[Bio] / FigKernelPackages / DBrtns.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/DBrtns.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.3, Thu Jul 1 21:16:34 2004 UTC revision 1.27, Thu Mar 2 22:19:45 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1    #
2    # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
3    # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
4    #
5    # This file is part of the SEED Toolkit.
6    #
7    # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
8    # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
9    # Public License.
10    #
11    # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
12    # along with this program; if not write to the University of Chicago
13    # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
14    # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
15    # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
16    #
17    
18  package DBrtns;  package DBrtns;
19    
20        # Inherit the DBKernel methods. We must do this BEFORE the "use strict".
21        use DBKernel;
22        @ISA = qw(DBKernel);
23    
24  use strict;  use strict;
25    use POSIX;
26  use DBI;  use DBI;
27  use FIG_Config;  use FIG_Config;
28    
# Line 8  Line 30 
30  use Carp;  use Carp;
31    
32  sub new {  sub new {
33      my($class,$dbms,$dbname,$dbuser,$dbpass,$dbport) = @_;      my($class,$dbms,$dbname,$dbuser,$dbpass,$dbport, $dbhost, $dbsock) = @_;
34    
35      $dbms   = defined($dbms)   ? $dbms   : $FIG_Config::dbms;      $dbms   = defined($dbms)   ? $dbms   : $FIG_Config::dbms;
36      $dbname = defined($dbname) ? $dbname : $FIG_Config::db;      $dbname = defined($dbname) ? $dbname : $FIG_Config::db;
37      $dbuser = defined($dbuser) ? $dbuser : $FIG_Config::dbuser;      $dbuser = defined($dbuser) ? $dbuser : $FIG_Config::dbuser;
38      $dbpass = defined($dbpass) ? $dbpass : $FIG_Config::dbpass;      $dbpass = defined($dbpass) ? $dbpass : $FIG_Config::dbpass;
     $dbpass = defined($dbpass) ? $dbpass : $FIG_Config::dbpass;  
39      $dbport = defined($dbport) ? $dbport : $FIG_Config::dbport;      $dbport = defined($dbport) ? $dbport : $FIG_Config::dbport;
40        $dbhost = defined($dbhost) ? $dbhost : $FIG_Config::dbhost;
41        $dbsock = defined($dbsock) ? $dbsock : $FIG_Config::dbsock;
42    
43      my $data_source = "DBI:$dbms(AutoCommit => 1):dbname=$dbname;port=$dbport";      return DBKernel::new($class, $dbms, $dbname, $dbuser, $dbpass, $dbport, $dbhost, $dbsock);
     my $dbh         = DBI->connect( $data_source, $dbuser, $dbpass )  
         || die "ERROR: Could not connect to $data_source; ", DBI->errstr, "\n";  
     $dbh->{PrintError} = 1;  
     $dbh->{RaiseError} = 0;  
     if ($dbms eq "Pg")  
     {  
         $dbh->do(qq(SET "ENABLE_SEQSCAN" TO "OFF"));  
         $dbh->do(qq(SET DATESTYLE TO Postgres,US));  
44      }      }
45    
46      bless {  =head1 get_inserted_id
         _dbh => $dbh,  
         _dbms => $dbms,  
         }, $class;  
 }  
47    
48  sub set_raise_exceptions  Return the last ID of a row inserted into an autonumber/serial-containing table.
49  {  
50      my($self, $enable) = @_;  =cut
     my $dbh = $self->{_dbh};  
     my $old = $dbh->{RaiseError};  
     $dbh->{RaiseError} = $enable;  
     return $old;  
 }  
51    
52  sub SQL {  sub get_inserted_id {
53      my($self,$sql,$verbose) = @_;      my($self, $table, $sth, $id_column) = @_;
     my($dbh,$sth,$rc,$tmp);  
54    
55      if ($verbose)      $id_column = 'id' unless defined($id_column);
56        if ($self->{_dbms} eq "Pg") {
57            my $oid = $sth->{pg_oid_status};
58            my $ret = $self->SQL("select $id_column from $table where oid = ?", undef, $oid);
59            return $ret->[0]->[0];
60        } elsif ($self->{_dbms} eq "mysql") {
61            my $id = $self->{_dbh}->{mysql_insertid};
62            # print "mysql got $id\n";
63            return $id;
64        }
65        else
66      {      {
67          print STDERR "running: $sql\n";          confess "Attempting get_inserted_id on unsupported database $self->{_dbms}\n";
68        }
69      }      }
70    
71      $dbh  = $self->{_dbh};  #
72    # Following are database administration routines. They create an instance of a ServerAdmin class
73    # for the appropriate server type (in order to eliminate the if mysql / if pg / etc stuff).
