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Annotation of /FigKernelPackages/FFserver.pm

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Revision 1.12 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1
2 :     package FFserver;
3 :    
4 :     use LWP::UserAgent;
5 :     use Data::Dumper;
6 : olson 1.3 use YAML;
7 : olson 1.1
8 :     use strict;
9 :    
10 :     sub new
11 :     {
12 :     my($class, $server_url) = @_;
13 :    
14 : olson 1.3 $server_url = "http://servers.nmpdr.org/figfam/server.cgi" unless $server_url;
15 : olson 1.1
16 :    
17 :     my $self = {
18 :     server_url => $server_url,
19 :     ua => LWP::UserAgent->new(),
20 :     };
21 : olson 1.11 $self->{ua}->timeout(10 * 60);
22 : olson 1.1
23 :     return bless $self, $class;
24 :     }
25 :    
26 : olson 1.3 sub members_of_families
27 :     {
28 :     my($self, @ids) = @_;
29 : olson 1.4 return $self->run_query('members_of_families', @ids);
30 :     }
31 :    
32 : olson 1.6 sub families_containing_peg
33 :     {
34 :     my($self, @ids) = @_;
35 :     return $self->run_query('families_containing_peg', @ids);
36 :     }
37 :    
38 : arodri7 1.9 sub function_of
39 :     {
40 :     my($self, @ids) = @_;
41 :     return $self->run_query('function_of', @ids);
42 :     }
43 :    
44 :     sub org_of
45 :     {
46 :     my($self, @ids) = @_;
47 :     return $self->run_query('org_of', @ids);
48 :     }
49 :    
50 :     sub seq_of
51 :     {
52 :     my($self, @ids) = @_;
53 :     return $self->run_query('seq_of', @ids);
54 :     }
55 :    
56 :     sub aliases_of
57 :     {
58 :     my($self, @ids) = @_;
59 :     return $self->run_query('aliases_of', @ids);
60 :     }
61 :    
62 :     sub families_implementing_role
63 :     {
64 :     my($self,@roles) = @_;
65 :     return $self->run_query('families_implementing_role', @roles);
66 :     }
67 :    
68 :     sub families_with_function
69 :     {
70 :     my($self,@functions) = @_;
71 :     return $self->run_query('families_with_function', @functions);
72 :     }
73 :    
74 :     sub families_in_genome
75 :     {
76 :     my($self,@genomes) = @_;
77 :     return $self->run_query('families_in_genome', @genomes);
78 :     }
79 :    
80 :     sub get_subsystem_based_figfams
81 :     {
82 :     my ($self) = @_;
83 :     return $self->run_query('get_subsystem_based_figfams');
84 :     }
85 :    
86 : olson 1.4 sub should_be_member
87 :     {
88 :     my($self, @id_seq_pairs) = @_;
89 :     return $self->run_query('should_be_member', @id_seq_pairs);
90 :     }
91 :    
92 :     sub all_families
93 :     {
94 :     my($self) = @_;
95 :     return $self->run_query('all_families');
96 :     }
97 :    
98 :     sub run_query
99 :     {
100 :     my($self, $function, @args ) = @_;
101 :     my $form = [function => $function,
102 :     args => YAML::Dump(@args),
103 :     ];
104 : olson 1.3 return $self->run_query_form($form);
105 :     }
106 :    
107 :     sub run_query_form
108 :     {
109 :     my($self, $form) = @_;
110 :    
111 :     my $res = $self->{ua}->post($self->{server_url}, $form);
112 :    
113 :     if ($res->is_success)
114 :     {
115 :     return Load($res->content);
116 :     }
117 :     else
118 :     {
119 : olson 1.7 die "error on post " . $res->status_line . " " . $res->content;
120 : olson 1.3 }
121 :     }
122 :    
123 : olson 1.1 sub assign_function_to_prot
124 :     {
125 : olson 1.10 my($self, $input, $blast, $min_hits) = @_;
126 : olson 1.1
127 : olson 1.2 my $wq;
128 : olson 1.10
129 :     my $params = [blast => $blast, min_hits => $min_hits];
130 : olson 1.2
131 : olson 1.1 if (ref($input) eq 'ARRAY')
