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Revision 1.19 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1
2 :     #
3 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
4 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
5 :     #
6 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
7 :     #
8 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
9 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
10 :     # Public License.
11 :     #
12 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
13 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
14 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
15 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
16 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17 :     #
18 :     package FC;
19 :    
20 : parrello 1.17 =head1 Functional Coupling Methods
21 :    
22 :     =cut
23 :    
24 : overbeek 1.1 use strict;
25 :     use ERDB;
26 :     use Data::Dumper;
27 : overbeek 1.8 use Carp;
28 : parrello 1.19 use SeedUtils;
29 : overbeek 1.7 use PartitionSeqs;
30 : parrello 1.17 use Tracer;
31 : parrello 1.19 use FIG;
32 : parrello 1.17 no warnings 'redefine';
33 : overbeek 1.1
34 : overbeek 1.12 sub co_occurring_FIGfams {
35 :     my($db,$ff) = @_;
36 :    
37 :     my $query = $db->Get("Family HasMember Feature IsInPair Pairing Determines PairSet","Family(id) = ?",[$ff]);
38 :    
39 :     my(%hits,%pairsets,$row,$pairset,$sc);
40 :     while ($row = $query->Fetch())
41 :     {
42 :     ($pairset,$sc) = $row->Values(['PairSet(id)','PairSet(score)']);
43 :     $pairsets{$pairset} = $sc;
44 :     }
45 :    
46 :     while (($pairset,$sc) = each(%pairsets))
47 :     {
48 : overbeek 1.14 $query = $db->Get("IsDeterminedBy Pairing IsPairOf Feature IsMemberOf Family","IsDeterminedBy(from-link) = ?",[$pairset]);
49 : overbeek 1.12 while ($row = $query->Fetch())
50 :     {
51 : parrello 1.19 my($ff1,$fam_func) = $row->Values(['IsMemberOf(to-link)',
52 :     'Family(family-function)'
53 : overbeek 1.14 ]);
54 : overbeek 1.12 if ($ff1 ne $ff)
55 :     {
56 : overbeek 1.14 if ((! $hits{$ff1}) || ($hits{$ff1}->[0] < $sc))
57 : overbeek 1.12 {
58 : overbeek 1.14 $hits{$ff1} = [$sc,$fam_func];
59 : overbeek 1.12 }
60 :     }
61 :     }
62 :     }
63 :     return map { [$_,$hits{$_}] } sort { $hits{$b} <=> $hits{$a} } keys(%hits);
64 :     }
65 :    
66 : overbeek 1.1 sub co_occurs {
67 :     my($db,$peg) = @_;
68 :    
69 :     my @tuples;
70 :     my $query = $db->Get("IsInPair Pairing Determines PairSet",
71 :     "IsInPair(from-link) = ?", [$peg]);
72 :     while (my $row = $query->Fetch())
73 :     {
74 : overbeek 1.13 my ($pair, $pairset, $score) = $row->Values(['Determines(from-link)','PairSet(id)','PairSet(score)']);
75 : overbeek 1.1 my ($fid) = grep { $_ ne $peg } split(/:/, $pair);
76 : overbeek 1.13 push @tuples, [$score,$fid,$pairset];
77 : overbeek 1.1 }
78 :     return @tuples;
79 :     }
80 :    
81 : overbeek 1.15 sub co_occurs_batch {
82 :     my($db,$pegs) = @_;
83 :    
84 :     my @tuples;
85 :     my $query = $db->Get("IsInPair Pairing Determines PairSet",
