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Revision 1.12 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1
2 :     #
3 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
4 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
5 :     #
6 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
7 :     #
8 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
9 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
10 :     # Public License.
11 :     #
12 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
13 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
14 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
15 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
16 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17 :     #
18 :     package FC;
19 :    
20 :     use strict;
21 :     use ERDB;
22 :     use Data::Dumper;
23 : overbeek 1.8 use Carp;
24 : overbeek 1.3 use FIG;
25 : overbeek 1.7 use PartitionSeqs;
26 : overbeek 1.1
27 : overbeek 1.12 sub co_occurring_FIGfams {
28 :     my($db,$ff) = @_;
29 :    
30 :     my $query = $db->Get("Family HasMember Feature IsInPair Pairing Determines PairSet","Family(id) = ?",[$ff]);
31 :    
32 :     my(%hits,%pairsets,$row,$pairset,$sc);
33 :     while ($row = $query->Fetch())
34 :     {
35 :     ($pairset,$sc) = $row->Values(['PairSet(id)','PairSet(score)']);
36 :     $pairsets{$pairset} = $sc;
37 :     }
38 :    
39 :     while (($pairset,$sc) = each(%pairsets))
40 :     {
41 :     $query = $db->Get("IsDeterminedBy Pairing IsPairOf Feature IsMemberOf","IsDeterminedBy(from-link) = ?",[$pairset]);
42 :     while ($row = $query->Fetch())
43 :     {
44 :     my($ff1) = $row->Values(['IsMemberOf(to-link)']);
45 :     if ($ff1 ne $ff)
46 :     {
47 :     if ((! $hits{$ff1}) || ($hits{$ff1} < $sc))
48 :     {
49 :     $hits{$ff1} = $sc;
50 :     }
51 :     }
52 :     }
53 :     }
54 :     return map { [$_,$hits{$_}] } sort { $hits{$b} <=> $hits{$a} } keys(%hits);
55 :     }
56 :    
57 : overbeek 1.1 sub co_occurs {
58 :     my($db,$peg) = @_;
59 :    
60 :     my @tuples;
61 :     my $query = $db->Get("IsInPair Pairing Determines PairSet",
62 :     "IsInPair(from-link) = ?", [$peg]);
63 :     while (my $row = $query->Fetch())
64 :     {
65 :     my ($pair, $score) = $row->Values(['Determines(from-link)','PairSet(score)']);
66 :     my ($fid) = grep { $_ ne $peg } split(/:/, $pair);
67 :     push @tuples, [$fid, $score];
68 :     }
69 :     return @tuples;
70 :     }
71 :    
72 : overbeek 1.9 sub in_co_occurrence_cluster {
73 :     my($db,$peg) = @_;
74 :    
75 :     my $query = $db->Get("OccursIn Cluster IsOccurrenceOf",
76 :     "OccursIn(from-link) = ?", [$peg]);
77 :     my @pegs = ();
78 :     while (my $row = $query->Fetch())
79 :     {
80 :     my($peg1) = $row->Values(['IsOccurrenceOf(to-link)']);
81 :     push(@pegs,$peg1);
82 :     }
83 :     return (@pegs > 0) ? \@pegs : undef;
84 :     }
85 :    
86 : overbeek 1.1 sub co_occurrence_and_evidence {
87 :     my($db,$peg) = @_;
88 :    
89 :     my @tuples;
90 :     my $query = $db->Get("IsInPair Pairing Determines PairSet IsDeterminedBy",
91 :     "IsInPair(from-link) = ?", [$peg]);
92 :     my @tuoples = ();
93 :     while (my $row = $query->Fetch())
94 :     {