132 :     {
133 : olson 1.2 $wq = SequenceListWorkQueue->new($input);
134 : olson 1.1 }
135 :     else
136 :     {
137 : olson 1.2 $wq = FastaWorkQueue->new($input);
138 : olson 1.1 }
139 : olson 1.2
140 : olson 1.11 my $req_bytes = $blast ? 1000 : 16000;
141 :    
142 : olson 1.10 return ResultHandler->new($wq, $self->{server_url}, 'assign_function_to_prot', \&id_seq_pair_bundler,
143 :     #\&tab_delimited_output_parser,
144 :     \&YAML::Load,
145 : olson 1.11 $params, $req_bytes);
146 : olson 1.1 }
147 :    
148 : olson 1.2 sub assign_functions_to_dna
149 : olson 1.1 {
150 : olson 1.10 my($self, $input, $min_hits, $max_gap, $blast) = @_;
151 : olson 1.1
152 : olson 1.12 $min_hits = 3 unless defined($min_hits);
153 :     $max_gap = 600 unless defined($max_gap);
154 :    
155 : olson 1.2 my $wq;
156 : olson 1.1
157 : olson 1.2 if (ref($input) eq 'ARRAY')
158 : olson 1.1 {
159 : olson 1.2 $wq = SequenceListWorkQueue->new($input);
160 : olson 1.1 }
161 :     else
162 :     {
163 : olson 1.2 $wq = FastaWorkQueue->new($input);
164 : olson 1.1 }
165 : olson 1.2
166 : olson 1.11 my $req_bytes = $blast ? 1000 : 16000;
167 : olson 1.10 my $params = [min_hits => $min_hits, max_gap => $max_gap, blast => $blast];
168 :     return ResultHandler->new($wq, $self->{server_url}, 'assign_functions_to_DNA',
169 :     \&id_seq_pair_bundler,
170 : olson 1.11 \&tab_delimited_output_parser, $params, $req_bytes);
171 : olson 1.2 }
172 :    
173 :     sub id_seq_pair_bundler
174 :     {
175 :     my($item) = @_;
176 :     my($id, $seq) = @$item[0,2];
177 :     return "id_seq", join(",", $id, (ref($seq) eq 'SCALAR' ? $$seq : $seq));
178 :     }
179 :    
180 :     sub tab_delimited_output_parser
181 :     {
182 :     my($line) = @_;
183 :     chomp $line;
184 :     my @cols = split(/\t/, $line);
185 :     return \@cols;
186 :     }
187 :    
188 :    
189 :     sub tab_delimited_dna_data_output_parser
190 :     {
191 :     my($line) = @_;
192 :     chomp $line;
193 :     my ($id, $idbe, $fam) = split(/\t/, $line);
194 :     my ($beg, $end) = $idbe =~ /_(\d+)_(\d+)$/;
195 :     return [$id, $beg, $end, $fam];
196 : olson 1.1 }
197 :    
198 : olson 1.2 package ResultHandler;
199 : olson 1.1 use strict;
200 : olson 1.2 use Data::Dumper;
201 : olson 1.1
202 :     sub new
203 :     {
204 : olson 1.11 my($class, $work_queue, $server_url, $function, $input_bundler, $output_parser, $form_vars, $req_bytes) = @_;
205 : olson 1.2
206 : olson 1.1 my $self = {
207 : olson 1.2 work_queue => $work_queue,
208 :     server_url => $server_url,
209 :     function => $function,
210 :     input_bundler => $input_bundler,
211 :     output_parser => $output_parser,
212 :     ua => LWP::UserAgent->new(),
213 :     cur_result => undef,
214 : olson 1.5 form_vars => $form_vars ? $form_vars : [],
215 : olson 1.11 req_byts => ($req_bytes ? $req_bytes : 16000),
216 : olson 1.1 };
217 :     return bless $self, $class;
218 :     }
219 :    
220 :     sub get_next
221 :     {
222 :     my($self) = @_;
223 :    
224 : olson 1.10 my $res = $self->get_next_from_result();
225 :    
226 :     if ($res)
227 : olson 1.2 {
228 : olson 1.10 return $res;
229 : olson 1.2 }
230 :     else
231 :     {
232 :     my @inp = $self->{work_queue}->get_next_n_bytes(16000);
233 :     if (@inp)
234 :     {
235 : olson 1.5 my $form = [@{$self->{form_vars}}];
236 :     push(@$form, function => $self->{function},
237 :     map { &{$self->{input_bundler}}($_) } @inp);
238 : olson 1.8 # print "Invoke " .Dumper($form);
239 : olson 1.2
240 :     my $res = $self->{ua}->post($self->{server_url}, $form);
241 :     if ($res->is_success)
242 :     {