86 :     "IsInPair(from-link) IN (" . join(", ", map { "'$_'" } @$pegs) . ")", []);
87 :     while (my $row = $query->Fetch())
88 :     {
89 :     my ($peg1,$pair,$score) = $row->Values(['IsInPair(from-link)','Determines(from-link)','PairSet(score)']);
90 :     my($peg2) = grep { $_ ne $peg1 } split(/:/,$pair);
91 :     push(@tuples, [$peg1,$peg2,$score]);
92 :     }
93 :     return wantarray ? @tuples : \@tuples;
94 :     }
95 :    
96 :     sub coupled_to {
97 :     my($db,$peg) = @_;
98 :     return map { [$_->[1],$_->[0]] } &FC::co_occurs($db,$peg);
99 :     }
100 :    
101 :     sub coupled_to_batch {
102 :     my($db,@pegs) = @_;
103 :    
104 :     return &FC::co_occurs_batch($db,\@pegs);
105 :     }
106 :    
107 : overbeek 1.9 sub in_co_occurrence_cluster {
108 :     my($db,$peg) = @_;
109 :    
110 :     my $query = $db->Get("OccursIn Cluster IsOccurrenceOf",
111 :     "OccursIn(from-link) = ?", [$peg]);
112 :     my @pegs = ();
113 :     while (my $row = $query->Fetch())
114 :     {
115 :     my($peg1) = $row->Values(['IsOccurrenceOf(to-link)']);
116 :     push(@pegs,$peg1);
117 :     }
118 :     return (@pegs > 0) ? \@pegs : undef;
119 :     }
120 :    
121 : overbeek 1.15 sub co_occurrence_evidence {
122 :     my($db,$peg1,$peg2) = @_;
123 :    
124 :     my $flipped = 0;
125 :     if ($peg1 gt $peg2)
126 :     {
127 :     $flipped = 1;
128 :     ($peg1,$peg2) = ($peg2,$peg1);
129 :     }
130 :     my $pairing_id = join(":",($peg1,$peg2));
131 :     my $query = $db->Get("Pairing Determines PairSet IsDeterminedBy",
132 :     "Pairing (id) = ?", [$pairing_id]);
133 :     my $tuples;
134 :     while (my $row = $query->Fetch())
135 :     {
136 :     my($pair_id,$inverted) = $row->Values(['IsDeterminedBy(to-link)','IsDeterminedBy(inverted)']);
137 :     my($peg3,$peg4) = split(":",$pair_id);
138 :     if ($flipped != $inverted) { ($peg3,$peg4) = ($peg4,$peg3) }
139 :     if ($peg3 ne $peg1)
140 :     {
141 :     push(@$tuples,[$peg3,$peg4]);
142 :     }
143 :     }
144 :     return $tuples;
145 :     }
146 :    
147 :     sub coupling_evidence {
148 :     my($db,$peg1,$peg2) = @_;
149 :    
150 :     my $tuples = &co_occurrence_evidence($db,$peg1,$peg2);
151 :     if (! $tuples) { return () }
152 :    
153 :     my $i;
154 :     my %seen;
155 :     for ($i=0; ($i < @$tuples); $i++)
156 :     {
157 :     my($peg3,$peg4) = @{$tuples->[$i]};
158 :     $peg3 =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/;
159 :     my $genome = $1;
160 :     my $otu = $db->OTU($genome);
161 :     if (! $seen{$otu})
162 :     {
163 :     $seen{$otu} = 1;
164 :     push(@{$tuples->[$i]},1);
165 :     }
166 :     else
167 :     {
168 :     push(@{$tuples->[$i]},0);
169 :     }
170 :     }
171 :     return wantarray ? @{$tuples} : $tuples;
172 :     }
173 :    
174 : overbeek 1.1 sub co_occurrence_and_evidence {
175 :     my($db,$peg) = @_;
176 :    
177 :     my @tuples;
178 :     my $query = $db->Get("IsInPair Pairing Determines PairSet IsDeterminedBy",
179 :     "IsInPair(from-link) = ?", [$peg]);
180 :     my @tuoples = ();
181 :     while (my $row = $query->Fetch())
182 :     {
183 :     push(@tuples,[$row->Values(['Determines(from-link)',