95 :     push(@tuples,[$row->Values(['Determines(from-link)',
96 :     'PairSet(score)',
97 : overbeek 1.3 'IsDeterminedBy(inverted)',
98 : overbeek 1.1 'IsDeterminedBy(to-link)'])]);
99 :     }
100 : overbeek 1.2 @tuples = sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @tuples;
101 :     my @co_occurs = ();
102 :    
103 :     my $x = shift @tuples;
104 :     while ($x)
105 :     {
106 :     my $curr = $x->[0];
107 :     my $sc = $x->[1];
108 :     my @set = ();
109 :     while ($x && ($x->[0] eq $curr))
110 :     {
111 :     my($peg3,$peg4) = split(/:/,$x->[3]);
112 :     push(@set,($x->[2]) ? [$peg3,$peg4] : [$peg4,$peg3]);
113 :     $x = shift @tuples;
114 :     }
115 :     my $i;
116 :     for ($i=0; ($i < @set) && ($peg ne $set[$i]->[0]); $i++) {}
117 :     if ($i == @set)
118 :     {
119 :     @set = map { [$_->[1],$_->[0]] } @set;
120 :     }
121 :     my($peg2) = grep { $_ ne $peg } split(/:/,$curr);
122 : overbeek 1.3 push(@co_occurs,[$sc,$peg2,[grep { $_->[0] ne $peg } @set]]);
123 : overbeek 1.2 }
124 :     return sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @co_occurs;
125 : overbeek 1.1 }
126 :    
127 :     sub co_occurrence_set {
128 :     my($db,$set) = @_;
129 :    
130 :     my $pairs;
131 :     my $sc;
132 : overbeek 1.8
133 :     my $query = $db->Get("PairSet",
134 :     "PairSet(id) = ?", [$set]);
135 :     my $row = $query->Fetch();
136 :     if ($row)
137 : overbeek 1.1 {
138 : overbeek 1.8 ($sc) = $row->Values(['PairSet(score)']);
139 :     $pairs = [];
140 :     my $query = $db->Get("PairSet IsDeterminedBy",
141 :     "PairSet(id) = ?", [$set]);
142 :     while (my $row = $query->Fetch())
143 :     {
144 :     my($pairing,$inverted) = $row->Values(['IsDeterminedBy(to-link)','IsDeterminedBy(inverted)']);
145 :     my($peg1,$peg2) = split(/:/,$pairing);
146 :     push(@$pairs,$inverted ? [$peg2,$peg1] : [$peg1,$peg2]);
147 :     }
148 : overbeek 1.1 }
149 :     return ($sc,$pairs);
150 :     }
151 :    
152 : overbeek 1.3 sub all_co_occurrence_pair_sets {
153 :     my($db) = @_;
154 :    
155 :     my $query = $db->Get("PairSet","",[]);
156 :     my @PairSets = ();
157 :     while (my $row = $query->Fetch())
158 :     {
159 :     my($pair_set) = $row->Values(['PairSet(id)']);
160 :     push(@PairSets,$pair_set);
161 :     }
162 :     return @PairSets;
163 :     }
164 :    
165 :     sub all_co_occurrence_clusters {
166 :     my($db) = @_;
167 :    
168 :     my $query = $db->Get("Cluster","",[]);
169 :     my @Clusters = ();
170 :     while (my $row = $query->Fetch())
171 :     {
172 :     my($id) = $row->Values(['Cluster(id)']);
173 :     push(@Clusters,$id);
174 :     }
175 :     return @Clusters;
176 :     }
177 :    
178 : overbeek 1.9 sub largest_co_occurrence_clusters {
179 :     my($db,$peg) = @_;
180 :    
181 :     my $fig = new FIG;
182 : overbeek 1.11 my %pegs = map { $_->id2 => $_->psc } $fig->sims($peg,1000,1.0e-30,'fig');
183 : overbeek 1.9
184 : overbeek 1.11 my @pegs = sort { $pegs{$a} <=> $pegs{$b} } grep { $_ ne $peg } keys(%pegs);
185 :     unshift @pegs,$peg;
186 :     $pegs{$peg} = 0;
187 : overbeek 1.9 my @clusters = ();
188 :     foreach my $peg1 (@pegs)
189 :     {
190 :     my $cluster = &in_co_occurrence_cluster($db,$peg1);
