[Bio] / FigKernelPackages / DBrtns.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/DBrtns.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.16, Tue May 17 16:04:08 2005 UTC revision 1.20, Fri Jun 24 21:40:16 2005 UTC
# Line 1  Line 1 
1  package DBrtns;  package DBrtns;
2    
3        # Inherit the DBKernel methods. We must do this BEFORE the "use strict".
4        use DBKernel;
5        @ISA = qw(DBKernel);
6    
7  use strict;  use strict;
8  use POSIX;  use POSIX;
9  use DBI;  use DBI;
# Line 9  Line 13 
13  use Carp;  use Carp;
14    
15  sub new {  sub new {
16      my($class,$dbms,$dbname,$dbuser,$dbpass,$dbport) = @_;      my($class,$dbms,$dbname,$dbuser,$dbpass,$dbport, $dbhost) = @_;
17    
18      $dbms   = defined($dbms)   ? $dbms   : $FIG_Config::dbms;      $dbms   = defined($dbms)   ? $dbms   : $FIG_Config::dbms;
19      $dbname = defined($dbname) ? $dbname : $FIG_Config::db;      $dbname = defined($dbname) ? $dbname : $FIG_Config::db;
20      $dbuser = defined($dbuser) ? $dbuser : $FIG_Config::dbuser;      $dbuser = defined($dbuser) ? $dbuser : $FIG_Config::dbuser;
21      $dbpass = defined($dbpass) ? $dbpass : $FIG_Config::dbpass;      $dbpass = defined($dbpass) ? $dbpass : $FIG_Config::dbpass;
22      $dbport = defined($dbport) ? $dbport : $FIG_Config::dbport;      $dbport = defined($dbport) ? $dbport : $FIG_Config::dbport;
23        $dbhost = defined($dbhost) ? $dbhost : $FIG_Config::dbhost;
24    
25      my @opts;      return DBKernel::new($class, $dbms, $dbname, $dbuser, $dbpass, $dbport, $dbhost);
   
     push(@opts, "port=${dbport}");  
   
     #  
     # Late-model mysql needs to have the client enable loading from local files.  
     #  
   
     if ($dbms eq "mysql")  
     {  
         push(@opts, "mysql_local_infile=1");  
     }  
   
     my $opts = join(";", @opts);  
     my $data_source = "DBI:$dbms(AutoCommit => 1):dbname=$dbname;$opts";  
     my $dbh         = DBI->connect( $data_source, $dbuser, $dbpass )  
         || die "ERROR: Could not connect to $data_source; ", DBI->errstr, "\n";  
     $dbh->{PrintError} = 1;  
     $dbh->{RaiseError} = 0;  
     if ($dbms eq "Pg")  
     {  
         $dbh->do(qq(SET "ENABLE_SEQSCAN" TO "OFF"));  
         $dbh->do(qq(SET DATESTYLE TO Postgres,US));  
     }  
   
     bless {  
         _dbh => $dbh,  
         _dbms => $dbms,  
         }, $class;  
 }  
   
 sub set_raise_exceptions  
 {  
     my($self, $enable) = @_;  
     my $dbh = $self->{_dbh};  
     my $old = $dbh->{RaiseError};  
     $dbh->{RaiseError} = $enable;  
     return $old;  
 }  
   
 sub SQL {  
     my($self, $sql, $verbose, @bind_values) = @_;  
     my($dbh,$sth,$rc,$tmp);  
   
     if ($verbose)  
     {  
         print STDERR "running: $sql\n";  
     }  
   
     $dbh  = $self->{_dbh};  
   
     if ($sql =~ /^\s*select/i)  
     {  
         eval {  
             $tmp = $dbh->selectall_arrayref($sql, undef, @bind_values);  
         };  
         if (!$tmp or $@)  
         {  
             confess "Try running 'load_links' and 'load_attributes' to fix this error:\n$@";  
             #print STDERR "DBrtns.pm error: SQL $sql failed\n";  
             #return;  
         }  
         return $tmp;  
26      }      }
     else  
     {  
         my $rc;  
         my $ok = eval {  
             $rc = $dbh->do($sql, undef, @bind_values);  
         };  
   
         if (!$ok)  
         {  
             confess "query failed: " . substr($sql, 0, 100) . ": $@";  
         }  
         return $rc;  
   
