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Revision 1.4 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1
2 :     package FFserver;
3 :    
4 :     use LWP::UserAgent;
5 :     use Data::Dumper;
6 : olson 1.3 use YAML;
7 : olson 1.1
8 :     use strict;
9 :    
10 :     sub new
11 :     {
12 :     my($class, $server_url) = @_;
13 :    
14 : olson 1.3 $server_url = "http://servers.nmpdr.org/figfam/server.cgi" unless $server_url;
15 : olson 1.1
16 :    
17 :     my $self = {
18 :     server_url => $server_url,
19 :     ua => LWP::UserAgent->new(),
20 :     };
21 :    
22 :     return bless $self, $class;
23 :     }
24 :    
25 : olson 1.3 sub members_of_families
26 :     {
27 :     my($self, @ids) = @_;
28 : olson 1.4 return $self->run_query('members_of_families', @ids);
29 :     }
30 :    
31 :     sub should_be_member
32 :     {
33 :     my($self, @id_seq_pairs) = @_;
34 :     return $self->run_query('should_be_member', @id_seq_pairs);
35 :     }
36 :    
37 :     sub all_families
38 :     {
39 :     my($self) = @_;
40 :     return $self->run_query('all_families');
41 :     }
42 :    
43 :     sub run_query
44 :     {
45 :     my($self, $function, @args ) = @_;
46 :     my $form = [function => $function,
47 :     args => YAML::Dump(@args),
48 :     ];
49 : olson 1.3 return $self->run_query_form($form);
50 :     }
51 :    
52 :     sub run_query_form
53 :     {
54 :     my($self, $form) = @_;
55 :    
56 :     my $res = $self->{ua}->post($self->{server_url}, $form);
57 :    
58 :     if ($res->is_success)
59 :     {
60 :     return Load($res->content);
61 :     }
62 :     else
63 :     {
64 :     die "error on post " . $res->content;
65 :     }
66 :     }
67 :    
68 : olson 1.1 sub assign_function_to_prot
69 :     {
70 :     my($self, $input) = @_;
71 :    
72 : olson 1.2 my $wq;
73 :    
74 : olson 1.1 if (ref($input) eq 'ARRAY')
75 :     {
76 : olson 1.2 $wq = SequenceListWorkQueue->new($input);
77 : olson 1.1 }
78 :     else
79 :     {
80 : olson 1.2 $wq = FastaWorkQueue->new($input);
81 : olson 1.1 }
82 : olson 1.2
83 :     return ResultHandler->new($wq, $self->{server_url}, 'assign_function_to_prot', \&id_seq_pair_bundler, \&tab_delimited_output_parser);
84 : olson 1.1 }
85 :    
86 : olson 1.2 sub assign_functions_to_dna
87 : olson 1.1 {
88 : olson 1.2 my($self, $input) = @_;
89 : olson 1.1
90 : olson 1.2 my $wq;
91 : olson 1.1
92 : olson 1.2 if (ref($input) eq 'ARRAY')
93 : olson 1.1 {
94 : olson 1.2 $wq = SequenceListWorkQueue->new($input);
95 : olson 1.1 }
96 :     else
97 :     {
98 : olson 1.2 $wq = FastaWorkQueue->new($input);
99 : olson 1.1 }
100 : olson 1.2
101 : olson 1.3 return ResultHandler->new($wq, $self->{server_url}, 'assign_functions_to_DNA', \&id_seq_pair_bundler, \&tab_delimited_output_parser);
102 : olson 1.2 }
103 :    
104 :     sub id_seq_pair_bundler
105 :     {
106 :     my($item) = @_;
107 :     my($id, $seq) = @$item[0,2];
108 :     return "id_seq", join(",", $id, (ref($seq) eq 'SCALAR' ? $$seq : $seq));
109 :     }
110 :    
111 :     sub tab_delimited_output_parser
112 :     {
113 :     my($line) = @_;
114 :     chomp $line;
115 :     my @cols = split(/\t/, $line);
116 :     return \@cols;
117 :     }
118 :    
119 :    
120 :     sub tab_delimited_dna_data_output_parser
121 :     {
122 :     my($line) = @_;
123 :     chomp $line;
124 :     my ($id, $idbe, $fam) = split(/\t/, $line);
125 :     my ($beg, $end) = $idbe =~ /_(\d+)_(\d+)$/;
126 :     return [$id, $beg, $end, $fam];
127 : olson 1.1 }
128 :    
129 : olson 1.2 package ResultHandler;
130 : olson 1.1 use strict;
131 : olson 1.2 use Data::Dumper;
132 : olson 1.1
133 :     sub new
134 :     {
135 : olson 1.2 my($class, $work_queue, $server_url, $function, $input_bundler, $output_parser) = @_;
136 :    
137 : olson 1.1 my $self = {
138 : olson 1.2 work_queue => $work_queue,
139 :     server_url => $server_url,
140 :     function => $function,
141 :     input_bundler => $input_bundler,
142 :     output_parser => $output_parser,
143 :     ua => LWP::UserAgent->new(),
144 :     cur_result => undef,
145 : olson 1.1 };