184 :     'PairSet(score)',
185 : overbeek 1.3 'IsDeterminedBy(inverted)',
186 : overbeek 1.1 'IsDeterminedBy(to-link)'])]);
187 :     }
188 : overbeek 1.2 @tuples = sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @tuples;
189 :     my @co_occurs = ();
190 :    
191 :     my $x = shift @tuples;
192 :     while ($x)
193 :     {
194 :     my $curr = $x->[0];
195 :     my $sc = $x->[1];
196 :     my @set = ();
197 :     while ($x && ($x->[0] eq $curr))
198 :     {
199 :     my($peg3,$peg4) = split(/:/,$x->[3]);
200 :     push(@set,($x->[2]) ? [$peg3,$peg4] : [$peg4,$peg3]);
201 :     $x = shift @tuples;
202 :     }
203 :     my $i;
204 :     for ($i=0; ($i < @set) && ($peg ne $set[$i]->[0]); $i++) {}
205 :     if ($i == @set)
206 :     {
207 :     @set = map { [$_->[1],$_->[0]] } @set;
208 :     }
209 :     my($peg2) = grep { $_ ne $peg } split(/:/,$curr);
210 : overbeek 1.3 push(@co_occurs,[$sc,$peg2,[grep { $_->[0] ne $peg } @set]]);
211 : overbeek 1.2 }
212 :     return sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @co_occurs;
213 : overbeek 1.1 }
214 :    
215 :     sub co_occurrence_set {
216 :     my($db,$set) = @_;
217 :    
218 :     my $pairs;
219 :     my $sc;
220 : overbeek 1.8
221 :     my $query = $db->Get("PairSet",
222 :     "PairSet(id) = ?", [$set]);
223 :     my $row = $query->Fetch();
224 :     if ($row)
225 : overbeek 1.1 {
226 : overbeek 1.8 ($sc) = $row->Values(['PairSet(score)']);
227 :     $pairs = [];
228 :     my $query = $db->Get("PairSet IsDeterminedBy",
229 :     "PairSet(id) = ?", [$set]);
230 :     while (my $row = $query->Fetch())
231 :     {
232 :     my($pairing,$inverted) = $row->Values(['IsDeterminedBy(to-link)','IsDeterminedBy(inverted)']);
233 :     my($peg1,$peg2) = split(/:/,$pairing);
234 :     push(@$pairs,$inverted ? [$peg2,$peg1] : [$peg1,$peg2]);
235 :     }
236 : overbeek 1.1 }
237 :     return ($sc,$pairs);
238 :     }
239 :    
240 : overbeek 1.3 sub all_co_occurrence_pair_sets {
241 :     my($db) = @_;
242 :    
243 :     my $query = $db->Get("PairSet","",[]);
244 :     my @PairSets = ();
245 :     while (my $row = $query->Fetch())
246 :     {
247 :     my($pair_set) = $row->Values(['PairSet(id)']);
248 :     push(@PairSets,$pair_set);
249 :     }
250 :     return @PairSets;
251 :     }
252 :    
253 :     sub all_co_occurrence_clusters {
254 :     my($db) = @_;
255 :    
256 :     my $query = $db->Get("Cluster","",[]);
257 :     my @Clusters = ();
258 :     while (my $row = $query->Fetch())
259 :     {
260 :     my($id) = $row->Values(['Cluster(id)']);
261 :     push(@Clusters,$id);
262 :     }
263 :     return @Clusters;
264 :     }
265 :    
266 : overbeek 1.9 sub largest_co_occurrence_clusters {
267 :     my($db,$peg) = @_;
268 :    
269 : parrello 1.19 my %pegs = map { $_->id2 => $_->psc } sims($peg,1000,1.0e-30,'fig');
270 : overbeek 1.9
271 : overbeek 1.11 my @pegs = sort { $pegs{$a} <=> $pegs{$b} } grep { $_ ne $peg } keys(%pegs);
272 :     unshift @pegs,$peg;
273 :     $pegs{$peg} = 0;
274 : overbeek 1.9 my @clusters = ();
275 :     foreach my $peg1 (@pegs)
276 :     {
