
122                return $content;
123            }
124    
125  #       print "Got $content\n";  #       print "Got $content\n";
126          my $ret;          my $ret;
127          eval {          eval {
# Line 159  Line 164 
164                                $params, $req_bytes);                                $params, $req_bytes);
165  }  }
166    
167    sub call_genes
168    {
169        my($self, $input, $genetic_code) = @_;
170    
171        if (ref($input) ne 'ARRAY')
172        {
173            my $fh;
174            if (ref($input))
175            {
176                $fh = $input;
177            }
178            else
179            {
180                my $fasta_file = $input;
181                open($fh, "<", $fasta_file);
182            }
183            $input = [];
184            while (my($id, $seqp, $com) = FastaWorkQueue::read_fasta_record($fh))
185            {
186                push(@$input, "$id,$$seqp");
187            }
188            close($fh);
189        }
190    
191        return $self->run_query_form([function => "call_genes",
192                                      genetic_code => $genetic_code,
193                                      id_seq => $input], 1);
194    }
195    
196  sub assign_functions_to_dna  sub assign_functions_to_dna
197  {  {
198      my($self, $input, $min_hits, $max_gap, $blast) = @_;      my($self, $input, $min_hits, $max_gap, $blast) = @_;

Legend:
Removed from v.1.15  
changed lines
  Added in v.1.16

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