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revision 1.9, Sun Feb 19 04:15:44 2006 UTC revision 1.10, Thu Apr 13 10:45:03 2006 UTC
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52  external        uni     1.3  external        uni     1.3
53  external        kegg    1  external        kegg    1
54  subsystems      trusted 20  subsystems      trusted 20
 ABC_transporter_alkylphosphonate_(TC_3.A.1.9.1) master:MattC  
 ABC_transporter_arabinose_(TC_3.A.1.2.2)        master:MattC  
 ABC_transporter_branched-chain_amino_acid_(TC_3.A.1.4.1)        master:MattC  
 ABC_transporter_dipeptide_(TC_3.A.1.5.2)        master:MattC  
 ABC_transporter_ferric_enterobactin_(TC_3.A.1.14.2)     master:MattC  
 ABC_transporter_ferrichrome_(TC_3.A.1.14.3)     master:MattC  
 ABC_transporter_galactose_(TC_3.A.1.2.3)        master:MattC  
 ABC_transporter_glutamate_aspartate_(TC_3.A.1.3.4)      master:MattC  
 ABC_transporter_glutamine_(TC_3.A.1.3.2)        master:MattC  
 ABC_transporter_glycerol_(TC_3.A.1.1.3) master:MattC  
 ABC_transporter_heme_(TC3.A.1.107.1)    master:MattC  
 ABC_transporter_histidine_lysine_arginine_ornithine_(TC_3.A.1.3.1)      master:MattC  
 ABC_transporter_iron(III)_dicitrate_(TC_3.A.1.14.1)     master:MattC  
 ABC_transporter_Iron_(II)_and_Manganese master:JenZ  
 ABC_transporter_L-proline_glycine_betaine_(TC_3.A.1.12.1)       master:MattC  
 ABC_transporter_macrolide       master:MattC  
 ABC_transporter_maltose master:MattC  
 ABC_transporter_molybdenum_(TC_3.A.1.8.1)       master:MattC  
 ABC_transporter_nickel_(TC_3.A.1.5.3)   master:MattC  
 ABC_transporter_oligopeptide_(TC_3.A.1.5.1)     master:MattC  
 ABC_transporter_peptide_(TC_3.A.1.5.5)  master:MattC  
 ABC_transporter_phosphate_(TC_3.A.1.7.1)        master:MattC  
 ABC_transporter_polyamine_putrescine_spermidine_(TC_3.A.1.11.1) master:MattC  
 ABC_transporter_putrescine_(TC_3.A.1.11.2)      master:MattC  
 ABC_transporter_ribose_(TC_3.A.1.2.1)   master:MattC  
 ABC_transporter_tungstate_(TC_3.A.1.6.2)        master:gjo  
 Accessory_Gene_Regulator        master:jcassat  
 Adhesion_of_Campylobacter       master:OlgaZ  
 Aerobactin_siderophore_biosynthesis     master:JenZ  
 Alanine_Biosynthesis    master:Straw  
 Alkanesulfonate_assimilation    master:OlgaV  
 Alkanesulfonates_Utilization    master:RobE  
 Allantoin_degradation   master:MattC  
 Ammonia_assimilation    master:EdF  
 Anaerobic_respiratory_reductases        master:OlgaV  
 Anthracycline_biosynthesis      master:OlgaV  
 Archease        master:gjo  
 Arginine_Biosynthesis   master:RickS  
 Arginine_Putrescine_and_4-aminobutyrate_degradation     master:MattC  
 Aromatic_Amin_Catabolism        master:OlgaV  
 Aromatic_amino_acid_degradation master:OlgaV  
 Arsenic_resistance      master:JenZ  
 Asp-Glu-tRNA(Asn-Gln)_transamidation    master:gjo  
 Bacterial_Cell_Division master:RickS  
 Bacterial_Chemotaxis    master:RickS  
 Bacteriocin-like_peptides_Blp   master:RamyA  
 Benzoate_degradation    master:OlgaV  
 Betaine_biosynthesis    master:MattC  
 Biogenesis_of_c-type_cytochromes        master:SvetaG  
 Biogenesis_of_cbb3-type_cytochrome_c_oxidases   master:SvetaG  
 Biotin_biosynthesis     master:rodionov  
 Biphenyl_Degradation    master:OlgaV  
