[Bio] / FigKernelPackages / DBrtns.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/DBrtns.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.17, Wed Jun 1 01:18:50 2005 UTC revision 1.18, Thu Jun 9 18:34:16 2005 UTC
# Line 1  Line 1 
1  package DBrtns;  package DBrtns;
2    
3        # Inherit the DBKernel methods. We must do this BEFORE the "use strict".
4        use DBKernel;
5        @ISA = qw(DBKernel);
6    
7  use strict;  use strict;
8  use POSIX;  use POSIX;
9  use DBI;  use DBI;
# Line 17  Line 21 
21      $dbpass = defined($dbpass) ? $dbpass : $FIG_Config::dbpass;      $dbpass = defined($dbpass) ? $dbpass : $FIG_Config::dbpass;
22      $dbport = defined($dbport) ? $dbport : $FIG_Config::dbport;      $dbport = defined($dbport) ? $dbport : $FIG_Config::dbport;
23    
24      my @opts;      return DBKernel::new($class, $dbms, $dbname, $dbuser, $dbpass, $dbport);
   
     push(@opts, "port=${dbport}");  
   
     #  
     # Late-model mysql needs to have the client enable loading from local files.  
     #  
   
     if ($dbms eq "mysql")  
     {  
         push(@opts, "mysql_local_infile=1");  
     }  
   
     my $opts = join(";", @opts);  
     my $data_source = "DBI:$dbms(AutoCommit => 1):dbname=$dbname;$opts";  
     my $dbh         = DBI->connect( $data_source, $dbuser, $dbpass )  
         || die "ERROR: Could not connect to $data_source; ", DBI->errstr, "\n";  
     $dbh->{PrintError} = 1;  
     $dbh->{RaiseError} = 0;  
     if ($dbms eq "Pg")  
     {  
         $dbh->do(qq(SET "ENABLE_SEQSCAN" TO "OFF"));  
         $dbh->do(qq(SET DATESTYLE TO Postgres,US));  
     }  
   
     bless {  
         _dbh => $dbh,  
         _dbms => $dbms,  
         }, $class;  
 }  
   
 sub set_raise_exceptions  
 {  
     my($self, $enable) = @_;  
     my $dbh = $self->{_dbh};  
     my $old = $dbh->{RaiseError};  
     $dbh->{RaiseError} = $enable;  
     return $old;  
 }  
   
 sub SQL {  
     my($self, $sql, $verbose, @bind_values) = @_;  
     my($dbh,$sth,$rc,$tmp);  
   
     if ($verbose)  
     {  
         print STDERR "running: $sql\n";  
     }  
   
     $dbh  = $self->{_dbh};  
   
     if ($sql =~ /^\s*select/i)  
     {  
         eval {  
             $tmp = $dbh->selectall_arrayref($sql, undef, @bind_values);  
         };  
         if (!$tmp or $@)  
         {  
             confess "Try running 'load_links' and 'load_attributes' to fix this error:\n$@";  
             #print STDERR "DBrtns.pm error: SQL $sql failed\n";  
             #return;  
         }  
         return $tmp;  
     }  
     else  
     {  
         my $rc;  
         my $ok = eval {  
             $rc = $dbh->do($sql, undef, @bind_values);  
         };  
   
         if (!$ok)  
         {  
             confess "query failed: " . substr($sql, 0, 100) . ": $@";  
         }  
         return $rc;  
   
   
 #       $sth = $dbh->prepare($sql)  
 #           or die "prepare failed: $DBI::errstr";  
 #       $sth->execute()  
 #           or warn "execute failed: $DBI::errstr";  
 #       return 1;  
     }  
     return undef;  
 }  
   
 sub get_tables  
 {  
     my($self) = @_;  
   
     my $dbh = $self->{_dbh};  
   
     my $quote = $dbh->get_info(29); # SQL_IDENTIFIER_QUOTE_CHAR  
   
     my @tables = $dbh->tables();  
   
     return map { $quote ne "" && s/^$quote(.*)$quote$/$1/; s/^[^.]+\.//; $_ } @tables;  
 }  
   
 sub table_exists  
 {  
     my($self, $table) = @_;  
   
     return (grep { lc $table eq lc $_ } $self->get_tables()) > 0;  
 }  
   
 sub drop_table {  
     my $self = shift @_;  
     my %arg  = @_;  
     my $tbl  = $arg{tbl};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     my $cmd;  
   
