[Bio] / FigKernelPackages / CompareMR.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/CompareMR.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.3, Wed May 9 15:54:29 2007 UTC revision 1.6, Thu Oct 9 18:10:31 2008 UTC
# Line 24  Line 24 
24  use Data::Dumper;  use Data::Dumper;
25    
26  use FIG;  use FIG;
 my $fig = new FIG;  
27  use FIGV;  use FIGV;
28    
29  sub compare_genomes_MR {  sub compare_genomes_MR {
# Line 33  Line 32 
32      unless ($fig_services) {      unless ($fig_services) {
33        if (-d "$FIG_Config::organisms/$arg1")        if (-d "$FIG_Config::organisms/$arg1")
34          {          {
35            $fig_services = $fig;            $fig_services = FIG->new();
36            $genome1      = $arg1;            $genome1      = $arg1;
37          }          }
38        else        else
39          {          {
40            if (-d $arg1)            if (-d $arg1)
41              {              {
42                my $figV = new FIGV($arg1,$fig);                my $figV = new FIGV($arg1,FIG->new());
43                $fig_services = $figV;                $fig_services = $figV;
44                if ($arg1 =~ /(\d+\.\d+)$/)                if ($arg1 =~ /(\d+\.\d+)$/)
45                  {                  {
# Line 127  Line 126 
126                  push(@$pegs1,$dataA->[$i1]->[2]);                  push(@$pegs1,$dataA->[$i1]->[2]);
127                  $i1++;                  $i1++;
128              }              }
129              push(@$in1_not2,[$currS,$currR,$pegs1]);              push(@$in1_not2,[$currS,$currR,$pegs1,[$fig_services->seqs_with_role($currR,undef,$genomeB)]]);
130          }          }
131          elsif ( ($dataA->[$i1]->[0] gt $dataB->[$i2]->[0]) ||          elsif ( ($dataA->[$i1]->[0] gt $dataB->[$i2]->[0]) ||
132                 (($dataA->[$i1]->[0] eq $dataB->[$i2]->[0]) && ($dataA->[$i1]->[1] gt $dataB->[$i2]->[1])))                 (($dataA->[$i1]->[0] eq $dataB->[$i2]->[0]) && ($dataA->[$i1]->[1] gt $dataB->[$i2]->[1])))
# Line 156  Line 155 
155      my($fig_services,$genome) = @_;      my($fig_services,$genome) = @_;
156    
157      my $sub_data = $fig_services->get_genome_subsystem_data($genome);      my $sub_data = $fig_services->get_genome_subsystem_data($genome);
158      return [sort { ($a->[0] cmp $b->[0]) or ($a->[1] cmp $b->[1]) or &FIG::by_fig_id($a->[2],$b->[2]) } @$sub_data];      return [sort { ($a->[0] cmp $b->[0]) or ($a->[1] cmp $b->[1]) or ($a->[3] <=> $b->[3]) } map {$_->[2] =~ /\.(\d+)$/; [@$_, $1]} @$sub_data];
159    
160        # sort by_fig_id inefficient for metagenomes with large numbers of features
161    #    return [sort { ($a->[0] cmp $b->[0]) or ($a->[1] cmp $b->[1]) or &FIG::by_fig_id($a->[2],$b->[2]) } @$sub_data];
162  }  }
163    
164  1;  1;

Legend:
Removed from v.1.3  
changed lines
  Added in v.1.6

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3