146 :     return bless $self, $class;
147 :     }
148 :    
149 :     sub get_next
150 :     {
151 :     my($self) = @_;
152 :    
153 : olson 1.2 if ($self->{cur_result})
154 :     {
155 :     return $self->get_next_from_result();
156 :     }
157 :     else
158 :     {
159 :     my @inp = $self->{work_queue}->get_next_n_bytes(16000);
160 :     if (@inp)
161 :     {
162 :     my $form = [function => $self->{function},
163 :     map { &{$self->{input_bundler}}($_) } @inp ];
164 :     # print "Invoke " .Dumper($form);
165 :    
166 :     my $res = $self->{ua}->post($self->{server_url}, $form);
167 :     if ($res->is_success)
168 :     {
169 :     $self->{cur_result} = $res->content;
170 :     #print "res: $self->{cur_result}\n";
171 :     return $self->get_next_from_result();
172 :     }
173 :     else
174 :     {
175 : olson 1.3 die "error " . $res->status_line . " on post " . $res->content;
176 : olson 1.2 }
177 :     }
178 :     else
179 :     {
180 :     return;
181 :     }
182 :     }
183 :     }
184 :    
185 :     sub get_next_from_result
186 :     {
187 :     my($self) = @_;
188 :     if ($self->{cur_result} =~ s/^([^\n]*)\n//)
189 :     {
190 :     return &{$self->{output_parser}}($1);
191 :     }
192 :     }
193 :    
194 :     package SequenceWorkQueue;
195 :     use strict;
196 :    
197 :     sub new
198 :     {
199 :     my($class) = @_;
200 :    
201 :     my $self = {};
202 :    
203 :     return bless $self, $class;
204 :     }
205 : olson 1.1
206 : olson 1.2 sub get_next_n
207 :     {
208 :     my($self, $n) = @_;
209 :     my @out;
210 :    
211 :     for (my $i = 0;$i < $n; $i++)
212 : olson 1.1 {
213 : olson 1.2 my($id, $com, $seqp) = $self->get_next();
214 :     if (defined($id))
215 :     {
216 :     push(@out, [$id, $com, $seqp]);
217 :     }
218 :     else
219 :     {
220 :     last;
221 :     }
222 : olson 1.1 }
223 : olson 1.2 return @out;
224 :     }
225 :    
226 :     sub get_next_n_bytes
227 :     {
228 :     my($self, $n) = @_;
229 :     my @out;
230 :    
231 :     my $size = 0;
232 :     while ($size < $n)
233 : olson 1.1 {
234 : olson 1.2 my($id, $com, $seqp) = $self->get_next();
235 :     if (defined($id))
236 :     {
237 :     push(@out, [$id, $com, $seqp]);
238 :     $size += (ref($seqp) eq 'SCALAR') ? length($$seqp) : length($seqp);
239 :     }
240 :     else
241 :     {
242 :     last;
243 :     }
244 : olson 1.1 }
245 : olson 1.2 return @out;
246 : olson 1.1 }
247 :    
248 : olson 1.2 package FastaWorkQueue;
249 : olson 1.1 use strict;
250 : olson 1.2 use base 'SequenceWorkQueue';
251 : olson 1.1 use FileHandle;
252 :     use FIG;
253 :    
254 :     sub new
255 :     {
256 : olson 1.2 my($class, $input) = @_;
257 : olson 1.1
258 :     my $fh;
259 :     if (ref($input))
260 :     {
261 :     $fh = $input;
262 :     }
263 :     else
264 :     {
265 :     $fh = new FileHandle("<$input");
266 :     }
267 : olson 1.2
268 :     my $self = $class->SUPER::new();
269 :    
270 :     $self->{fh} = $fh;
271 :    
272 : olson 1.1 return bless $self, $class;
273 :     }
274 :    
275 :     sub get_next
276 :     {
277 :     my($self) = @_;
278 :    
279 : olson 1.2 my($id, $seqp, $com) = &FIG::read_fasta_record($self->{fh});
280 :     return defined($id) ? ($id, $com, $seqp) : ();
281 :     }
282 :    
283 :     package SequenceListWorkQueue;
284 :     use strict;
285 :     use base 'SequenceWorkQueue';
286 : olson 1.1
287 : olson 1.2 sub new
288 :     {
289 :     my($class, $input) = @_;
290 :    
291 :     my $fh;
292 :     if (ref($input) ne 'ARRAY')
293 : olson 1.1 {
294 : olson 1.2 die "SequenceWorkQueue requires a list as input";
295 : olson 1.1 }
296 : olson 1.2
297 :     my $self = $class->SUPER::new();
298 :    
299 :     $self->{list} = $input;
300 :    
301 :     return bless $self, $class;
302 :     }
303 :    
304 :     sub get_next
305 :     {
306 :     my($self) = @_;
307 :    
308 :     my $top = shift @{$self->{list}};
309 :    
310 :     return defined($top) ? @$top : ();
311 : olson 1.1 }
312 : olson 1.2
313 :    
314 : olson 1.1 1;
315 : olson 1.2

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