 Branched-Chain_Amino_Acid_Biosynthesis  master:RossO  
 Butanol_Biosynthesis    master:RickS  
 Campylobacter_Iron_Metabolism   master:OlgaZ  
 Capsular_heptose_biosynthesis   master:OlgaZ  
 Capsular_polysaccharide_biosynthesis_in_Staphylococcus  master:JenZ  
 Capsular_Polysaccharide_Biosynthesis_in_Vibrio  master:JenZ  
 Capsular_surface_virulence_antigen_loci master:JenZ  
 Carbon_monoxide_dehydrogenases  master:rodionov  
 carnitine_metabolism    master:MattC  
 Catechol_branch_of_beta-ketoadipate_pathway     master:OlgaV  
 CbiQO-type_ABC_transporter_systems      master:rodionov  
 Central_meta-cleavage_pathway_of_aromatic_compound_degradation  master:OlgaV  
 Chloroaromatic_degradation_pathway      master:OlgaV  
 Cholera_toxin   master:VeronikaV  
 Choline_Transport       master:RobE  
 Chorismate_Synthesis    master:VeronikaV  
 Clavulanic_acid_biosynthesis    master:OlgaV  
 CMP-N-acetylneuraminate_Biosynthesis    master:OlgaZ  
 Coagulation_cascade     master:rodionov  
 Cobalamin_synthesis     master:gjo  
 CobW    master:vcrecy  
 Coenzyme_A_Biosynthesis master:AndreiO  
 Coenzyme_F420-H2_dehydrogenase_(methanophenazine)       master:gjo  
 Coenzyme_F420_hydrogenase       master:gjo  
 Coenzyme_F420_synthesis master:gjo  
 Coenzyme_PQQ_synthesis  master:gjo  
 Colanic_acid_biosynthesis       master:JenZ  
 Cyanate_hydrolysis      master:gjo  
 Cyanobacterial_Circadian_Clock  master:OlgaZ  
 Cytochrome_B6-F_complex master:SvetaG  
 Cytolethal_distending_toxin_of_Campylobacter_jejuni     master:OlgaZ  
 Cytolysin_and_Lipase_operon_in_Vibrio   master:JenZ  
 D-alanyl_lipoteichoic_acid_Biosynthesis master:OlgaZ  
 D-arabinose_degradation master:MattC  
 D-galactarate_degradation       master:MattC  
 D-galacturonate_degradation     master:MattC  
 D-tyrosyl-tRNA(Tyr)_deacylase   master:gjo  
 De_Novo_Purine_Biosynthesis     master:RossO  
 De_Novo_Pyrimidine_Synthesis    master:RossO  
 Denitrification master:rodionov  
 Di-Inositol-Phosphate_biosynthesis      master:rodionov  
 DNA-replication master:RickS  
 DNA_repair,_bacterial   master:gjo  
 DNA_repair_and_recombination_eukaryotic master:gjo  
 DNA_replication,_archaeal       master:gjo  
 DNA_structural_proteins,_bacterial      master:gjo  
 DNA_topoisomerases      master:gjo  
 DNA_topoisomerases,_Type_I,_ATP-independent     master:gjo  
 DNA_topoisomerases,_Type_II,_ATP-dependent      master:gjo  
 dTDP-rhamnose_synthesis master:MikeK  
 Embden-Meyerhof_and_Gluconeogenesis     master:SvetaG  
 Energy-conserving_hydrogenase_(ferredoxin)      master:gjo  
 Entner-Doudoroff_Pathway        master:SvetaG  
 ESAT-6_proteins_secretion_system_in_Actinobacteria      master:SvetaG  
 ESAT-6_proteins_secretion_system_in_Firmicutes  master:SvetaG  
 Ethanolamine_utilization        master:gjo  
 F0F1-type_ATP_synthase  master:RickS  
 Fatty_Acid_Biosynthesis_FASII   master:AndreiO  
 Fe-S_cluster_assembly   master:rodionov  
 Fermentations:_Lactate  master:SvetaG  
 Fermentations:_Mixed_acid       master:SvetaG  
 Flagellum       master:RickS  
 Flagellum_in_Campylobacter      master:JenZ  
 FMN_and_FAD_biosynthesis        master:AndreiO  
 Folate_Biosynthesis     master:vcrecy  
