[Bio] / FigKernelPackages / DBrtns.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/DBrtns.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.3, Thu Jul 1 21:16:34 2004 UTC revision 1.23, Tue Nov 22 17:24:17 2005 UTC
# Line 1  Line 1 
1  package DBrtns;  package DBrtns;
2    
3        # Inherit the DBKernel methods. We must do this BEFORE the "use strict".
4        use DBKernel;
5        @ISA = qw(DBKernel);
6    
7  use strict;  use strict;
8    use POSIX;
9  use DBI;  use DBI;
10  use FIG_Config;  use FIG_Config;
11    
# Line 8  Line 13 
13  use Carp;  use Carp;
14    
15  sub new {  sub new {
16      my($class,$dbms,$dbname,$dbuser,$dbpass,$dbport) = @_;      my($class,$dbms,$dbname,$dbuser,$dbpass,$dbport, $dbhost) = @_;
17    
18      $dbms   = defined($dbms)   ? $dbms   : $FIG_Config::dbms;      $dbms   = defined($dbms)   ? $dbms   : $FIG_Config::dbms;
19      $dbname = defined($dbname) ? $dbname : $FIG_Config::db;      $dbname = defined($dbname) ? $dbname : $FIG_Config::db;
20      $dbuser = defined($dbuser) ? $dbuser : $FIG_Config::dbuser;      $dbuser = defined($dbuser) ? $dbuser : $FIG_Config::dbuser;
21      $dbpass = defined($dbpass) ? $dbpass : $FIG_Config::dbpass;      $dbpass = defined($dbpass) ? $dbpass : $FIG_Config::dbpass;
     $dbpass = defined($dbpass) ? $dbpass : $FIG_Config::dbpass;  
22      $dbport = defined($dbport) ? $dbport : $FIG_Config::dbport;      $dbport = defined($dbport) ? $dbport : $FIG_Config::dbport;
23        $dbhost = defined($dbhost) ? $dbhost : $FIG_Config::dbhost;
24    
25      my $data_source = "DBI:$dbms(AutoCommit => 1):dbname=$dbname;port=$dbport";      return DBKernel::new($class, $dbms, $dbname, $dbuser, $dbpass, $dbport, $dbhost);
     my $dbh         = DBI->connect( $data_source, $dbuser, $dbpass )  
         || die "ERROR: Could not connect to $data_source; ", DBI->errstr, "\n";  
     $dbh->{PrintError} = 1;  
     $dbh->{RaiseError} = 0;  
     if ($dbms eq "Pg")  
     {  
         $dbh->do(qq(SET "ENABLE_SEQSCAN" TO "OFF"));  
         $dbh->do(qq(SET DATESTYLE TO Postgres,US));  
26      }      }
27    
28      bless {  =head1 get_inserted_id
         _dbh => $dbh,  
         _dbms => $dbms,  
         }, $class;  
 }  
29    
30  sub set_raise_exceptions  Return the last ID of a row inserted into an autonumber/serial-containing table.
 {  
     my($self, $enable) = @_;  
     my $dbh = $self->{_dbh};  
     my $old = $dbh->{RaiseError};  
     $dbh->{RaiseError} = $enable;  
     return $old;  
 }  
31    
32  sub SQL {  =cut
     my($self,$sql,$verbose) = @_;  
     my($dbh,$sth,$rc,$tmp);  
33    
34      if ($verbose)  sub get_inserted_id {
35      {      my($self, $table, $sth, $id_column) = @_;
36          print STDERR "running: $sql\n";  
37        $id_column = 'id' unless defined($id_column);
38        if ($self->{_dbms} eq "Pg") {
39            my $oid = $sth->{pg_oid_status};
40            my $ret = $self->SQL("select $id_column from $table where oid = ?", undef, $oid);
41            return $ret->[0]->[0];
42        } elsif ($self->{_dbms} eq "mysql") {
43            my $id = $self->{_dbh}->{mysql_insertid};
44            # print "mysql got $id\n";
45            return $id;
46        }
47      }      }
48    
49      $dbh  = $self->{_dbh};  #
50    # Following are database administration routines. They create an instance of a ServerAdmin class
51    # for the appropriate server type (in order to eliminate the if mysql / if pg / etc stuff).
52    #
53    
54      if ($sql =~ /^select/i)  sub get_server_admin
55    {
56        if ($FIG_Config::dbms eq "mysql")
57      {      {
58          $tmp = $dbh->selectall_arrayref($sql);          return MysqlAdmin->new();
         return $tmp;  
59      }      }
60      else      elsif ($FIG_Config::dbms eq "Pg")
61      {      {
62          return $dbh->do($sql);          return new PostgresAdmin();
 #       $sth = $dbh->prepare($sql)  
 #           or die "prepare failed: $DBI::errstr";  
 #       $sth->execute()  
 #           or warn "execute failed: $DBI::errstr";  
 #       return 1;  
63      }      }
64        else
65        {
66            warn "Unknown server type $FIG_Config::dbms\n";
67      return undef;      return undef;
68  }  }
69    }
70    package MysqlAdmin;
71    
72  sub get_tables  use POSIX;
73  {  use DBI;
     my($self) = @_;  
   