   
 #       $sth = $dbh->prepare($sql)  
 #           or die "prepare failed: $DBI::errstr";  
 #       $sth->execute()  
 #           or warn "execute failed: $DBI::errstr";  
 #       return 1;  
     }  
     return undef;  
 }  
   
 sub get_tables  
 {  
     my($self) = @_;  
   
     my $dbh = $self->{_dbh};  
   
     my $quote = $dbh->get_info(29); # SQL_IDENTIFIER_QUOTE_CHAR  
   
     my @tables = $dbh->tables();  
   
     return map { $quote ne "" && s/^$quote(.*)$quote$/$1/; s/^[^.]+\.//; $_ } @tables;  
 }  
   
 sub table_exists  
 {  
     my($self, $table) = @_;  
   
     return (grep { $table eq $_ } $self->get_tables()) > 0;  
 }  
   
 sub drop_table {  
     my $self = shift @_;  
     my %arg  = @_;  
     my $tbl  = $arg{tbl};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     my $cmd;  
   
   
     if ($dbms eq "mysql")  
     {  
         $cmd = "DROP TABLE IF EXISTS $tbl;" ;  
     }  
     elsif ($dbms eq "Pg")  
     {  
         if ($self->table_exists($tbl))  
         {  
             $cmd = "DROP TABLE $tbl CASCADE;" ;  
         }  
     }  
     else  
     {  
         if ($self->table_exists($tbl))  
         {  
             $cmd = "DROP TABLE $tbl;" ;  
         }  
     }  
     if ($cmd)  
     {  
         $dbh->do($cmd);  
     }  
 }  
   
 sub create_table {  
     my $self = shift @_;  
     my %arg  = @_;  
     my $tbl  = $arg{tbl};  
     my $flds = $arg{flds};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     my $type;  
   
     if ($arg{type})  
     {  
         $type = " engine = $arg{type} ";  
     }  
   
     eval {  
         $dbh->do("CREATE TABLE $tbl ( $flds ) $type;");  
     };  
     if ($@)  
     {  
         confess "create table $tbl failed: $@";  
     }  
 }  
   
 sub load_table {  
     my $self     = shift @_;  
     my %defaults = ( delim => "\t" );  
     my %arg      = (%defaults, @_);  
     my $file     = $arg{file};  
     my $tbl      = $arg{tbl};  
     my $delim    = $arg{delim};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     my $result;  
   
     if ($file)  
     {  
         if ($dbms eq "mysql")  
         {  
             $result = $dbh->do("LOAD DATA LOCAL INFILE '$file' REPLACE INTO TABLE $tbl;");  
         }  
         elsif ($dbms eq "Pg")  
         {  
             $result = $dbh->do("COPY $tbl FROM '$file' USING DELIMITERS '$delim';");  
         }  
     }  
     return $result;  
 }  
   
 sub create_index {  
     my $self = shift @_;  
     my %arg  = @_;  
     my $tbl  = $arg{tbl};  
     my $idx  = $arg{idx};  
     my $flds = $arg{flds};  
     my $type = $arg{type};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     my $cmd  = "CREATE INDEX $idx ON $tbl ";  
     if ($type && $dbms eq "Pg")  
     {  
         $cmd .= " USING $type ";  
     }  
     $cmd .= " ( $flds );";  
     $dbh->do($cmd);  
 }  
   
 sub DESTROY {  
     my($self) = @_;  
   
     my($dbh);  
     if ($dbh = $self->{_dbh})  
     {  
         $dbh->disconnect;  
     }  
 }  
   
 sub vacuum_it {  
     my($self,@tables) = @_;  
     my($table);  
   
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     if ($dbms eq "mysql")  
     {  
         return;  
     }  
   
     # this chunk is for Pg  (Postgres)  
     if (@tables == 0)  
     {  
         $self->SQL("VACUUM ANALYZE");  
     }  
     else  
     {  
         foreach $table (@tables)  
         {  
             $self->SQL("VACUUM ANALYZE $table");  
         }  
     }  
 }  
   
 =pod  
27    
28  =head1 get_inserted_id  =head1 get_inserted_id
29    
# Line 266  Line 31 
31    
32  =cut  =cut
33    
34  sub get_inserted_id  sub get_inserted_id {
 {  
35      my($self, $table, $sth) = @_;      my($self, $table, $sth) = @_;
36      if ($self->{_dbms} eq "Pg")      if ($self->{_dbms} eq "Pg") {
     {  
37          my $oid = $sth->{pg_oid_status};          my $oid = $sth->{pg_oid_status};
38          my $ret = $self->SQL("select id from $table where oid = ?", undef, $oid);          my $ret = $self->SQL("select id from $table where oid = ?", undef, $oid);
39          return $ret->[0]->[0];          return $ret->[0]->[0];
40      }      } elsif ($self->{_dbms} eq "mysql") {
     elsif ($self->{_dbms} eq "mysql")  
     {  
41          my $id = $self->{_dbh}->{mysql_insertid};          my $id = $self->{_dbh}->{mysql_insertid};
42          # print "mysql got $id\n";          # print "mysql got $id\n";
43          return $id;          return $id;
# Line 450  Line 211 
211    
212  }  }
213    
214    1;
 1  

Legend:
Removed from v.1.16  
changed lines
  Added in v.1.20

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3