   
     if ($dbms eq "mysql")  
     {  
         $cmd = "DROP TABLE IF EXISTS $tbl;" ;  
     }  
     elsif ($dbms eq "Pg")  
     {  
         if ($self->table_exists($tbl))  
         {  
             $cmd = "DROP TABLE $tbl CASCADE;" ;  
         }  
     }  
     else  
     {  
         if ($self->table_exists($tbl))  
         {  
             $cmd = "DROP TABLE $tbl;" ;  
         }  
     }  
     if ($cmd)  
     {  
         $dbh->do($cmd);  
     }  
 }  
   
 sub create_table {  
     my $self = shift @_;  
     my %arg  = @_;  
     my $tbl  = $arg{tbl};  
     my $flds = $arg{flds};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     my $type;  
   
     if ($arg{type})  
     {  
         $type = " engine = $arg{type} ";  
     }  
   
     eval {  
         $dbh->do("CREATE TABLE $tbl ( $flds ) $type;");  
     };  
     if ($@)  
     {  
         confess "create table $tbl failed: $@";  
     }  
 }  
   
 sub load_table {  
     my $self     = shift @_;  
     my %defaults = ( delim => "\t" );  
     my %arg      = (%defaults, @_);  
     my $file     = $arg{file};  
     my $tbl      = $arg{tbl};  
     my $delim    = $arg{delim};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     my $result;  
   
     if ($file)  
     {  
         if ($dbms eq "mysql")  
         {  
             $result = $dbh->do("LOAD DATA LOCAL INFILE '$file' REPLACE INTO TABLE $tbl;");  
         }  
         elsif ($dbms eq "Pg")  
         {  
             $result = $dbh->do("COPY $tbl FROM '$file' USING DELIMITERS '$delim';");  
         }  
     }  
     return $result;  
 }  
   
 sub create_index {  
     my $self = shift @_;  
     my %arg  = @_;  
     my $tbl  = $arg{tbl};  
     my $idx  = $arg{idx};  
     my $flds = $arg{flds};  
     my $type = $arg{type};  
     my $dbh  = $self->{_dbh};  
     my $dbms = $self->{_dbms};  
     my $cmd  = "CREATE INDEX $idx ON $tbl ";  
     if ($type && $dbms eq "Pg")  
     {  
         $cmd .= " USING $type ";  
     }  
     $cmd .= " ( $flds );";  
     $dbh->do($cmd);  
 }  
   
 sub DESTROY {  
     my($self) = @_;  
   
     my($dbh);  
     if ($dbh = $self->{_dbh})  
     {  
         $dbh->disconnect;  
     }  
25  }  }
26    
27  sub vacuum_it {  sub vacuum_it {
# Line 239  Line 30 
30    
31      my $dbh  = $self->{_dbh};      my $dbh  = $self->{_dbh};
32      my $dbms = $self->{_dbms};      my $dbms = $self->{_dbms};
33      if ($dbms eq "mysql")      if ($dbms eq "mysql") {
     {  
34          return;          return;
35      }      }
36    
37      # this chunk is for Pg  (Postgres)      # this chunk is for Pg  (Postgres)
38      if (@tables == 0)      if (@tables == 0) {
     {  
39          $self->SQL("VACUUM ANALYZE");          $self->SQL("VACUUM ANALYZE");
40      }      } else {
41      else          foreach $table (@tables) {
     {  
         foreach $table (@tables)  
         {  
42              $self->SQL("VACUUM ANALYZE $table");              $self->SQL("VACUUM ANALYZE $table");
43          }          }
44      }      }
45  }  }
46    
 =pod  
   
47  =head1 get_inserted_id  =head1 get_inserted_id
48    
49  Return the last ID of a row inserted into an autonumber/serial-containing table.  Return the last ID of a row inserted into an autonumber/serial-containing table.
50    
51  =cut  =cut
52    
53  sub get_inserted_id  sub get_inserted_id {
 {  
54      my($self, $table, $sth) = @_;      my($self, $table, $sth) = @_;
55      if ($self->{_dbms} eq "Pg")      if ($self->{_dbms} eq "Pg") {
     {  
56          my $oid = $sth->{pg_oid_status};          my $oid = $sth->{pg_oid_status};
57          my $ret = $self->SQL("select id from $table where oid = ?", undef, $oid);          my $ret = $self->SQL("select id from $table where oid = ?", undef, $oid);
58          return $ret->[0]->[0];          return $ret->[0]->[0];
59      }      } elsif ($self->{_dbms} eq "mysql") {
     elsif ($self->{_dbms} eq "mysql")  
     {  
60          my $id = $self->{_dbh}->{mysql_insertid};          my $id = $self->{_dbh}->{mysql_insertid};
61          # print "mysql got $id\n";          # print "mysql got $id\n";
62          return $id;          return $id;
# Line 450  Line 230 
230    
231  }  }
232    
233    1;
 1  

Legend:
Removed from v.1.17  
changed lines
  Added in v.1.18

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3