[Bio] / FigKernelPackages / Assignments.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Assignments.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.11, Wed May 3 13:18:22 2006 UTC revision 1.17, Wed Sep 10 20:09:55 2008 UTC
# Line 25  Line 25 
25  sub default_parms {  sub default_parms {
26    
27      my $x = <<END      my $x = <<END
 genome  198214.1        5       Shigella flexneri 2a str. 301  
 genome  198215.1        5       Shigella flexneri 2a str. 2457T  
 genome  216598.1        5       Shigella dysenteriae M131649  
 genome  216599.1        5       Shigella sonnei 53G  
 genome  630.2   5       Yersinia enterocolitica 8081  
 genome  633.2   5       Yersinia pseudotuberculosis (Livermore)  
 genome  187410.1        5       Yersinia pestis KIM  
 genome  214092.1        5       Yersinia pestis CO92  
 genome  229193.1        5       Yersinia pestis biovar Medievalis str. 91001  
 genome  273123.1        5       Yersinia pseudotuberculosis IP 32953  
 genome  594.1   5       Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum  
 genome  99287.1 5       Salmonella typhimurium LT2  
 genome  119912.1        5       Salmonella enterica serovar Choleraesuis SC-B67  
 genome  209261.1        5       Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi Ty2  
 genome  220341.1        5       Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18  
 genome  83333.1 5       Escherichia coli K12  
 genome  83334.1 5       Escherichia coli O157:H7  
 genome  155864.1        5       Escherichia coli O157:H7 EDL933  
 genome  199310.1        5       Escherichia coli CFT073  
 genome  216592.1        5       Escherichia coli 042  
 genome  216593.1        5       Escherichia coli E2348/69  
 genome  192222.1        5       Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168  
 genome  224308.1        5       Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168  
 genome  196600.1        5       Vibrio vulnificus YJ016  
 genome  216895.1        5       Vibrio vulnificus CMCP6  
 genome  223926.1        5       Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633  
 genome  243277.1        5       Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961  
 genome  312309.3        5       Vibrio fischeri ES114  
 genome  314290.3        5       Vibrio sp. MED222  
 genome  314291.3        5       Vibrio splendidus 12B01  
 genome  192222.1        5       Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168  
 genome  195099.3        5       Campylobacter jejuni RM1221  
 genome  306254.1        5       Campylobacter coli RM2228  
 genome  306263.1        5       Campylobacter lari RM2100  
 genome  306264.1        5       Campylobacter upsaliensis RM3195  
 genome  169963.1        5       Listeria monocytogenes EGD-e  
 genome  265669.1        5       Listeria monocytogenes str. 4b F2365  
 genome  267409.1        5       Listeria monocytogenes str. 1/2a F6854  
 genome  267410.1        5       Listeria monocytogenes str. 4b H7858  
 genome  272626.1        5       Listeria innocua Clip11262  
 genome  1314.1          5       Streptococcus pyogenes M5  
 genome  160490.1        5       Streptococcus pyogenes M1 GAS  
 genome  170187.1        5       Streptococcus pneumoniae TIGR4  
 genome  171101.1        5       Streptococcus pneumoniae R6  
 genome  186103.1        5       Streptococcus pyogenes MGAS8232  
 genome  193567.1        5       Streptococcus pyogenes SSI-1  
 genome  198466.1        5       Streptococcus pyogenes MGAS315  
 genome  205921.3        5       Streptococcus agalactiae A909  
 genome  208435.1        5       Streptococcus agalactiae 2603V/R  
 genome  210007.1        5       Streptococcus mutans UA159  
 genome  211110.1        5       Streptococcus agalactiae NEM316  
 genome  246201.1        5       Streptococcus mitis NCTC 12261  
 genome  264199.3        5       Streptococcus thermophilus LMG 18311  
 genome  286636.1        5       Streptococcus pyogenes MGAS10394  
 genome  293653.3        5       Streptococcus pyogenes MGAS5005  
 genome  299768.3        5       Streptococcus thermophilus CNRZ1066  
 genome  319701.3        5       Streptococcus pyogenes MGAS6180  
 genome  93062.4         5       Staphylococcus aureus subsp. aureus COL  
 genome  158878.1        5       Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50  
 genome  158879.1        5       Staphylococcus aureus subsp. aureus N315  
 genome  176279.3        5       Staphylococcus epidermidis RP62A  
 genome  176280.1        5       Staphylococcus epidermidis ATCC 12228  
 genome  196620.1        5       Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2  
 genome  282458.1        5       Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252  
 genome  282459.1        5       Staphylococcus aureus subsp. aureus MSSA476  
28  external        sp      4  external        sp      4
29    external        img     4
30  external        uni     1.3  external        uni     1.3
31  external        kegg    1  external        kegg    1
32  subsystems      trusted 20  external        gi      1
33  END  END
34  ;  ;
35    #
36    # TO PUT FIG ANNOTATIONS BACK IN ADD THE FOLLOWING LINE
37    #######################################################
38    #subsystems     trusted 20
39    #######################################################
40    # You may also improve things by adding lines like:
41    #
42    #genome 83333.1 15      Escherichia coli K12
43    #
44    #######################################################
45    
46      my @parms = split(/\n/,$x);      my @parms = split(/\n/,$x);
47      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
48      my @trusted_subsystems = map { my $sub = $_; my $curr = $fig->subsystem_curator($sub);      my @trusted_subsystems = map { my $sub = $_; my $curr = $fig->subsystem_curator($sub);
# Line 118  Line 65 
65          &load_peg_function($fig,$parms,$peg,$functions);          &load_peg_function($fig,$parms,$peg,$functions);
66      }      }
67      my @tmp = keys(%$functions);      my @tmp = keys(%$functions);
68  #   print &Dumper(['peg check',\@tmp,$functions]);      print STDERR &Dumper(['peg check',\@tmp,$functions]) if ($ENV{'DEBUG'} || $ENV{'VERBOSE'});
69    
70      if ((@tmp == 1) && (@$pegs >= 5)) { return $tmp[0] }      if ((@tmp == 1) && (@$pegs >= 5)) { return $tmp[0] }
71    
# Line 149  Line 96 
96      my($fig,$parms,$functions) = @_;      my($fig,$parms,$functions) = @_;
97      my($set,$score,$best_source,$poss_function);      my($set,$score,$best_source,$poss_function);
98      my(@scored);      my(@scored);
   