191 :     if (defined($cluster))
192 :     {
193 : overbeek 1.11 my $tuple = [$peg1,$pegs{$peg1}, [grep { $_ ne $peg1 } @$cluster]];
194 : overbeek 1.9 push(@clusters,$tuple);
195 :     }
196 :     }
197 : overbeek 1.11 return sort { @{$b->[2]} <=> @{$a->[2]} } @clusters;
198 : overbeek 1.9 }
199 :    
200 : overbeek 1.1 sub co_occurrence_cluster {
201 :     my($db,$cluster) = @_;
202 :    
203 :     my $query = $db->Get("Cluster IsOccurrenceOf",
204 :     "Cluster(id) = ?", [$cluster]);
205 :     my @pegs = ();
206 :     while (my $row = $query->Fetch())
207 :     {
208 :     my($peg) = $row->Values(['IsOccurrenceOf(to-link)']);
209 :     push(@pegs,$peg);
210 :     }
211 :     return @pegs;
212 :     }
213 :    
214 :     sub co_occurrence_evidence {
215 :     my($db,$peg1,$peg2) = @_;
216 :    
217 :     my $key = ($peg1 lt $peg2) ? "$peg1:$peg2" : "$peg2:$peg1";
218 :     my $query = $db->Get("Determines PairSet",
219 :     "Determines(from-link) = ?", [$key]);
220 :     my($sc,$pairs);
221 :    
222 :     if ($query)
223 :     {
224 :     my $row = $query->Fetch();
225 :     if ($row)
226 :     {
227 :     my($set) = $row->Values(['PairSet(id)']);
228 :     ($sc,$pairs) = &co_occurrence_set($db,$set);
229 :     my $i;
230 :     for ($i=0; ($i < @$pairs) && ($pairs->[$i]->[0] ne $peg1); $i++) {}
231 :     if ($i == @$pairs)
232 :     {
233 :     $pairs = [map { [$_->[1],$_->[0]] } @$pairs];
234 :     for ($i=0; ($i < @$pairs) && ($pairs->[$i]->[0] ne $peg1); $i++) {}
235 :     if ($i == @$pairs)
236 :     {
237 :     print STDERR &Dumper($pairs,$i,$peg1,$peg2);
238 :     die "Something is screwed up";
239 :     }
240 :     }
241 :     splice(@$pairs,$i,1);
242 :     }
243 :     return $pairs;
244 :     }
245 :     return [];
246 :     }
247 : overbeek 1.3
248 : overbeek 1.8 sub is_co_occurrence_pair {
249 :     my($db,$peg1,$peg2) = @_;
250 :    
251 :     my $key = ($peg1 lt $peg2) ? "$peg1:$peg2" : "$peg2:$peg1";
252 :     my $query = $db->Get("Pairing",
253 :     "Pairing(id) = ?",[$key]);
254 :     return ($query && $query->Fetch()) ? 1 : 0;
255 :     }
256 :    
257 : overbeek 1.3 sub in_pair_set {
258 :     my($db,$peg1,$peg2) = @_;
259 :    
260 :     my($key,$inv,$set);
261 : parrello 1.5 $key = ($peg1 lt $peg2) ? "$peg1:$peg2" : "$peg2:$peg1";
262 : overbeek 1.3
263 :     my $query = $db->Get("Pairing Determines",
264 :     "Pairing(id) = ?",[$key]);
265 :     if ($query)
266 :     {
267 :     my $row = $query->Fetch();
268 :     if ($row)
269 :     {
270 :     my($pair,$inverted) = $row->Values(['Determines(to-link)','Determines(inverted)']);
271 :     if ($peg1 gt $peg2)
272 :     {
273 :     $inverted = ! $inverted;
274 :     }
275 :     return ($pair,$inverted);
276 :     }
277 :     }
278 :     return undef;
279 :     }
280 :    
281 : overbeek 1.4 # This routine inserts a Pairing for $peg1 and $peg2
282 : overbeek 1.3 sub insert_pair {
283 :     my($db,$peg1,$peg2,$set) = @_;
284 : parrello 1.5 # Compute the key and the inversion flag.
285 :     my ($invertFlag, $key);
286 :     if ($peg1 lt $peg2) {
287 :     $key = "$peg1:$peg2";
288 :     $invertFlag = 0;
289 :     } else {
290 :     $key = "$peg2:$peg1";
291 :     $invertFlag = 1;
292 :     }
293 :     # Create the pairing.