243 : olson 1.10 $self->{cur_result} = [YAML::Load($res->content)];
244 : olson 1.2 #print "res: $self->{cur_result}\n";
245 :     return $self->get_next_from_result();
246 :     }
247 :     else
248 :     {
249 : olson 1.3 die "error " . $res->status_line . " on post " . $res->content;
250 : olson 1.2 }
251 :     }
252 :     else
253 :     {
254 :     return;
255 :     }
256 :     }
257 :     }
258 :    
259 :     sub get_next_from_result
260 :     {
261 :     my($self) = @_;
262 : olson 1.10 my $l = $self->{cur_result};
263 :     if ($l and @$l)
264 :     {
265 :     return shift(@$l);
266 :     }
267 :     else
268 : olson 1.2 {
269 : olson 1.10 delete $self->{cur_result};
270 :     return undef;
271 : olson 1.2 }
272 :     }
273 :    
274 :     package SequenceWorkQueue;
275 :     use strict;
276 :    
277 :     sub new
278 :     {
279 :     my($class) = @_;
280 :    
281 :     my $self = {};
282 :    
283 :     return bless $self, $class;
284 :     }
285 : olson 1.1
286 : olson 1.2 sub get_next_n
287 :     {
288 :     my($self, $n) = @_;
289 :     my @out;
290 :    
291 :     for (my $i = 0;$i < $n; $i++)
292 : olson 1.1 {
293 : olson 1.2 my($id, $com, $seqp) = $self->get_next();
294 :     if (defined($id))
295 :     {
296 :     push(@out, [$id, $com, $seqp]);
297 :     }
298 :     else
299 :     {
300 :     last;
301 :     }
302 : olson 1.1 }
303 : olson 1.2 return @out;
304 :     }
305 :    
306 :     sub get_next_n_bytes
307 :     {
308 :     my($self, $n) = @_;
309 :     my @out;
310 :    
311 :     my $size = 0;
312 :     while ($size < $n)
313 : olson 1.1 {
314 : olson 1.2 my($id, $com, $seqp) = $self->get_next();
315 :     if (defined($id))
316 :     {
317 :     push(@out, [$id, $com, $seqp]);
318 :     $size += (ref($seqp) eq 'SCALAR') ? length($$seqp) : length($seqp);
319 :     }
320 :     else
321 :     {
322 :     last;
323 :     }
324 : olson 1.1 }
325 : olson 1.2 return @out;
326 : olson 1.1 }
327 :    
328 : olson 1.2 package FastaWorkQueue;
329 : olson 1.1 use strict;
330 : olson 1.2 use base 'SequenceWorkQueue';
331 : olson 1.1 use FileHandle;
332 :     use FIG;
333 :    
334 :     sub new
335 :     {
336 : olson 1.2 my($class, $input) = @_;
337 : olson 1.1
338 :     my $fh;
339 :     if (ref($input))
340 :     {
341 :     $fh = $input;
342 :     }
343 :     else
344 :     {
345 :     $fh = new FileHandle("<$input");
346 :     }
347 : olson 1.2
348 :     my $self = $class->SUPER::new();
349 :    
350 :     $self->{fh} = $fh;
351 :    
352 : olson 1.1 return bless $self, $class;
353 :     }
354 :    
355 :     sub get_next
356 :     {
357 :     my($self) = @_;
358 :    
359 : olson 1.2 my($id, $seqp, $com) = &FIG::read_fasta_record($self->{fh});
360 :     return defined($id) ? ($id, $com, $seqp) : ();
361 :     }
362 :    
363 :     package SequenceListWorkQueue;
364 :     use strict;
365 :     use base 'SequenceWorkQueue';
366 : olson 1.1
367 : olson 1.2 sub new
368 :     {
369 :     my($class, $input) = @_;
370 :    
371 :     my $fh;
372 :     if (ref($input) ne 'ARRAY')
373 : olson 1.1 {
374 : olson 1.2 die "SequenceWorkQueue requires a list as input";
375 : olson 1.1 }
376 : olson 1.2
377 :     my $self = $class->SUPER::new();
378 :    
379 :     $self->{list} = $input;
380 :    
381 :     return bless $self, $class;
382 :     }
383 :    
384 :     sub get_next
385 :     {
386 :     my($self) = @_;
387 :    
388 :     my $top = shift @{$self->{list}};
389 :    
390 :     return defined($top) ? @$top : ();
391 : olson 1.1 }
392 : olson 1.2
393 :    
394 : olson 1.1 1;
395 : olson 1.2

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