[Bio] / FigKernelPackages / DBrtns.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/DBrtns.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.4, Wed Oct 27 15:04:10 2004 UTC revision 1.24, Mon Dec 5 19:06:30 2005 UTC
# Line 1  Line 1 
1    #
2    # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
3    # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
4    #
5    # This file is part of the SEED Toolkit.
6    #
7    # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
8    # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
9    # Public License.
10    #
11    # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
12    # along with this program; if not write to the University of Chicago
13    # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
14    # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
15    # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
16    #
17    
18  package DBrtns;  package DBrtns;
19    
20        # Inherit the DBKernel methods. We must do this BEFORE the "use strict".
21        use DBKernel;
22        @ISA = qw(DBKernel);
23    
24  use strict;  use strict;
25    use POSIX;
26  use DBI;  use DBI;
27  use FIG_Config;  use FIG_Config;
28    
# Line 8  Line 30 
30  use Carp;  use Carp;
31    
32  sub new {  sub new {
33      my($class,$dbms,$dbname,$dbuser,$dbpass,$dbport) = @_;      my($class,$dbms,$dbname,$dbuser,$dbpass,$dbport, $dbhost) = @_;
34    
35      $dbms   = defined($dbms)   ? $dbms   : $FIG_Config::dbms;      $dbms   = defined($dbms)   ? $dbms   : $FIG_Config::dbms;
36      $dbname = defined($dbname) ? $dbname : $FIG_Config::db;      $dbname = defined($dbname) ? $dbname : $FIG_Config::db;
37      $dbuser = defined($dbuser) ? $dbuser : $FIG_Config::dbuser;      $dbuser = defined($dbuser) ? $dbuser : $FIG_Config::dbuser;
38      $dbpass = defined($dbpass) ? $dbpass : $FIG_Config::dbpass;      $dbpass = defined($dbpass) ? $dbpass : $FIG_Config::dbpass;
     $dbpass = defined($dbpass) ? $dbpass : $FIG_Config::dbpass;  
39      $dbport = defined($dbport) ? $dbport : $FIG_Config::dbport;      $dbport = defined($dbport) ? $dbport : $FIG_Config::dbport;
40        $dbhost = defined($dbhost) ? $dbhost : $FIG_Config::dbhost;
41    
42      my @opts;      return DBKernel::new($class, $dbms, $dbname, $dbuser, $dbpass, $dbport, $dbhost);
43    }
44    
45      push(@opts, "port=${dbport}");  =head1 get_inserted_id
46    
47      #  Return the last ID of a row inserted into an autonumber/serial-containing table.
     # Late-model mysql needs to have the client enable loading from local files.  
     #  
48    
49      if ($dbms eq "mysql")  =cut
     {  
         push(@opts, "mysql_local_infile=1");  
     }  
50    
51      my $opts = join(";", @opts);  sub get_inserted_id {
52      my $data_source = "DBI:$dbms(AutoCommit => 1):dbname=$dbname;$opts";      my($self, $table, $sth, $id_column) = @_;
     my $dbh         = DBI->connect( $data_source, $dbuser, $dbpass )  
         || die "ERROR: Could not connect to $data_source; ", DBI->errstr, "\n";  
     $dbh->{PrintError} = 1;  
     $dbh->{RaiseError} = 0;  
     if ($dbms eq "Pg")  
     {  
         $dbh->do(qq(SET "ENABLE_SEQSCAN" TO "OFF"));  
         $dbh->do(qq(SET DATESTYLE TO Postgres,US));  
     }  
53    
54      bless {      $id_column = 'id' unless defined($id_column);
55          _dbh => $dbh,      if ($self->{_dbms} eq "Pg") {
56          _dbms => $dbms,          my $oid = $sth->{pg_oid_status};
57          }, $class;          my $ret = $self->SQL("select $id_column from $table where oid = ?", undef, $oid);
58            return $ret->[0]->[0];
59        } elsif ($self->{_dbms} eq "mysql") {
60            my $id = $self->{_dbh}->{mysql_insertid};
61            # print "mysql got $id\n";
62            return $id;
63  }  }
   