277 :     my $cluster = &in_co_occurrence_cluster($db,$peg1);
278 :     if (defined($cluster))
279 :     {
280 : overbeek 1.11 my $tuple = [$peg1,$pegs{$peg1}, [grep { $_ ne $peg1 } @$cluster]];
281 : overbeek 1.9 push(@clusters,$tuple);
282 :     }
283 :     }
284 : overbeek 1.11 return sort { @{$b->[2]} <=> @{$a->[2]} } @clusters;
285 : overbeek 1.9 }
286 :    
287 : overbeek 1.1 sub co_occurrence_cluster {
288 :     my($db,$cluster) = @_;
289 :    
290 :     my $query = $db->Get("Cluster IsOccurrenceOf",
291 :     "Cluster(id) = ?", [$cluster]);
292 :     my @pegs = ();
293 :     while (my $row = $query->Fetch())
294 :     {
295 :     my($peg) = $row->Values(['IsOccurrenceOf(to-link)']);
296 :     push(@pegs,$peg);
297 :     }
298 :     return @pegs;
299 :     }
300 :    
301 : overbeek 1.16 #sub co_occurrence_evidence {
302 :     # my($db,$peg1,$peg2) = @_;
303 :     #
304 :     # my $key = ($peg1 lt $peg2) ? "$peg1:$peg2" : "$peg2:$peg1";
305 :     # my $query = $db->Get("Determines PairSet",
306 :     # "Determines(from-link) = ?", [$key]);
307 :     # my($sc,$pairs);
308 :     #
309 :     # if ($query)
310 :     # {
311 :     # my $row = $query->Fetch();
312 :     # if ($row)
313 :     # {
314 :     # my($set) = $row->Values(['PairSet(id)']);
315 :     # ($sc,$pairs) = &co_occurrence_set($db,$set);
316 :     # my $i;
317 :     # for ($i=0; ($i < @$pairs) && ($pairs->[$i]->[0] ne $peg1); $i++) {}
318 :     # if ($i == @$pairs)
319 :     # {
320 :     # $pairs = [map { [$_->[1],$_->[0]] } @$pairs];
321 :     # for ($i=0; ($i < @$pairs) && ($pairs->[$i]->[0] ne $peg1); $i++) {}
322 :     # if ($i == @$pairs)
323 :     # {
324 :     # print STDERR &Dumper($pairs,$i,$peg1,$peg2);
325 :     # die "Something is screwed up";
326 :     # }
327 :     # }
328 :     # splice(@$pairs,$i,1);
329 :     # }
330 :     # return $pairs;
331 :     # }
332 :     # return [];
333 :     #}
334 :     #
335 :     #sub is_co_occurrence_pair {
336 :     # my($db,$peg1,$peg2) = @_;
337 :     #
338 :     # my $key = ($peg1 lt $peg2) ? "$peg1:$peg2" : "$peg2:$peg1";
339 :     # my $query = $db->Get("Pairing",
340 :     # "Pairing(id) = ?",[$key]);
341 :     # return ($query && $query->Fetch()) ? 1 : 0;
342 :     #}
343 : overbeek 1.8
344 : overbeek 1.3 sub in_pair_set {
345 :     my($db,$peg1,$peg2) = @_;
346 :    
347 :     my($key,$inv,$set);
348 : parrello 1.5 $key = ($peg1 lt $peg2) ? "$peg1:$peg2" : "$peg2:$peg1";
349 : overbeek 1.3
350 :     my $query = $db->Get("Pairing Determines",
351 :     "Pairing(id) = ?",[$key]);
352 :     if ($query)
353 :     {
354 :     my $row = $query->Fetch();
355 :     if ($row)
356 :     {
357 :     my($pair,$inverted) = $row->Values(['Determines(to-link)','Determines(inverted)']);
358 :     if ($peg1 gt $peg2)
359 :     {
360 :     $inverted = ! $inverted;
361 :     }
362 :     return ($pair,$inverted);
363 :     }
364 :     }
365 :     return undef;
366 :     }
367 :    
368 : overbeek 1.4 # This routine inserts a Pairing for $peg1 and $peg2
369 : overbeek 1.3 sub insert_pair {
370 :     my($db,$peg1,$peg2,$set) = @_;
371 : parrello 1.5 # Compute the key and the inversion flag.