     my $dbh = $self->{_dbh};  
74    
75      my $quote = $dbh->get_info(29); # SQL_IDENTIFIER_QUOTE_CHAR  sub new
76    {
77        my($class) = @_;
78    
79      my @tables = $dbh->tables();      my $self = {};
80    
81      return map { $quote ne "" && s/^$quote(.*)$quote$/$1/; s/^[^.]+\.//; $_ } @tables;      return bless($self, $class);
82  }  }
83    
84  sub table_exists  sub init_db
85  {  {
86      my($self, $table) = @_;      my($self, $db_dir) = @_;
87    
88      return (grep { $table eq $_ } $self->get_tables()) > 0;      if (!$db_dir)
89        {
90            warn "init_db failed: db_dir must be provided\n";
91            return;
92  }  }
93    
94  sub drop_table {      if (-d "$db_dir/mysql")
95      my $self = shift @_;      {
96      my %arg  = @_;          warn "init_db: mysql data directory already exists\n";
97      my $tbl  = $arg{tbl};          return;
98      my $dbh  = $self->{_dbh};      }
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     my $cmd;  
   
99    
100      if ($dbms eq "mysql")      my $exe = "$FIG_Config::ext_bin/mysql_install_db";
101        if (! -x $exe)
102      {      {
103          $cmd = "DROP TABLE IF EXISTS $tbl;" ;          $exe = "mysql_install_db";
104      }      }
105      else  
106        my $rc = system($exe,
107                        "--datadir=$db_dir",
108                        "--basedir=$FIG_Config::common_runtime",
109                        "--user=$FIG_Config::dbuser");
110        if ($rc != 0)
111      {      {
112          if ($self->table_exists($tbl))          my $err = $?;
113            if (WIFEXITED($err))
114          {          {
115              $cmd = "DROP TABLE $tbl;" ;              my $exitstat = WEXITSTATUS($err);
116                warn "init_db failed: $exe returned result code $exitstat\n";
117          }          }
118      }          else
     if ($cmd)  
119      {      {
120          $dbh->do($cmd);              warn "init_db failed: $exe died with signal ", WTERMSIG($err), "\n";
121      }      }
122            return;
123  }  }
124    
125  sub create_table {      return 1;
     my $self = shift @_;  
     my %arg  = @_;  
     my $tbl  = $arg{tbl};  
     my $flds = $arg{flds};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     $dbh->do("CREATE TABLE $tbl ( $flds );");  
126  }  }
127    
128  sub load_table {  sub create_database
     my $self     = shift @_;  
     my %defaults = ( delim => "\t" );  
     my %arg      = (%defaults, @_);  
     my $file     = $arg{file};  
     my $tbl      = $arg{tbl};  
     my $delim    = $arg{delim};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
   