 sub set_raise_exceptions  
 {  
     my($self, $enable) = @_;  
     my $dbh = $self->{_dbh};  
     my $old = $dbh->{RaiseError};  
     $dbh->{RaiseError} = $enable;  
     return $old;  
64  }  }
65    
66  sub SQL {  #
67      my($self,$sql,$verbose) = @_;  # Following are database administration routines. They create an instance of a ServerAdmin class
68      my($dbh,$sth,$rc,$tmp);  # for the appropriate server type (in order to eliminate the if mysql / if pg / etc stuff).
69    #
70    
71      if ($verbose)  sub get_server_admin
72    {
73        if ($FIG_Config::dbms eq "mysql")
74      {      {
75          print STDERR "running: $sql\n";          return MysqlAdmin->new();
76      }      }
77        elsif ($FIG_Config::dbms eq "Pg")
     $dbh  = $self->{_dbh};  
   
     if ($sql =~ /^select/i)  
78      {      {
79          $tmp = $dbh->selectall_arrayref($sql);          return new PostgresAdmin();
         return $tmp;  
80      }      }
81      else      else
82      {      {
83          return $dbh->do($sql);          warn "Unknown server type $FIG_Config::dbms\n";
 #       $sth = $dbh->prepare($sql)  
 #           or die "prepare failed: $DBI::errstr";  
 #       $sth->execute()  
 #           or warn "execute failed: $DBI::errstr";  
 #       return 1;  
     }  
84      return undef;      return undef;
85  }  }
86    }
87    package MysqlAdmin;
88    
89  sub get_tables  use POSIX;
90  {  use DBI;
     my($self) = @_;  
   
     my $dbh = $self->{_dbh};  
91    
92      my $quote = $dbh->get_info(29); # SQL_IDENTIFIER_QUOTE_CHAR  sub new
93    {
94        my($class) = @_;
95    
96      my @tables = $dbh->tables();      my $self = {};
97    
98      return map { $quote ne "" && s/^$quote(.*)$quote$/$1/; s/^[^.]+\.//; $_ } @tables;      return bless($self, $class);
99  }  }
100    
101  sub table_exists  sub init_db
102  {  {
103      my($self, $table) = @_;      my($self, $db_dir) = @_;
104    
105      return (grep { $table eq $_ } $self->get_tables()) > 0;      if (!$db_dir)
106        {
107            warn "init_db failed: db_dir must be provided\n";
108            return;
109  }  }
110    
111  sub drop_table {      if (-d "$db_dir/mysql")
112      my $self = shift @_;      {
113      my %arg  = @_;          warn "init_db: mysql data directory already exists\n";
114      my $tbl  = $arg{tbl};          return;
115      my $dbh  = $self->{_dbh};      }
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     my $cmd;  
   
116    
117      if ($dbms eq "mysql")      my $exe = "$FIG_Config::ext_bin/mysql_install_db";
118        if (! -x $exe)
119      {      {
120          $cmd = "DROP TABLE IF EXISTS $tbl;" ;          $exe = "mysql_install_db";
121      }      }
122      else  
123        my $rc = system($exe,
124                        "--datadir=$db_dir",
125                        "--basedir=$FIG_Config::common_runtime",
126                        "--user=$FIG_Config::dbuser");
127        if ($rc != 0)
128      {      {
129          if ($self->table_exists($tbl))          my $err = $?;
130            if (WIFEXITED($err))
131          {          {
132              $cmd = "DROP TABLE $tbl;" ;              my $exitstat = WEXITSTATUS($err);
133          }              warn "init_db failed: $exe returned result code $exitstat\n";
134      }      }
135      if ($cmd)          else
136      {      {
137          $dbh->do($cmd);              warn "init_db failed: $exe died with signal ", WTERMSIG($err), "\n";
138      }      }
139            return;
140  }  }
141    
142  sub create_table {      return 1;
     my $self = shift @_;  
     my %arg  = @_;  
     my $tbl  = $arg{tbl};  
     my $flds = $arg{flds};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     $dbh->do("CREATE TABLE $tbl ( $flds );");  
143  }  }
144    
145  sub load_table {  sub create_database
     my $self     = shift @_;  
     my %defaults = ( delim => "\t" );  
     my %arg      = (%defaults, @_);  
     my $file     = $arg{file};  
     my $tbl      = $arg{tbl};  
     my $delim    = $arg{delim};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
   