372 :     my ($invertFlag, $key);
373 :     if ($peg1 lt $peg2) {
374 :     $key = "$peg1:$peg2";
375 :     $invertFlag = 0;
376 :     } else {
377 :     $key = "$peg2:$peg1";
378 :     $invertFlag = 1;
379 :     }
380 :     # Create the pairing.
381 : overbeek 1.8
382 :     my $query = $db->Get("Pairing",
383 :     "Pairing(id) = ?",[$key]);
384 :     if ((! $query) || (! $query->Fetch()))
385 :     {
386 :     $db->InsertObject('Pairing', id => $key);
387 :     # Connect it to its constituent features.
388 :     $db->InsertObject('IsInPair', from_link => $peg1, to_link => $key);
389 :     $db->InsertObject('IsInPair', from_link => $peg2, to_link => $key);
390 :     }
391 :    
392 :     $query = $db->Get("Determines",
393 :     "Determines(from-link) = ?",[$key]);
394 :     if ($query && $query->Fetch())
395 :     {
396 :     return 0; # it is already connected to another PairSet
397 :     }
398 :    
399 : parrello 1.5 # Insert it into the pair set.
400 :     $db->InsertObject('IsDeterminedBy', from_link => $set, to_link => $key,
401 :     inverted => $invertFlag);
402 : parrello 1.17 Trace("inserted $peg1:$peg2 into $set") if T(3);
403 : overbeek 1.8 return 1;
404 : overbeek 1.3 }
405 :    
406 : overbeek 1.4 # This routine creates a new PairSet, returning the ID
407 : overbeek 1.3 sub new_set {
408 :     my($db) = @_;
409 : parrello 1.5 # Create the new pair set.
410 :     my $retVal = $db->InsertNew('PairSet', score => 0);
411 :     # Return its ID.
412 :     return $retVal;
413 : overbeek 1.3 }
414 : overbeek 1.1
415 : overbeek 1.4
416 :     # This routine deletes a PairSet and relationships to Pairings
417 :     # (but not the Pairings).
418 :    
419 : overbeek 1.3 sub delete_PairSet {
420 :     my($db,$pair_set) = @_;
421 : parrello 1.5 # Disconnect the pair set from all of its pairings.
422 :     $db->Disconnect('IsDeterminedBy', PairSet => $pair_set);
423 :     # Delete the pair set. Because we've already disconnected, the pairings
424 :     # are safe.
425 :     $db->Delete(PairSet => $pair_set);
426 : parrello 1.17 Trace("deleted PairSet $pair_set") if T(3);
427 : overbeek 1.3 }
428 :    
429 : overbeek 1.4 # This routine deletes the relationship between a Pairing and a PairSet
430 :     # (but does not delete either entity).
431 :    
432 : overbeek 1.3 sub delete_pair_from_PairSet {
433 :     my($db,$pair,$PairSet) = @_;
434 : parrello 1.5 # Delete the relationship connecting this set to this pair.
435 :     $db->DeleteRow('IsDeterminedBy', $PairSet, $pair);
436 : overbeek 1.3 }
437 :    
438 : overbeek 1.4 # This routine updates the "score" field in a PairSet
439 : overbeek 1.3 sub set_pair_set_sc {
440 :     my($db,$pair_set,$sc) = @_;
441 : parrello 1.5 # Update the score in place.