99      my @partitions = &SameFunc::group_funcs(keys(%$functions));      my @partitions = &SameFunc::group_funcs(keys(%$functions));
100      if ($ENV{'VERBOSE'}) {  print STDERR "partition: ",&Dumper(\@partitions,$functions); }      if ($ENV{'VERBOSE'}) {  print STDERR "partition: ",&Dumper(\@partitions,$functions); }
101    
102      foreach $set (@partitions)      foreach $set (@partitions)
103      {      {
104          $score = &score_set($set,$functions);          $score = &score_set($set,$functions);
105  #       print STDERR &Dumper([$score,$set]);          if ($ENV{'DEBUG'}) { print STDERR &Dumper([$score,$set]); }
106    
107  #       print STDERR "picking from set ",&Dumper($set);          if ($ENV{'DEBUG'}) { print STDERR "picking from set ",&Dumper($set); }
108          ($poss_function,$best_source) = &pick_specific($fig,$parms,$set,$functions);          ($poss_function,$best_source) = &pick_specific($fig,$parms,$set,$functions);
109  #       print STDERR "picked $poss_function from $best_source\n";          if ($ENV{'DEBUG'}) { print STDERR "picked $poss_function from $best_source\n"; }
110          push(@scored,[$score,$poss_function,$best_source]);          push(@scored,[$score,$poss_function,$best_source]);
111      }      }
112      @scored = sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @scored;      @scored = sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @scored;
# Line 249  Line 195 
195          {          {
196              $value += $_;              $value += $_;
197          }          }
   
198          my $subv = 0;          my $subv = 0;
199          my @subs = $fig->peg_to_subsystems($peg);          my @subs = ();
200            foreach my $sub ($fig->peg_to_subsystems($peg))
201            {
202                if (1) # (&solid_sub_assign($fig,$sub,$peg,$func))
203                {
204                    push(@subs,$sub);
205                }
206            }
207          my $sub;          my $sub;
208          my $in_sub = 0;          my $in_sub = 0;
209          foreach $sub (@subs)          foreach $sub (@subs)
# Line 270  Line 222 
222      }      }
223  }  }
224    
225    sub solid_sub_assign {
226        my($fig,$sub,$peg,$func) = @_;
227    
228        my $curator = $fig->subsystem_curator($sub);
229        $curator =~ s/^master://;
230        return ($fig->usable_subsystem($sub) && &made_by_curator($fig,$peg,$func,$curator));
231    }
232    
233    sub made_by_curator {
234        my($fig,$peg,$func,$curator) = @_;
235    
236        my @ann = $fig->feature_annotations($peg,"rawtime");
237        my $i;
238        my $funcQ = quotemeta $func;
239        for ($i=$#ann;
240             ($i >= 0) && (($ann[$i]->[2] !~ /$curator/) || ($ann[$i]->[3] !~ /Set \S+ function to\n$funcQ/s));
241             $i--) {}
242        return ($i >= 0);
243    }
244    
245  sub equivalent_ids {  sub equivalent_ids {
246      my($fig,$parms,$pegs) = @_;      my($fig,$parms,$pegs) = @_;
247      my($peg,@aliases,$alias,%external_ids,%pegs,$tuple);      my($peg,@aliases,$alias,%external_ids,%pegs,$tuple);

Legend:
Removed from v.1.11  
changed lines
  Added in v.1.17

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3