 Formaldehyde_assimilation:_Ribulose_monophosphate_pathway       master:SvetaG  
 Formate_dehydrogenase   master:gjo  
 Formate_hydrogenase     master:OlgaV  
 Glycerol_fermenation_to_1,3-propanediol master:gjo  
 Glycerolipid_and_glycerphospholipid_metabolism  master:VasiliyP_UCSD  
 Glycine_reductase,_sarcosine_reductase_and_betaine_reductase    master:gjo  
 Glycine_synthesis       master:MikeK  
 Glyoxylate_Synthesis    master:RickS  
 GroEL_GroES     master:MikeK  
 Heme-bound_Iron_Scavenge_Pathway        master:RickS  
 Hfl_operon      master:gjo  
 Histidine_Biosynthesis  master:RossO  
 Histidine_Degradation   master:RossO  
 HMG_CoA_Synthesis       master:VeronikaV  
 Homogentisate_pathway_of_aromatic_compound_degradation  master:OlgaV  
 Hydantoin_metabolism    master:OlgaV  
 Hydrogenases    master:OlgaV  
 Hyperosmotic_ectoine_biosynthesis       master:JenZ  
 Inositol_catabolism     master:VeronikaV  
 Inteins master:gjo  
 Isoprenoid_Biosynthesis master:OlgaZ  
 KDO2-Lipid_A_biosynthesis       master:OlgaZ  
 L-ascorbate_utilization_(and_related_gene_clusters)     master:SvetaG  
 Lactate_utilization     master:rodionov  
 Lactose_utilization     master:gjo  
 Leucine_Degradation_and_HMG-CoA_Metabolism      master:VeronikaV  
 Lipoic_acid_metabolism  master:gjo  
 Lipopolysaccharide_biosynthesis_2       master:OlgaV  
 Listeria_Pathogenicity_Island_LIPI-1_extended   master:SvetaG  
 Listeria_surface_proteins:_Internalin-like_proteins     master:SvetaG  
 Listeria_surface_proteins:_LPXTG_motif  master:SvetaG  
 LMPTP_YfkJ_cluster      master:AndreiO  
 LMPTP_YwlE_cluster      master:AndreiO  
 LOS_core_oligosaccharide_biosynthesis   master:OlgaZ  
 Lysine_Biosynthesis_DAP_Pathway master:AndreiO  
 Malonate_decarboxylase  master:VeronikaV  
 Mannose-sensitive_hemagglutinin_type_4_pilus    master:RobE  
 Mannose_and_fructose_metabolism master:HanYuC_UCSD  
 Membrane-bound_Ni,_Fe-hydrogenase       master:rodionov  
 Mercury_resistance_operon       master:JenZ  
 Methanogenesis  master:gjo  
 Methanogenesis_from_methylated_compounds        master:gjo  
 Methanophenazine_hydrogenase    master:gjo  
 Methicillin_resistance_in_Staphylococci master:SvetaG  
 Methionine_Biosynthesis master:rodionov  
 Methionine_Salvage      master:gjo  
 MLST    master:RobE  
 Molybdopterin_biosynthesis      master:JenZ  
 Motility_of_Campylobacter       master:OlgaZ  
 N-Acetyl-D-Glucosamine_Utilization      master:OlgaZ  
 N-linked_Glycosylation_in_Bacteria      master:OlgaZ  
 n-Phenylalkanoic_acid_degradation       master:OlgaV  
 Na(+)-translocating_NADH-quinone_oxidoreductase_and_rnf-like_group_of_electron_transport_complexes      master:OlgaV  
 NAD_and_NADP_cofactor_biosynthesis_global       master:AndreiO  
 NAG_short       master:rodionov  
 NiFe_hydrogenase_maturation     master:gjo  
 Nitrate_and_nitrite_ammonification      master:rodionov  
 Nitrosative_stress      master:rodionov  
 Nudix_proteins_(nucleoside_triphosphate_hydrolases)     master:gjo  
 NusA-TFII_Cluster       master:gjo  
 One-carbon_metabolism_by_tetrahydropterines     master:OlgaV  
 Osmotically_activated_L-carnitine_ABC_transporter_in_Listeria   master:JenZ  
 Oxidative_stress        master:OlgaV  
 p-Hydroxybenzoate_degradation   master:OlgaV  