442 :     $db->UpdateEntity(PairSet => $pair_set, score => $sc);
443 : parrello 1.17 Trace("reset score of PairSet to $sc") if T(3);
444 : overbeek 1.3 }
445 :    
446 : overbeek 1.8 sub check_and_rescore {
447 :     my($db,$pair_set) = @_;
448 :    
449 :     my $sc = &rescore($db,$pair_set);
450 :     if ($sc < 5)
451 :     {
452 : parrello 1.17 Trace("Rescored PairSet $pair_set to $sc, so we are deleting it") if T(3);
453 : overbeek 1.8 &delete_PairSet($db,$pair_set);
454 :     return 0;
455 :     }
456 :     return 1;
457 :     }
458 :    
459 : overbeek 1.3 sub rescore {
460 :     my($db,$pair_set) = @_;
461 :    
462 :     my $fig = new FIG;
463 :     my(undef,$pairs) = &co_occurrence_set($db,$pair_set);
464 : overbeek 1.8 defined($pairs) || confess $pair_set;
465 :    
466 :     my $sz = @$pairs;
467 : overbeek 1.3 my %genome_sets;
468 :     foreach my $pair (@$pairs)
469 :     {
470 : overbeek 1.6 $genome_sets{$fig->get_representative_genome(&FIG::genome_of($pair->[0]))} = 1;
471 : overbeek 1.3 }
472 : overbeek 1.8 my $sz_reps = keys(%genome_sets);
473 : parrello 1.17 Trace("rescoring: $sz pairs in $pair_set, score=$sz_reps") if T(3);
474 : overbeek 1.3 my $sc = keys(%genome_sets);
475 :     &set_pair_set_sc($db,$pair_set,$sc);
476 : overbeek 1.8 return $sc;
477 : overbeek 1.3 }
478 :    
479 : parrello 1.17 =head2 PairSet Update Methods
480 :    
481 :     This section contains methods used to update the pair-set data in the Sapling
482 :     database.
483 :    
484 :     =cut
485 :    
486 :     =head3 extend_pairs_and_pair_sets
487 :    
488 : parrello 1.19 FC::extend_pairs_and_pair_sets($db, $pchF, $stats);
489 : parrello 1.17
490 :     This method will read raw PCH data for a single genome and update the
491 :     pairs and pair sets in the Sapling database.
492 :    
493 :     =over 4
494 :    
495 :     =item db
496 :    
497 :     L<Sapling> object for accessing the database.
498 :    
499 :     =item pchF
500 :    
501 :     The name of a raw PCH file. The file must be tab-delimited, each line containing
502 :     four feature IDs. The first two features are physically close, and the second
503 :     pair of features are physically close homologs at a different location. The
504 :     first and third features are similar and the second and fourth features are
505 :     similar; the set of four is considered evidence that the features involved have
506 :     related functions.
507 :    
508 : parrello 1.19 =item stats
509 :    
510 :     A L<Stats> object used to track information about what happened during the
511 :     update.
512 :    
513 : parrello 1.17 =back
514 :    
515 :     =cut
516 :    
517 : overbeek 1.3 sub extend_pairs_and_pair_sets {
518 : parrello 1.19 my($db,$pchF,$stats) = @_;
519 : overbeek 1.3
520 : parrello 1.17 Open(\*PCHS,"sort $pchF |");
521 : overbeek 1.3
522 :     my $line = <PCHS>;
523 :     while ($line && ($line =~ /^((\S+)\t(\S+))\t(\S+)\t(\S+)/))
524 :     {
525 : parrello 1.19 Trace($stats->Ask('PairsIn') . " pairs read.") if $stats->Check(PairsIn => 500) && T(3);
526 : overbeek 1.3 my $curr = $1;
527 :     my $set = [];
528 :     while ($line && ($line =~ /^((\S+)\t(\S+))\t(\S+)\t(\S+)/) && ($1 eq $curr))
529 :     {