294 : overbeek 1.8
295 :     my $query = $db->Get("Pairing",
296 :     "Pairing(id) = ?",[$key]);
297 :     if ((! $query) || (! $query->Fetch()))
298 :     {
299 :     $db->InsertObject('Pairing', id => $key);
300 :     # Connect it to its constituent features.
301 :     $db->InsertObject('IsInPair', from_link => $peg1, to_link => $key);
302 :     $db->InsertObject('IsInPair', from_link => $peg2, to_link => $key);
303 :     }
304 :    
305 :     $query = $db->Get("Determines",
306 :     "Determines(from-link) = ?",[$key]);
307 :     if ($query && $query->Fetch())
308 :     {
309 :     return 0; # it is already connected to another PairSet
310 :     }
311 :    
312 : parrello 1.5 # Insert it into the pair set.
313 :     $db->InsertObject('IsDeterminedBy', from_link => $set, to_link => $key,
314 :     inverted => $invertFlag);
315 : overbeek 1.3 print STDERR "inserted $peg1:$peg2 into $set\n";
316 : overbeek 1.8 return 1;
317 : overbeek 1.3 }
318 :    
319 : overbeek 1.4 # This routine creates a new PairSet, returning the ID
320 : overbeek 1.3 sub new_set {
321 :     my($db) = @_;
322 : parrello 1.5 # Create the new pair set.
323 :     my $retVal = $db->InsertNew('PairSet', score => 0);
324 :     # Return its ID.
325 :     return $retVal;
326 : overbeek 1.3 }
327 : overbeek 1.1
328 : overbeek 1.4
329 :     # This routine deletes a PairSet and relationships to Pairings
330 :     # (but not the Pairings).
331 :    
332 : overbeek 1.3 sub delete_PairSet {
333 :     my($db,$pair_set) = @_;
334 : parrello 1.5 # Disconnect the pair set from all of its pairings.
335 :     $db->Disconnect('IsDeterminedBy', PairSet => $pair_set);
336 :     # Delete the pair set. Because we've already disconnected, the pairings
337 :     # are safe.
338 :     $db->Delete(PairSet => $pair_set);
339 : overbeek 1.3 print STDERR "deleted PairSet $pair_set\n";
340 :     }
341 :    
342 : overbeek 1.4 # This routine deletes the relationship between a Pairing and a PairSet
343 :     # (but does not delete either entity).
344 :    
345 : overbeek 1.3 sub delete_pair_from_PairSet {
346 :     my($db,$pair,$PairSet) = @_;
347 : parrello 1.5 # Delete the relationship connecting this set to this pair.
348 :     $db->DeleteRow('IsDeterminedBy', $PairSet, $pair);
349 : overbeek 1.3 }
350 :    
351 : overbeek 1.4 # This routine updates the "score" field in a PairSet
352 : overbeek 1.3 sub set_pair_set_sc {
353 :     my($db,$pair_set,$sc) = @_;
354 : parrello 1.5 # Update the score in place.