 Pentose_phosphate_pathway       master:SvetaG  
 Peptidoglycan_Biosynthesis      master:RickS  
 Peptidyl-prolyl_cis-trans_isomerase     master:gjo  
 Phenylacetate_pathway_of_aromatic_compound_degradation  master:OlgaV  
 Phenylalanine_synthesis master:MikeK  
 Phenylpropionate_Degradation    master:OlgaV  
 Phosphorylcholine_incorporation_in_LPS  master:OlgaZ  
 Phosphotransferase_enzyme_II_-_Glucose_class_permease   master:JenZ  
 Phosphotransferase_enzyme_II_-_Lactose_class_permease   master:JenZ  
 Phosphotransferase_enzyme_II_-_Mannitol_class_permease  master:JenZ  
 Phosphotransferase_enzyme_II_-_Mannose_family_permease  master:JenZ  
 Photosystem_I   master:SvetaG  
 Photosystem_II  master:SvetaG  
 PnuC-like_transporters  master:rodionov  
 Polyadenylation_bacterial       master:gjo  
 Polyhydroxybutyrate_metabolism  master:OlgaV  
 Porphyrin,_Heme,_and_Siroheme_Biosynthesis      master:SvetaG  
 ppGpp_biosynthesis      master:MikeK  
 Proline_reductase       master:gjo  
 Proline_Synthesis       master:RickS  
 Propanediol_utilization master:gjo  
 Prophage-encoded_Exotoxins      master:RamyA  
 Proteasome_archaeal     master:gjo  
 Proteasome_eukaryotic   master:gjo  
 Protein_degradation     master:gjo  
 Protocatechuate_branch_of_beta-ketoadipate_pathway      master:OlgaV  
 Pterin_biosynthesis     master:vcrecy  
 Purine_conversions      master:OlgaV  
 Purine_Utilization      master:OlgaV  
 Putative_sulfate_assimilation_cluster   master:OlgaV  
 Pyridoxin_(Vitamin_B6)_Biosynthesis     master:OlgaZ  
 Pyruvate:ferredoxin_oxidoreductase      master:SvetaG  
 Pyruvate_Alanine_Serine_Interconversions        master:JasonS_UCSD  
 Pyruvate_metabolism_I:_anaplerotic_reactions,_PEP       master:SvetaG  
 Pyruvate_metabolism_II:_acetyl-CoA,_acetogenesis_from_pyruvate  master:SvetaG  
 Queuosine-Archaeosine_Biosynthesis      master:vcrecy  
 Quorum_Sensing:_Autoinducer-2_Synthesis master:AndrewJ  
 Respiratory_Complex_I   master:OlgaV  
 Respiratory_dehydrogenases_1    master:OlgaV  
 Riboflavin_metabolism   master:rodionov  
 Ribonuclease_P_archaeal_and_eukaryal    master:gjo  
 Ribonucleotide_reduction        master:rodionov  
 Ribosome_biogenesis_bacterial   master:gjo  
 Ribosome_LSU_bacterial  master:gjo  
 Ribosome_LSU_chloroplast        master:gjo  
 Ribosome_LSU_eukaryotic_and_archaeal    master:gjo  
 Ribosome_LSU_mitochondrial      master:gjo  
 Ribosome_SSU_bacterial  master:gjo  
 Ribosome_SSU_chloroplast        master:gjo  
 Ribosome_SSU_eukaryotic_and_archaeal    master:gjo  
 Ribosome_SSU_mitochondrial      master:gjo  
 RNA_3'-terminal_phosphate_cyclase       master:gjo  
 RNA_polymerase_archaeal master:gjo  
 RNA_polymerase_archaeal_initiation_factors      master:gjo  
 RNA_polymerase_bacterial        master:gjo  
 RNA_polymerase_chloroplast      master:gjo  
 RNA_polymerase_I        master:gjo  
 RNA_polymerase_II       master:gjo  
 RNA_polymerase_II_initiation_factors    master:gjo  
 RNA_polymerase_III      master:gjo  
 Rrf2_family_transcriptional_regulators  master:rodionov  
 SA:14-24        master:RossO  
 Salicylate_ester_degradation    master:OlgaV  
 Selenocysteine_metabolism       master:gjo  
 Serine-glyoxylate_cycle master:OlgaV  