     if ($file)  
129      {      {
130          if ($dbms eq "mysql")      my($self, $db_name) = @_;
131    
132        my $drh = DBI->install_driver("mysql");
133    
134        my @dbs = DBI->data_sources("mysql", { host => $FIG_Config::dbhost,
135                                                   user => $FIG_Config::dbuser,
136                                                   password => $FIG_Config::dbpass });
137        if (grep { $_ eq $db_name } @dbs)
138          {          {
139              $dbh->do("LOAD DATA LOCAL INFILE '$file' REPLACE INTO TABLE $tbl;");          warn "Database $db_name already exists\n";
140            return;
141          }          }
142          elsif ($dbms eq "Pg")  
143        my $rc = $drh->func('createdb', $db_name, $FIG_Config::dbhost,
144                            $FIG_Config::dbuser, $FIG_Config::dbpass, 'admin');
145    
146    
147        if (!$rc)
148          {          {
149              $dbh->do("COPY $tbl FROM '$file' USING DELIMITERS '$delim';");          warn "create_database: createdb call failed: $DBI::errstr\n";
150          }          return;
151      }      }
152    
153        return 1;
154  }  }
155    
156  sub create_index {  sub start_server
     my $self = shift @_;  
     my %arg  = @_;  
     my $tbl  = $arg{tbl};  
     my $idx  = $arg{idx};  
     my $flds = $arg{flds};  
     my $type = $arg{type};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     my $cmd  = "CREATE INDEX $idx ON $tbl ";  
     if ($type && $dbms eq "Pg")  
157      {      {
158          $cmd .= " USING $type ";      my($self, $dont_fork) = @_;
159      }  
160      $cmd .= " ( $flds );";      print "Starting mysql server\n";
161      $dbh->do($cmd);  
162  }      my(@opts);
163    
164        push(@opts, "--port=$FIG_Config::dbport");
165        #
166        # Don't do this; dbuser isn't the unix uid that we are using.
167        #
168        #push(@opts, "--user=$FIG_Config::dbuser");
169        push(@opts, "--basedir=$FIG_Config::common_runtime");
170        push(@opts, "--datadir=$FIG_Config::db_datadir");
171        push(@opts, "--ledir=$FIG_Config::common_runtime/libexec");
172        push(@opts, "--old-password");
173        push(@opts, "--max-allowed-packet=128M");
174        #
175        # Use InnoDB for large-table support and allegedly better performance.
176        #
177    
178        #push(@opts, "--default-table-type=innodb");
179    
180  sub DESTROY {      #
181      my($self) = @_;      # Oddly, this doesn't seem to work. need to set the environment variable.
182        #
183        #push(@opts, "--port=$FIG_Config::dbport");
184    
185      my($dbh);      if (@FIG_Config::db_server_startup_options)
     if ($dbh = $self->{_dbh})  
186      {      {
187          $dbh->disconnect;          push(@opts, @FIG_Config::db_server_startup_options)
     }  
188  }  }
189    
190  sub vacuum_it {      #
191      my($self,@tables) = @_;      # We are going to assume that if mysql has shipped with this release, we'll use it. Otherwise
192      my($table);      # try to use a system one.
193        #
194    
195        my $exe = "$FIG_Config::ext_bin/mysqld_safe";
196    
197      my $dbh  = $self->{_dbh};      print "Start $exe @opts\n";
198      my $dbms = $self->{_dbms};      if (! -x $exe)
     if ($dbms eq "mysql")  
199      {      {
200          return;          $exe = "mysqld_safe";
201      }      }
202    
203      # this chunk is for Pg  (Postgres)      if ($dont_fork)
     if (@tables == 0)  
204      {      {
205          $self->SQL("VACUUM ANALYZE");          $ENV{MYSQL_TCP_PORT} = $FIG_Config::dbport;
206            exec $exe, @opts;
207      }      }
208      else      else
209      {      {
210          foreach $table (@tables)          my $pid = fork;
211    
212            if ($pid == 0)
213          {          {
214              $self->SQL("VACUUM ANALYZE $table");              POSIX::setsid();
215    
216                $ENV{MYSQL_TCP_PORT} = $FIG_Config::dbport;
217                exec $exe, @opts;
218          }          }
219            print "Forked db server $pid\n";
220      }      }
221    
222  }  }
223    
224  1  1;

Legend:
Removed from v.1.3  
changed lines
  Added in v.1.23

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3