355 :     $db->UpdateEntity(PairSet => $pair_set, score => $sc);
356 : overbeek 1.3 print STDERR "reset score of PairSet to $sc\n";
357 :     }
358 :    
359 : overbeek 1.8 sub check_and_rescore {
360 :     my($db,$pair_set) = @_;
361 :    
362 :     my $sc = &rescore($db,$pair_set);
363 :     if ($sc < 5)
364 :     {
365 :     print STDERR "Rescored PairSet $pair_set to $sc, so we are deleting it\n";
366 :     &delete_PairSet($db,$pair_set);
367 :     return 0;
368 :     }
369 :     return 1;
370 :     }
371 :    
372 : overbeek 1.3 sub rescore {
373 :     my($db,$pair_set) = @_;
374 :    
375 :     my $fig = new FIG;
376 :     my(undef,$pairs) = &co_occurrence_set($db,$pair_set);
377 : overbeek 1.8 defined($pairs) || confess $pair_set;
378 :    
379 :     my $sz = @$pairs;
380 : overbeek 1.3 my %genome_sets;
381 :     foreach my $pair (@$pairs)
382 :     {
383 : overbeek 1.6 $genome_sets{$fig->get_representative_genome(&FIG::genome_of($pair->[0]))} = 1;
384 : overbeek 1.3 }
385 : overbeek 1.8 my $sz_reps = keys(%genome_sets);
386 :     print STDERR "rescoring: $sz pairs in $pair_set, score=$sz_reps\n";
387 : overbeek 1.3 my $sc = keys(%genome_sets);
388 :     &set_pair_set_sc($db,$pair_set,$sc);
389 : overbeek 1.8 return $sc;
390 : overbeek 1.3 }
391 :    
392 :     sub extend_pairs_and_pair_sets {
393 :     my($db,$pchF) = @_;
394 :    
395 :     open(PCHS,"sort $pchF |") || die "could not open $pchF";
396 :    
397 :     my $line = <PCHS>;
398 :     while ($line && ($line =~ /^((\S+)\t(\S+))\t(\S+)\t(\S+)/))
399 :     {
400 :     my $curr = $1;
401 : overbeek 1.7 print STDERR "PAIR: $curr\n";
402 : overbeek 1.3 my $set = [];
403 :     while ($line && ($line =~ /^((\S+)\t(\S+))\t(\S+)\t(\S+)/) && ($1 eq $curr))
404 :     {
405 :     push(@$set,[$2,$3,$4,$5]);
406 :     $line = <PCHS>;
407 :     }
408 : overbeek 1.8 print STDERR "processing set ",&Dumper($set);
409 : overbeek 1.3 &add_pch_set($db,$set);
410 :     }
411 :     close(PCHS);
412 :     }
413 :    
414 :     sub add_pch_set {
415 :     my($db,$set) = @_;
416 :    
417 :     my $fig = new FIG;
418 :     my @pairs = ([$set->[0]->[0],$set->[0]->[1]],map { [$_->[2],$_->[3]] } @$set);
419 :    
420 : overbeek 1.8 my($pair,@unplaced,%in,%members);
421 :     my $ok = 1;
422 : overbeek 1.3 foreach $pair (@pairs)
423 :     {
424 :     my($pair_set,$inverted) = &in_pair_set($db,@$pair);
425 : overbeek 1.8 $inverted = $inverted ? 1 : 0; # force to {0,1} for boolean
426 : overbeek 1.3 if (! defined($pair_set))
427 :     {
428 :     push(@unplaced,$pair);
429 :     }
430 :     else
431 :     {
432 : overbeek 1.7 print STDERR "IN: ",join(":",@$pair)," SET: $pair_set INVERTED: $inverted\n";
433 : overbeek 1.8 my($keyPI) = "$pair_set:$inverted";
434 :     $in{"$keyPI"}++;
435 :     push(@{$members{$keyPI}},join(",",@$pair));
436 :    
437 :     my $opposite = $inverted ? 0 : 1;
438 :     if ($in{"$pair_set:$opposite"})
439 :     {
440 :     # We have a case in which a set contains both peg1:peg2 and peg2:peg1
441 :     print STDERR "We have a set containing peg1:peg2 and peg2:peg1 ", &Dumper(\%members,$keyPI,$pair);
442 :     $ok = 0;
443 :     }
444 : overbeek 1.3 }
445 :     }
446 : overbeek 1.8