 Serine_Biosynthesis     master:MikeK  
 Sialic_Acid_Metabolism  master:OlgaZ  
 Sodium_Hydrogen_Antiporter      master:JenZ  
 Soluble_cytochromes_and_functionally_related_electron_carriers  master:OlgaV  
 SpeB-SpeF_extended_regulon      master:RamyA  
 Spliceosome     master:gjo  
 Spore_Coat      master:RickS  
 Streptococcal_Mga_Regulon       master:RamyA  
 Streptococcus_pneumoniae_Vancomycin_Tolerance_Locus     master:RamyA  
 Streptococcus_pyogenes_recombinatorial_zone     master:RamyA  
 Streptococcus_pyogenes_Virulome master:RamyA  
 Streptolysin_S_Biosynthesis_and_Transport       master:RamyA  
 Streptomycin_biosynthesis       master:OlgaV  
 Succinate_dehydrogenase master:OlgaV  
 Sugar-phosphate_stress_regulation       master:gjo  
 Sulfate_to_Sulfide      master:RobE  
 Taurine_Utilization     master:RobE  
 TCA_Cycle       master:OlgaV  
 Teichoic_and_lipoteichoic_acids_biosynthesis    master:OlgaV  
 Teichuronic_acid_biosynthesis   master:OlgaV  
 Terminal_cytochrome_C_oxidases  master:OlgaV  
 Terminal_cytochrome_oxidases    master:OlgaV  
 Tetrathionate_respiration       master:gjo  
 The_Tartronate_Semialdehyde_Hub master:RossO  
 Thiamin_biosynthesis    master:rodionov  
 Thioredoxin-disulfide_reductase master:gjo  
 Threonine_degradation   master:OlgaV  
 Threonine_synthesis     master:MikeK  
 Transcription_factors_bacterial master:gjo  
 Transcription_factors_cyanobacterial_RpoD-like_sigma_factors    master:gjo  
 Translation_elongation_factors_eukaryotic_and_archaeal  master:gjo  
 Translation_factors_bacterial   master:gjo  
 Translation_initiation_factors_eukaryotic_and_archaeal  master:gjo  
 Transport_of_Nickel_and_Cobalt  master:rodionov  
 Tricarballylate_Utilization     master:RossO  
 tRNA_aminoacylation     master:gjo  
 tRNA_aminoacylation,_mitochondrial      master:gjo  
 tRNA_processing master:gjo  
 tRNA_splicing   master:gjo  
 Tryptophan_synthesis    master:VeronikaV  
 Two-component_regulatory_systems_in_Campylobacter       master:OlgaZ  
 Tyrosine_synthesis      master:MikeK  
 Ubiquinone_Biosynthesis master:OlgaZ  
 Ubiquinone_Menaquinone-cytochrome_c_reductase_complexes master:OlgaV  
 UDP-N-acetylmuramate_from_Fructose-6-phosphate_Biosynthesis     master:vasiliyP  
 Universal_GTPases       master:gjo  
 Urea_decomposition      master:rodionov  
 Utilization_of_glutathione_as_a_sulphur_source  master:OlgaV  
 V-Type_ATP_synthase     master:RickS  
 Vibrio_pathogenicity_island     master:JenZ  
 Wyeosine-MimG_Biosynthesis      master:vcrecy  
 Xylose_utilization      master:rodionov  
 yrdC    master:vcrecy  
 //  
55  END  END
56  ;  ;
57      return split(/\n/,$x);      my @parms = split(/\n/,$x);
58        my $fig = new FIG;
59        my @trusted_subsystems = map { my $sub = $_; my $curr = $fig->subsystem_curator($sub);
60                                       "$sub\t$curr\n"
61                                     }
62                                 grep { $fig->usable_subsystem($_) }
63                                 $fig->all_subsystems;
64        push(@parms,@trusted_subsystems,"//\n");
65        return @parms;
66  }  }
67    
68    

Legend:
Removed from v.1.9  
changed lines
  Added in v.1.10

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