530 : parrello 1.19 Trace($stats->Ask('PairsIn') . " pairs read.") if $stats->Check(PairsIn => 500) && T(3);
531 : overbeek 1.3 push(@$set,[$2,$3,$4,$5]);
532 :     $line = <PCHS>;
533 :     }
534 : parrello 1.19 &add_pch_set($db,$set,$stats);
535 : overbeek 1.3 }
536 :     close(PCHS);
537 :     }
538 :    
539 :     sub add_pch_set {
540 : parrello 1.19 my($db,$set,$stats) = @_;
541 : overbeek 1.3
542 :     my $fig = new FIG;
543 :     my @pairs = ([$set->[0]->[0],$set->[0]->[1]],map { [$_->[2],$_->[3]] } @$set);
544 :    
545 : overbeek 1.8 my($pair,@unplaced,%in,%members);
546 :     my $ok = 1;
547 : overbeek 1.3 foreach $pair (@pairs)
548 :     {
549 :     my($pair_set,$inverted) = &in_pair_set($db,@$pair);
550 : overbeek 1.8 $inverted = $inverted ? 1 : 0; # force to {0,1} for boolean
551 : overbeek 1.3 if (! defined($pair_set))
552 :     {
553 :     push(@unplaced,$pair);
554 : parrello 1.19 $stats->Add(unplaced => 1);
555 : overbeek 1.3 }
556 :     else
557 :     {
558 : overbeek 1.8 my($keyPI) = "$pair_set:$inverted";
559 :     $in{"$keyPI"}++;
560 :     push(@{$members{$keyPI}},join(",",@$pair));
561 :    
562 :     my $opposite = $inverted ? 0 : 1;
563 :     if ($in{"$pair_set:$opposite"})
564 :     {
565 :     # We have a case in which a set contains both peg1:peg2 and peg2:peg1
566 : parrello 1.19 $stats->Add(circular => 1);
567 : overbeek 1.8 $ok = 0;
568 :     }
569 : overbeek 1.3 }
570 :     }
571 : overbeek 1.8
572 : parrello 1.19 if ($ok) {
573 : overbeek 1.8
574 : parrello 1.19 my @in_sets = map { [split(/:/,$_)] } sort { $in{$b} <=> $in{$a} } keys(%in);
575 :     $stats->Add(InSet => scalar(@in_sets));
576 :    
577 :     if (@in_sets > 1)
578 : overbeek 1.3 {
579 : parrello 1.19 my $i;
580 :     for ($i=1; ($i < @in_sets); $i++)
581 : overbeek 1.3 {
582 : parrello 1.19 my(undef,$in_old) = &co_occurrence_set($db,$in_sets[$i]->[0]);
583 :     if ($in_sets[$i]->[1] ne $in_sets[0]->[1])
584 :     {
585 :     $in_old = [ map { [$_->[1],$_->[0]] } @$in_old];
586 :     }
587 :     foreach $pair (@$in_old)
588 :     {
589 :     $stats->Add(PairInserted => 1);
590 :     &insert_pair($db,@$pair,$in_sets[0]->[0]);
591 :     }
592 :     $stats->Add(SetDeleted => 1);
593 :     &delete_PairSet($db,$in_sets[$i]->[0]);
594 : overbeek 1.3 }
595 : parrello 1.19 $stats->Add(SetRescored => 1);
596 :     &check_and_rescore($db,$in_sets[0]->[0]);
597 : overbeek 1.3 }
598 : parrello 1.19
599 :     if (@in_sets == 1)
600 : overbeek 1.3 {
601 : parrello 1.19 $stats->Add(Unplaced => scalar(@unplaced));
602 :     if (@unplaced > 0)
603 : overbeek 1.8 {
604 : parrello 1.19 foreach $pair (@unplaced)
605 :     {
606 :     my($peg3,$peg4) = $in_sets[0]->[1] ? ($pair->[1],$pair->[0]) : @$pair;
607 :     $stats->Add(PairInserted => 1);
608 :     &insert_pair($db,$peg3,$peg4,$in_sets[0]->[0]);
609 :     }
610 :     $stats->Add(SetRescored => 1);
611 :     &check_and_rescore($db,$in_sets[0]->[0]);
612 : overbeek 1.8 }
613 : overbeek 1.3 }
614 : parrello 1.19 elsif (@unplaced >= 5)
615 : overbeek 1.3 {
616 : parrello 1.19
617 :     my %genome_sets;
618 :     foreach my $pair (@unplaced)
619 : overbeek 1.8 {
620 : parrello 1.19 $genome_sets{$fig->get_representative_genome(&FIG::genome_of($pair->[0]))} = 1;
621 : overbeek 1.8 }