447 :     if (! $ok)
448 :     {
449 :     print STDERR "BAILING OUT\n";
450 :     return;
451 :     }
452 :    
453 :     print STDERR "characterized pairs ",&Dumper(\@unplaced,\%in);
454 : overbeek 1.7 my @in_sets = map { [split(/:/,$_)] } sort { $in{$b} <=> $in{$a} } keys(%in);
455 :     print STDERR "in_sets: ", &Dumper(\@in_sets);
456 :    
457 : overbeek 1.3 if (@in_sets > 1)
458 :     {
459 :     my $i;
460 :     for ($i=1; ($i < @in_sets); $i++)
461 :     {
462 : overbeek 1.7 my(undef,$in_old) = &co_occurrence_set($db,$in_sets[$i]->[0]);
463 : overbeek 1.3 if ($in_sets[$i]->[1] ne $in_sets[0]->[1])
464 :     {
465 :     $in_old = [ map { [$_->[1],$_->[0]] } @$in_old];
466 :     }
467 : overbeek 1.7 print STDERR "copying pairs from $in_sets[$i]->[0] to $in_sets[0]->[0]\n";
468 : overbeek 1.3 foreach $pair (@$in_old)
469 :     {
470 : overbeek 1.7 print STDERR "\tInserting pair ",join(":",@$pair)," into $in_sets[0]->[0]\n";
471 : overbeek 1.8 &insert_pair($db,@$pair,$in_sets[0]->[0]);
472 : overbeek 1.3 }
473 : overbeek 1.7 print STDERR "Deleting PairSet $in_sets[$i]->[0]\n";
474 : overbeek 1.8 &delete_PairSet($db,$in_sets[$i]->[0]);
475 : overbeek 1.3 }
476 : overbeek 1.7 print STDERR "rescore PairSet $in_sets[0]->[0]\n";
477 : overbeek 1.8 &check_and_rescore($db,$in_sets[0]->[0]);
478 : overbeek 1.3 }
479 :    
480 :     if (@in_sets == 1)
481 :     {
482 : overbeek 1.8 print STDERR "just inserting unplaced\n";
483 :     if (@unplaced > 0)
484 : overbeek 1.3 {
485 : overbeek 1.8 foreach $pair (@unplaced)
486 :     {
487 :     print STDERR &Dumper(['inserting pair',$pair,$in_sets[0]]);
488 :     my($peg3,$peg4) = $in_sets[0]->[1] ? ($pair->[1],$pair->[0]) : @$pair;
489 :     print STDERR "Inserting Pairing $peg3:$peg4\n";
490 :     &insert_pair($db,$peg3,$peg4,$in_sets[0]->[0]);
491 :     }
492 :     print STDERR "rescore PairSet $in_sets[0]->[0]\n";
493 :     &check_and_rescore($db,$in_sets[0]->[0]);
494 : overbeek 1.3 }
495 :     }
496 :     elsif (@unplaced >= 5)
497 :     {
498 : overbeek 1.8 print STDERR "No existing sets, maybe we will create one", &Dumper(['unplaced',\@unplaced]);
499 : overbeek 1.7
500 : overbeek 1.3 my %genome_sets;
501 :     foreach my $pair (@unplaced)
502 :     {
503 : overbeek 1.6 $genome_sets{$fig->get_representative_genome(&FIG::genome_of($pair->[0]))} = 1;
504 : overbeek 1.3 }
505 :     my $sc = keys(%genome_sets);
506 :     if ($sc >= 5)
507 :     {
508 : overbeek 1.8 print STDERR "sc=$sc, so we will create one\n";
509 : overbeek 1.3 my $new_set = &new_set($db);
510 : overbeek 1.8 print STDERR "new PairSet=$new_set\n";
511 :    
512 :     if (! $new_set)
513 :     {
514 :     confess "Failed to acquire a new PairSet\n";
515 :     }
516 :     else
517 :     {
518 :     print STDERR "got new PairSet=$new_set\n",&Dumper(&co_occurrence_set($db,$new_set));
519 :     }
520 : overbeek 1.3 foreach my $pair (@unplaced)
521 :     {
522 : overbeek 1.7 print STDERR "Inserting pair ",join(":",@$pair)," into $new_set\n";
523 : overbeek 1.8 my $rc = &insert_pair($db,@$pair,$new_set);
524 :     if (! $rc) { print STDERR "\tinsertion failed: Pairing already exists\n"; }
525 : overbeek 1.3 }
526 : overbeek 1.8 print STDERR "rescoring new set $new_set\n";