74    #
75    
76      if ($sql =~ /^select/i)  sub get_server_admin
77    {
78        if ($FIG_Config::dbms eq "mysql")
79      {      {
80          $tmp = $dbh->selectall_arrayref($sql);          return MysqlAdmin->new();
         return $tmp;  
81      }      }
82      else      elsif ($FIG_Config::dbms eq "Pg")
83      {      {
84          return $dbh->do($sql);          return new PostgresAdmin();
 #       $sth = $dbh->prepare($sql)  
 #           or die "prepare failed: $DBI::errstr";  
 #       $sth->execute()  
 #           or warn "execute failed: $DBI::errstr";  
 #       return 1;  
85      }      }
86        else
87        {
88            warn "Unknown server type $FIG_Config::dbms\n";
89      return undef;      return undef;
90  }  }
91    }
92    package MysqlAdmin;
93    
94    use POSIX;
95    use DBI;
96    
97  sub get_tables  sub new
98  {  {
99      my($self) = @_;      my($class) = @_;
100    
101      my $dbh = $self->{_dbh};      my $self = {};
102    
103      my $quote = $dbh->get_info(29); # SQL_IDENTIFIER_QUOTE_CHAR      return bless($self, $class);
104    }
105    
106      my @tables = $dbh->tables();  sub init_db
107    {
108        my($self, $db_dir) = @_;
109    
110      return map { $quote ne "" && s/^$quote(.*)$quote$/$1/; s/^[^.]+\.//; $_ } @tables;      if (!$db_dir)
111        {
112            warn "init_db failed: db_dir must be provided\n";
113            return;
114  }  }
115    
116  sub table_exists      if (-d "$db_dir/mysql")
117  {  {
118      my($self, $table) = @_;          warn "init_db: mysql data directory already exists\n";
119            return;
120        }
121    
122      return (grep { $table eq $_ } $self->get_tables()) > 0;      my $exe = "$FIG_Config::ext_bin/mysql_install_db";
123        if (! -x $exe)
124        {
125            $exe = "mysql_install_db";
126  }  }
127    
 sub drop_table {  
     my $self = shift @_;  
     my %arg  = @_;  
     my $tbl  = $arg{tbl};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     my $cmd;  
128    
129        my @opts;
130    
131        push(@opts, "--datadir=$db_dir");
132        push(@opts, "--user=$FIG_Config::dbuser");
133    
134      if ($dbms eq "mysql")      if (not $FIG_Config::use_system_mysql)
135      {      {
136          $cmd = "DROP TABLE IF EXISTS $tbl;" ;          push(@opts, "--basedir=$FIG_Config::common_runtime")
137      }      }
138      else  
139    
140        my $rc = system($exe, @opts);
141        if ($rc != 0)
142      {      {
143          if ($self->table_exists($tbl))          my $err = $?;
144            if (WIFEXITED($err))
145          {          {
146              $cmd = "DROP TABLE $tbl;" ;              my $exitstat = WEXITSTATUS($err);
147                warn "init_db failed: $exe returned result code $exitstat\n";
148          }          }
149            else
150            {
151                warn "init_db failed: $exe died with signal ", WTERMSIG($err), "\n";
152            }
153            return;
154      }      }
155      if ($cmd)  
156        return 1;
157    }
158    
159    sub create_database
160      {      {
161          $dbh->do($cmd);      my($self, $db_name) = @_;
162    
163        my $drh = DBI->install_driver("mysql");
164    
165        my @dbs = DBI->data_sources("mysql", { host => $FIG_Config::dbhost,
166                                                   user => $FIG_Config::dbuser,
167                                                   password => $FIG_Config::dbpass });
168        if (grep { $_ eq $db_name } @dbs)
169        {
170            warn "Database $db_name already exists\n";
171            return;
172      }      }
173    
174        my $rc = $drh->func('createdb', $db_name, $FIG_Config::dbhost,
175                            $FIG_Config::dbuser, $FIG_Config::dbpass, 'admin');
176    
177    
178        if (!$rc)
179        {
180            warn "create_database: createdb call failed: $DBI::errstr\n";
181            return;
182  }  }
183    
184  sub create_table {      return 1;
     my $self = shift @_;  
     my %arg  = @_;  
     my $tbl  = $arg{tbl};  
     my $flds = $arg{flds};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     $dbh->do("CREATE TABLE $tbl ( $flds );");  
185  }  }
186    
187  sub load_table {  sub start_server
188      my $self     = shift @_;  {
189      my %defaults = ( delim => "\t" );      my($self, $dont_fork) = @_;
190      my %arg      = (%defaults, @_);  
191      my $file     = $arg{file};      print "Starting mysql server\n";
192      my $tbl      = $arg{tbl};  
193      my $delim    = $arg{delim};      my(@opts);
194      my $dbh  = $self->{_dbh};  
195      my $dbms = $self->{_dbms};      my $cnf = "$FIG_Config::fig_disk/config/my.cnf";
196    
197      if ($file)      if ($FIG_Config::use_system_mysql)
198      {      {
199          if ($dbms eq "mysql")          #
200            # This has to be first in the argument list.
