[Bio] / FigKernelPackages / FFserver.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FFserver.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.12, Fri May 22 17:09:20 2009 UTC revision 1.13, Thu Jun 4 21:23:01 2009 UTC
# Line 112  Line 112 
112    
113      if ($res->is_success)      if ($res->is_success)
114      {      {
115          return Load($res->content);          my $content = $res->content;
116    #       print "Got $content\n";
117            my $ret;
118            eval {
119                $ret = Load($content);
120            };
121            if ($@)
122            {
123                die "Query returned unparsable content ($@): " . $content;
124            }
125            return $ret;
126      }      }
127      else      else
128      {      {
# Line 151  Line 161 
161    
162      $min_hits = 3 unless defined($min_hits);      $min_hits = 3 unless defined($min_hits);
163      $max_gap = 600 unless defined($max_gap);      $max_gap = 600 unless defined($max_gap);
164        $blast = 0 unless defined($blast);
165    
166      my $wq;      my $wq;
167    
# Line 163  Line 174 
174          $wq = FastaWorkQueue->new($input);          $wq = FastaWorkQueue->new($input);
175      }      }
176    
177      my $req_bytes = $blast ? 1000 : 16000;      my $req_bytes = $blast ? 1000 : 500000;
178      my $params = [min_hits => $min_hits, max_gap => $max_gap, blast => $blast];      my $params = [min_hits => $min_hits, max_gap => $max_gap, blast => $blast];
179      return ResultHandler->new($wq, $self->{server_url}, 'assign_functions_to_DNA',      return ResultHandler->new($wq, $self->{server_url}, 'assign_functions_to_DNA',
180                                \&id_seq_pair_bundler,                                \&id_seq_pair_bundler,
# Line 212  Line 223 
223          ua => LWP::UserAgent->new(),          ua => LWP::UserAgent->new(),
224          cur_result => undef,          cur_result => undef,
225          form_vars => $form_vars ? $form_vars : [],          form_vars => $form_vars ? $form_vars : [],
226          req_byts => ($req_bytes ? $req_bytes : 16000),          req_bytes => ($req_bytes ? $req_bytes : 16000),
227      };      };
228      return bless $self, $class;      return bless $self, $class;
229  }  }
# Line 222  Line 233 
233      my($self) = @_;      my($self) = @_;
234    
235      my $res =  $self->get_next_from_result();      my $res =  $self->get_next_from_result();
236        # print "gnfr returns: " , Dumper($res);
237    
238      if ($res)      if ($res)
239      {      {
# Line 229  Line 241 
241      }      }
242      else      else
243      {      {
244          my @inp = $self->{work_queue}->get_next_n_bytes(16000);  
245          if (@inp)          while (my @inp = $self->{work_queue}->get_next_n_bytes($self->{req_bytes}))
246          {          {
247              my $form = [@{$self->{form_vars}}];              my $form = [@{$self->{form_vars}}];
248              push(@$form, function => $self->{function},              push(@$form, function => $self->{function},
# Line 240  Line 252 
252              my $res = $self->{ua}->post($self->{server_url}, $form);              my $res = $self->{ua}->post($self->{server_url}, $form);
253              if ($res->is_success)              if ($res->is_success)
254              {              {
255                    eval {
256                  $self->{cur_result} = [YAML::Load($res->content)];                  $self->{cur_result} = [YAML::Load($res->content)];
257                  #print "res: $self->{cur_result}\n";                  };
258                  return $self->get_next_from_result();                  if ($@)
259                    {
260                        die "Query returned unparsable content ($@): " . $res->content;
261              }              }
262              else                  # print "res: " . Dumper($self->{cur_result});
263                    my $oneres =  $self->get_next_from_result();
264                    if ($oneres)
265              {              {
266                  die "error " . $res->status_line . " on post " . $res->content;                      return $oneres;
267              }              }
268          }          }
269          else          else
270          {          {
271              return;                  die "error " . $res->status_line . " on post " . $res->content;
272                }
273          }          }
274            return;
275      }      }
276  }  }
277    

Legend:
Removed from v.1.12  
changed lines
  Added in v.1.13

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3