527 :     &check_and_rescore($db,$new_set);
528 : overbeek 1.3 }
529 :     }
530 :     }
531 :    
532 :     sub cleanup_pair_sets {
533 :     my($db) = @_;
534 :    
535 : overbeek 1.8 my $fig = new FIG;
536 : overbeek 1.3 foreach my $pair_set (&all_co_occurrence_pair_sets)
537 :     {
538 : overbeek 1.7 print STDERR "cleaning up $pair_set\n";
539 : overbeek 1.3 my(undef,$set) = &co_occurrence_set($db,$pair_set);
540 : overbeek 1.8 next if (! $set);
541 :     my @partitioned = sort { @$b <=> @$a } &partition_pair_set($fig,$db,$set);
542 : overbeek 1.7
543 :     my $N = @partitioned;
544 :     print STDERR "$pair_set splits into $N partitions\n";
545 :    
546 : overbeek 1.3 my $keep = shift @partitioned;
547 : overbeek 1.8
548 : overbeek 1.7 if ((! $keep) || (@$keep < 5))
549 : overbeek 1.3 {
550 : overbeek 1.7 print STDERR "\tbut none of them are big enough, so they all get pitched\n";
551 : overbeek 1.3 &delete_PairSet($db,$pair_set);
552 :     }
553 :     else
554 :     {
555 : overbeek 1.8 my $sz = @$keep; print STDERR "\tkeeping partition of size=$sz\n";
556 : overbeek 1.3 my %to_keep = map { join(":",@$_) => 1 } @$keep;
557 :     foreach my $pair (@$set)
558 :     {
559 : overbeek 1.7 my $key = join(":",@$pair);
560 :     if (! $to_keep{ $key } )
561 : overbeek 1.3 {
562 : overbeek 1.7 print STDERR "\tdeleting $key from $pair_set\n";
563 : overbeek 1.3 &delete_pair_from_PairSet($db,$pair,$pair_set);
564 :     }
565 :     }
566 : overbeek 1.8 if (@$keep < @$set) { &check_and_rescore($db,$pair_set) }
567 :    
568 : overbeek 1.3 foreach my $new_set (@partitioned)
569 :     {
570 : overbeek 1.7 my $sz = @$new_set;
571 :     print STDERR "\tconsidering a partition of size $sz\n";
572 : overbeek 1.3 if (@$new_set >= 5)
573 :     {
574 :     my $next_set = &new_set($db);
575 : overbeek 1.7 print STDERR "\tcreating new PairSet $next_set\n";
576 : overbeek 1.3 foreach my $pair1 (@$new_set)
577 :     {
578 : overbeek 1.7 my $key = join(":",@$pair1);
579 :     print STDERR "\t\tadding $key\n";
580 : overbeek 1.3 &insert_pair($db,@$pair1,$next_set);
581 :     }
582 : overbeek 1.8 &check_and_rescore($db,$next_set);
583 : overbeek 1.3 }
584 :     }
585 :     }
586 :     }
587 :     }
588 :    
589 :     sub partition_pair_set {
590 : overbeek 1.8 my($fig,$db,$set) = @_;
591 : overbeek 1.3
592 :     my @split = ();
593 : overbeek 1.8 my @sets = &part1($fig,$set,0);
594 : overbeek 1.3 foreach my $part1 (@sets)
595 :     {
596 : overbeek 1.8 foreach my $part2 (&part1($fig,$part1,1))
597 : overbeek 1.3 {
598 :     push(@split,$part2);
599 :     }
600 :     }
601 :     return sort { @$b <=> @$a } @split;
602 :     }
603 :    
604 :     sub part1 {
605 : overbeek 1.8 my($fig,$set,$index) = @_;
606 : overbeek 1.3
607 :     my %entries = map { $_->[$index] => $_ } @$set;
608 : overbeek 1.8 my $ids = [grep { $fig->is_real_feature($_) } map { $_->[$index] } @$set];
609 :     my @partition = &PartitionSeqs::partition({ pegs => $ids, use => 'blast', identity => 0.4, coverage => 0.7 });
610 : overbeek 1.3 return map { [map { $entries{$_} } @$_] } @partition;
611 :     }
612 :    
613 : overbeek 1.1 1;

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