[Bio] / FigKernelPackages / DBrtns.pm Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigKernelPackages/DBrtns.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.2 - (view) (download) (as text)

1 : efrank 1.1 package DBrtns;
2 :    
3 :     use strict;
4 :     use DBI;
5 :     use FIG_Config;
6 :    
7 :     use Data::Dumper;
8 : overbeek 1.2 use Carp;
9 :    
10 :     sub new {
11 : efrank 1.1 my($class,$dbms,$dbname,$dbuser,$dbpass,$dbport) = @_;
12 :    
13 :     $dbms = defined($dbms) ? $dbms : $FIG_Config::dbms;
14 :     $dbname = defined($dbname) ? $dbname : $FIG_Config::db;
15 :     $dbuser = defined($dbuser) ? $dbuser : $FIG_Config::dbuser;
16 :     $dbpass = defined($dbpass) ? $dbpass : $FIG_Config::dbpass;
17 :     $dbpass = defined($dbpass) ? $dbpass : $FIG_Config::dbpass;
18 :     $dbport = defined($dbport) ? $dbport : $FIG_Config::dbport;
19 :    
20 :     my $data_source = "DBI:$dbms(AutoCommit => 1):dbname=$dbname;port=$dbport";
21 :     my $dbh = DBI->connect( $data_source, $dbuser, $dbpass )
22 :     || die "ERROR: Could not connect to $data_source; ", DBI->errstr, "\n";
23 :     $dbh->{PrintError} = 1;
24 :     $dbh->{RaiseError} = 0;
25 :     if ($dbms eq "Pg")
26 :     {
27 :     $dbh->do(qq(SET "ENABLE_SEQSCAN" TO "OFF"));
28 :     $dbh->do(qq(SET DATESTYLE TO Postgres,US));
29 :     }
30 :    
31 :     bless {
32 :     _dbh => $dbh,
33 :     _dbms => $dbms,
34 :     }, $class;
35 :     }
36 :    
37 :     sub SQL {
38 :     my($self,$sql,$verbose) = @_;
39 :     my($dbh,$sth,$rc,$tmp);
40 :    
41 :     if ($verbose)
42 :     {
43 :     print STDERR "running: $sql\n";
44 :     }
45 :    
46 :     $dbh = $self->{_dbh};
47 :    
48 :     if (($sql =~ /^select/i) && ($tmp = $dbh->selectall_arrayref($sql)))
49 :     {
50 :     return $tmp;
51 :     }
52 :     else
53 :     {
54 :     return $dbh->do($sql);
55 :     # $sth = $dbh->prepare($sql)
56 :     # or die "prepare failed: $DBI::errstr";
57 :     # $sth->execute()
58 :     # or warn "execute failed: $DBI::errstr";
59 :     # return 1;
60 :     }
61 :     return undef;
62 :     }
63 :    
64 :     sub drop_table {
65 :     my $self = shift @_;
66 :     my %arg = @_;
67 :     my $tbl = $arg{tbl};
68 :     my $dbh = $self->{_dbh};
69 :     my $dbms = $self->{_dbms};
70 :     my $cmd;
71 :     if ($dbms eq "mysql") { $cmd = "DROP TABLE IF EXISTS $tbl;" ; }
72 :     else { $cmd = "DROP TABLE $tbl;" ; }
73 :     $dbh->do($cmd);
74 :     }
75 :    
76 :     sub create_table {
77 :     my $self = shift @_;
78 :     my %arg = @_;
79 :     my $tbl = $arg{tbl};
80 :     my $flds = $arg{flds};
81 :     my $dbh = $self->{_dbh};
82 :     my $dbms = $self->{_dbms};
83 :     $dbh->do("CREATE TABLE $tbl ( $flds );");
84 :     }
85 :    
86 :     sub load_table {
87 :     my $self = shift @_;
88 :     my %defaults = ( delim => "\t" );
89 :     my %arg = (%defaults, @_);
90 :     my $file = $arg{file};
91 :     my $tbl = $arg{tbl};
92 :     my $delim = $arg{delim};
93 :     my $dbh = $self->{_dbh};
94 :     my $dbms = $self->{_dbms};
95 :    
96 :     if ($file)
97 :     {
98 :     if ($dbms eq "mysql")
99 :     {
100 :     $dbh->do("LOAD DATA LOCAL INFILE '$file' REPLACE INTO TABLE $tbl;");
101 :     }
102 :     elsif ($dbms eq "Pg")
103 :     {
104 :     $dbh->do("COPY $tbl FROM '$file' USING DELIMITERS '$delim';");
105 :     }
106 :     }
107 :     }
108 :    
109 :     sub create_index {
110 :     my $self = shift @_;
111 :     my %arg = @_;
112 :     my $tbl = $arg{tbl};
113 :     my $idx = $arg{idx};
114 :     my $flds = $arg{flds};
115 :     my $type = $arg{type};
116 :     my $dbh = $self->{_dbh};
117 :     my $dbms = $self->{_dbms};
118 :     my $cmd = "CREATE INDEX $idx ON $tbl ";
119 :     if ($type && $dbms eq "Pg")
120 :     {
121 :     $cmd .= " USING $type ";
122 :     }
123 :     $cmd .= " ( $flds );";
124 :     $dbh->do($cmd);
125 :     }
126 :    
127 :     sub DESTROY {
128 :     my($self) = @_;
129 :    
130 :     my($dbh);
131 :     if ($dbh = $self->{_dbh})
132 :     {
133 :     $dbh->disconnect;
134 :     }
135 :     }
136 :    
137 :     sub vacuum_it {
138 :     my($self,@tables) = @_;
139 :     my($table);
140 :    
141 :     my $dbh = $self->{_dbh};
142 :     my $dbms = $self->{_dbms};
143 :     if ($dbms eq "mysql")
144 :     {
145 :     return;
146 :     }
147 :    
148 :     # this chunk is for Pg (Postgres)
149 :     if (@tables == 0)
150 :     {
151 :     $self->SQL("VACUUM ANALYZE");
152 :     }
153 :     else
154 :     {
155 :     foreach $table (@tables)
156 :     {
157 :     $self->SQL("VACUUM ANALYZE $table");
158 :     }
159 :     }
160 :     }
161 :    
162 :     1

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3