201            #
202            push(@opts, "--defaults-extra-file=$cnf");
203        }
204    
205        #
206        # Put this first, so  config can put --defaults-extra-file here
207        # and have it show up first.
208        #
209        if (@FIG_Config::db_server_startup_options)
210          {          {
211              $dbh->do("LOAD DATA LOCAL INFILE '$file' REPLACE INTO TABLE $tbl;");          push(@opts, @FIG_Config::db_server_startup_options)
212          }          }
213          elsif ($dbms eq "Pg")  
214        push(@opts, "--port=$FIG_Config::dbport");
215        #
216        # Don't do this; dbuser isn't the unix uid that we are using.
217        #
218        #push(@opts, "--user=$FIG_Config::dbuser");
219    
220        push(@opts, "--datadir=$FIG_Config::db_datadir");
221    
222        if ($FIG_Config::use_system_mysql)
223        {
224            push(@opts, "--err-log=$FIG_Config::temp/mysql.log");
225            push(@opts, "--socket=$FIG_Config::dbsock");
226    
227            #
228            # Feh. You can't actually override the socket that /etc/my.cnf
229            # sets up, so we need to set up a config/my.cnf with the socket in it.
230            #
231    
232            if (! -f $cnf)
233            {
234                if (open(F, ">$cnf"))
235          {          {
236              $dbh->do("COPY $tbl FROM '$file' USING DELIMITERS '$delim';");                  print F <<END;
237    [mysqld]
238    socket=$FIG_Config::dbsock
239    END
240                    close(F);
241          }          }
242      }      }
243  }  }
244        else
 sub create_index {  
     my $self = shift @_;  
     my %arg  = @_;  
     my $tbl  = $arg{tbl};  
     my $idx  = $arg{idx};  
     my $flds = $arg{flds};  
     my $type = $arg{type};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     my $cmd  = "CREATE INDEX $idx ON $tbl ";  
     if ($type && $dbms eq "Pg")  
245      {      {
246          $cmd .= " USING $type ";          push(@opts, "--basedir=$FIG_Config::common_runtime");
247            push(@opts, "--ledir=$FIG_Config::common_runtime/libexec");
248      }      }
249      $cmd .= " ( $flds );";  
250      $dbh->do($cmd);      if (not $FIG_Config::mysql_v3)
251        {
252            push(@opts, "--old-password");
253            push(@opts, "--max-allowed-packet=128M");
254  }  }
255    
256  sub DESTROY {      #
257      my($self) = @_;      # Use InnoDB for large-table support and allegedly better performance.
258        #
259    
260        #push(@opts, "--default-table-type=innodb");
261    
262        #
263        # Oddly, this doesn't seem to work. need to set the environment variable.
264        #
265        #push(@opts, "--port=$FIG_Config::dbport");
266    
267      my($dbh);      #
268      if ($dbh = $self->{_dbh})      # We are going to assume that if mysql has shipped with this release, we'll use it. Otherwise
269        # try to use a system one.
270        #
271    
272        my $exe;
273        if ($FIG_Config::mysql_v3)
274      {      {
275          $dbh->disconnect;          $exe = "safe_mysqld";
276      }      }
277        else
278        {
279            $exe = "mysqld_safe";
280  }  }
281    
282  sub vacuum_it {      if (-x "$FIG_Config::ext_bin/$exe")
     my($self,@tables) = @_;  
     my($table);  
   
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     if ($dbms eq "mysql")  
283      {      {
284          return;          $exe = "$FIG_Config::ext_bin/$exe";
285      }      }
286    
287      # this chunk is for Pg  (Postgres)      print "Start $exe @opts\n";
288      if (@tables == 0)  
289        if ($dont_fork)
290      {      {
291          $self->SQL("VACUUM ANALYZE");          $ENV{MYSQL_TCP_PORT} = $FIG_Config::dbport;
292            exec $exe, @opts;
293      }      }
294      else      else
295      {      {
296          foreach $table (@tables)          my $pid = fork;
297    
298            if ($pid == 0)
299          {          {
300              $self->SQL("VACUUM ANALYZE $table");              POSIX::setsid();
301    
302                $ENV{MYSQL_TCP_PORT} = $FIG_Config::dbport;
303                exec $exe, @opts;
304          }          }
305            print "Forked db server $pid\n";
306      }      }
307    
308  }  }
309    
310  1  1;

Legend:
Removed from v.1.3  
changed lines
  Added in v.1.27

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3