     if ($file)  
146      {      {
147          if ($dbms eq "mysql")      my($self, $db_name) = @_;
148    
149        my $drh = DBI->install_driver("mysql");
150    
151        my @dbs = DBI->data_sources("mysql", { host => $FIG_Config::dbhost,
152                                                   user => $FIG_Config::dbuser,
153                                                   password => $FIG_Config::dbpass });
154        if (grep { $_ eq $db_name } @dbs)
155          {          {
156              $dbh->do("LOAD DATA LOCAL INFILE '$file' REPLACE INTO TABLE $tbl;");          warn "Database $db_name already exists\n";
157            return;
158          }          }
159          elsif ($dbms eq "Pg")  
160        my $rc = $drh->func('createdb', $db_name, $FIG_Config::dbhost,
161                            $FIG_Config::dbuser, $FIG_Config::dbpass, 'admin');
162    
163    
164        if (!$rc)
165          {          {
166              $dbh->do("COPY $tbl FROM '$file' USING DELIMITERS '$delim';");          warn "create_database: createdb call failed: $DBI::errstr\n";
167          }          return;
168      }      }
169    
170        return 1;
171  }  }
172    
173  sub create_index {  sub start_server
     my $self = shift @_;  
     my %arg  = @_;  
     my $tbl  = $arg{tbl};  
     my $idx  = $arg{idx};  
     my $flds = $arg{flds};  
     my $type = $arg{type};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     my $cmd  = "CREATE INDEX $idx ON $tbl ";  
     if ($type && $dbms eq "Pg")  
174      {      {
175          $cmd .= " USING $type ";      my($self, $dont_fork) = @_;
176      }  
177      $cmd .= " ( $flds );";      print "Starting mysql server\n";
     $dbh->do($cmd);  
 }  
178    
179  sub DESTROY {      my(@opts);
     my($self) = @_;  
180    
181      my($dbh);      push(@opts, "--port=$FIG_Config::dbport");
182      if ($dbh = $self->{_dbh})      #
183        # Don't do this; dbuser isn't the unix uid that we are using.
184        #
185        #push(@opts, "--user=$FIG_Config::dbuser");
186        push(@opts, "--basedir=$FIG_Config::common_runtime");
187        push(@opts, "--datadir=$FIG_Config::db_datadir");
188        push(@opts, "--ledir=$FIG_Config::common_runtime/libexec");
189        push(@opts, "--old-password");
190        push(@opts, "--max-allowed-packet=128M");
191        #
192        # Use InnoDB for large-table support and allegedly better performance.
193        #
194    
195        #push(@opts, "--default-table-type=innodb");
196    
197        #
198        # Oddly, this doesn't seem to work. need to set the environment variable.
199        #
200        #push(@opts, "--port=$FIG_Config::dbport");
201    
202        if (@FIG_Config::db_server_startup_options)
203      {      {
204          $dbh->disconnect;          push(@opts, @FIG_Config::db_server_startup_options)
     }  
205  }  }
206    
207  sub vacuum_it {      #
208      my($self,@tables) = @_;      # We are going to assume that if mysql has shipped with this release, we'll use it. Otherwise
209      my($table);      # try to use a system one.
210        #
211    
212        my $exe = "$FIG_Config::ext_bin/mysqld_safe";
213    
214      my $dbh  = $self->{_dbh};      print "Start $exe @opts\n";
215      my $dbms = $self->{_dbms};      if (! -x $exe)
     if ($dbms eq "mysql")  
216      {      {
217          return;          $exe = "mysqld_safe";
218      }      }
219    
220      # this chunk is for Pg  (Postgres)      if ($dont_fork)
     if (@tables == 0)  
221      {      {
222          $self->SQL("VACUUM ANALYZE");          $ENV{MYSQL_TCP_PORT} = $FIG_Config::dbport;
223            exec $exe, @opts;
224      }      }
225      else      else
226      {      {
227          foreach $table (@tables)          my $pid = fork;
228    
229            if ($pid == 0)
230          {          {
231              $self->SQL("VACUUM ANALYZE $table");              POSIX::setsid();
232    
233                $ENV{MYSQL_TCP_PORT} = $FIG_Config::dbport;
234                exec $exe, @opts;
235          }          }
236            print "Forked db server $pid\n";
237      }      }
238    
239  }  }
240    
241  1  1;

Legend:
Removed from v.1.4  
changed lines
  Added in v.1.24

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3