622 : parrello 1.19 my $sc = keys(%genome_sets);
623 :     if ($sc >= 5)
624 : overbeek 1.8 {
625 : parrello 1.19 my $new_set = &new_set($db);
626 :     $stats->Add(NewSet => 1);
627 :    
628 :     if (! $new_set)
629 :     {
630 :     Confess("Failed to acquire a new PairSet.");
631 :     }
632 :     foreach my $pair (@unplaced)
633 :     {
634 :     $stats->Add(PairInserted => 1);
635 :     my $rc = &insert_pair($db,@$pair,$new_set);
636 :     if (! $rc) {
637 :     $stats->Add(PairInsertFailed => 1);
638 :     }
639 :     }
640 :     $stats->Add(SetRescored => 1);
641 :     &check_and_rescore($db,$new_set);
642 : overbeek 1.3 }
643 :     }
644 :     }
645 :     }
646 :    
647 :     sub cleanup_pair_sets {
648 :     my($db) = @_;
649 :    
650 : overbeek 1.8 my $fig = new FIG;
651 : overbeek 1.3 foreach my $pair_set (&all_co_occurrence_pair_sets)
652 :     {
653 :     my(undef,$set) = &co_occurrence_set($db,$pair_set);
654 : overbeek 1.8 next if (! $set);
655 :     my @partitioned = sort { @$b <=> @$a } &partition_pair_set($fig,$db,$set);
656 : overbeek 1.7
657 :     my $N = @partitioned;
658 :    
659 : overbeek 1.3 my $keep = shift @partitioned;
660 : overbeek 1.8
661 : overbeek 1.7 if ((! $keep) || (@$keep < 5))
662 : overbeek 1.3 {
663 :     &delete_PairSet($db,$pair_set);
664 :     }
665 :     else
666 :     {
667 : parrello 1.19 my $sz = @$keep;
668 : overbeek 1.3 my %to_keep = map { join(":",@$_) => 1 } @$keep;
669 :     foreach my $pair (@$set)
670 :     {
671 : overbeek 1.7 my $key = join(":",@$pair);
672 :     if (! $to_keep{ $key } )
673 : overbeek 1.3 {
674 :     &delete_pair_from_PairSet($db,$pair,$pair_set);
675 :     }
676 :     }
677 : overbeek 1.8 if (@$keep < @$set) { &check_and_rescore($db,$pair_set) }
678 :    
679 : overbeek 1.3 foreach my $new_set (@partitioned)
680 :     {
681 : overbeek 1.7 my $sz = @$new_set;
682 : overbeek 1.3 if (@$new_set >= 5)
683 :     {
684 :     my $next_set = &new_set($db);
685 :     foreach my $pair1 (@$new_set)
686 :     {
687 : overbeek 1.7 my $key = join(":",@$pair1);
688 : parrello 1.17 Trace("\t\tadding $key") if T(3);
689 : overbeek 1.3 &insert_pair($db,@$pair1,$next_set);
690 :     }
691 : overbeek 1.8 &check_and_rescore($db,$next_set);
692 : overbeek 1.3 }
693 :     }
694 :     }
695 :     }
696 :     }
697 :    
698 :     sub partition_pair_set {
699 : overbeek 1.8 my($fig,$db,$set) = @_;
700 : overbeek 1.3
701 :     my @split = ();
702 : overbeek 1.8 my @sets = &part1($fig,$set,0);
703 : overbeek 1.3 foreach my $part1 (@sets)
704 :     {
705 : overbeek 1.8 foreach my $part2 (&part1($fig,$part1,1))
706 : overbeek 1.3 {
707 :     push(@split,$part2);
708 :     }
709 :     }
710 :     return sort { @$b <=> @$a } @split;
711 :     }
712 :    
713 :     sub part1 {
714 : overbeek 1.8 my($fig,$set,$index) = @_;
715 : overbeek 1.3
716 :     my %entries = map { $_->[$index] => $_ } @$set;
717 : overbeek 1.8 my $ids = [grep { $fig->is_real_feature($_) } map { $_->[$index] } @$set];
718 :     my @partition = &PartitionSeqs::partition({ pegs => $ids, use => 'blast', identity => 0.4, coverage => 0.7 });
719 : overbeek 1.3 return map { [map { $entries{$_} } @$_] } @partition;
720 :     }
721 :    
722 : overbeek 1.1 1;

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