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revision 1.8, Wed Feb 15 22:12:26 2006 UTC revision 1.16, Tue Jun 12 21:35:35 2007 UTC
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25  sub default_parms {  sub default_parms {
26    
27      my $x = <<END      my $x = <<END
28  genome  198214.1        4       Shigella flexneri 2a str. 301  genome  198214.1        15      Shigella flexneri 2a str. 301
29  genome  198215.1        4       Shigella flexneri 2a str. 2457T  genome  198215.1        15      Shigella flexneri 2a str. 2457T
30  genome  216598.1        4       Shigella dysenteriae M131649  genome  216598.1        15      Shigella dysenteriae M131649
31  genome  216599.1        4       Shigella sonnei 53G  genome  216599.1        15      Shigella sonnei 53G
32  genome  630.2   4       Yersinia enterocolitica 8081  genome  630.2   15      Yersinia enterocolitica 8081
33  genome  633.2   4       Yersinia pseudotuberculosis (Livermore)  genome  633.2   15      Yersinia pseudotuberculosis (Livermore)
34  genome  187410.1        4       Yersinia pestis KIM  genome  187410.1        15      Yersinia pestis KIM
35  genome  214092.1        4       Yersinia pestis CO92  genome  214092.1        15      Yersinia pestis CO92
36  genome  229193.1        4       Yersinia pestis biovar Medievalis str. 91001  genome  229193.1        15      Yersinia pestis biovar Medievalis str. 91001
37  genome  273123.1        4       Yersinia pseudotuberculosis IP 32953  genome  273123.1        15      Yersinia pseudotuberculosis IP 32953
38  genome  594.1   4       Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum  genome  594.1   15      Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum
39  genome  99287.1 4       Salmonella typhimurium LT2  genome  99287.1 15      Salmonella typhimurium LT2
40  genome  119912.1        4       Salmonella enterica serovar Choleraesuis SC-B67  genome  119912.1        15      Salmonella enterica serovar Choleraesuis SC-B67
41  genome  209261.1        4       Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi Ty2  genome  209261.1        15      Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi Ty2
42  genome  220341.1        4       Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18  genome  220341.1        15      Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18
43  genome  83333.1 4       Escherichia coli K12  genome  83333.1 15      Escherichia coli K12
44  genome  83334.1 4       Escherichia coli O157:H7  genome  83334.1 15      Escherichia coli O157:H7
45  genome  155864.1        4       Escherichia coli O157:H7 EDL933  genome  155864.1        15      Escherichia coli O157:H7 EDL933
46  genome  199310.1        4       Escherichia coli CFT073  genome  199310.1        15      Escherichia coli CFT073
47  genome  216592.1        4       Escherichia coli 042  genome  216592.1        15      Escherichia coli 042
48  genome  216593.1        4       Escherichia coli E2348/69  genome  216593.1        15      Escherichia coli E2348/69
49  genome  192222.1        4       Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168  genome  192222.1        15      Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168
50  genome  224308.1        2       Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168  genome  224308.1        15      Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
51    genome  196600.1        15      Vibrio vulnificus YJ016
52    genome  216895.1        15      Vibrio vulnificus CMCP6
53    genome  223926.1        15      Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
54    genome  243277.1        15      Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
55    genome  312309.3        15      Vibrio fischeri ES114
56    genome  314290.3        15      Vibrio sp. MED222
57    genome  314291.3        15      Vibrio splendidus 12B01
58    genome  192222.1        15      Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168
59    genome  195099.3        15      Campylobacter jejuni RM1221
60    genome  306254.1        15      Campylobacter coli RM2228
61    genome  306263.1        15      Campylobacter lari RM2100
62    genome  306264.1        15      Campylobacter upsaliensis RM3195
63    genome  169963.1        15      Listeria monocytogenes EGD-e
64    genome  265669.1        15      Listeria monocytogenes str. 4b F2365
65    genome  267409.1        15      Listeria monocytogenes str. 1/2a F6854
66    genome  267410.1        15      Listeria monocytogenes str. 4b H7858
67    genome  272626.1        15      Listeria innocua Clip11262
68    genome  1314.1          15      Streptococcus pyogenes M5
69    genome  160490.1        15      Streptococcus pyogenes M1 GAS
70    genome  170187.1        15      Streptococcus pneumoniae TIGR4
71    genome  171101.1        15      Streptococcus pneumoniae R6
72    genome  186103.1        15      Streptococcus pyogenes MGAS8232
73    genome  193567.1        15      Streptococcus pyogenes SSI-1
74    genome  198466.1        15      Streptococcus pyogenes MGAS315
75    genome  205921.3        15      Streptococcus agalactiae A909
76    genome  208435.1        15      Streptococcus agalactiae 2603V/R
77    genome  210007.1        15      Streptococcus mutans UA159
78    genome  211110.1        15      Streptococcus agalactiae NEM316
79    genome  246201.1        15      Streptococcus mitis NCTC 12261
80    genome  264199.3        15      Streptococcus thermophilus LMG 18311
81    genome  286636.1        15      Streptococcus pyogenes MGAS10394
82    genome  293653.3        15      Streptococcus pyogenes MGAS5005
83    genome  299768.3        15      Streptococcus thermophilus CNRZ1066
84    genome  319701.3        15      Streptococcus pyogenes MGAS6180
85    genome  93062.4         15      Staphylococcus aureus subsp. aureus COL
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87    genome  158879.1        15      Staphylococcus aureus subsp. aureus N315
88    genome  176279.3        15      Staphylococcus epidermidis RP62A
89    genome  176280.1        15      Staphylococcus epidermidis ATCC 12228
90    genome  196620.1        15      Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2
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92    genome  282459.1        15      Staphylococcus aureus subsp. aureus MSSA476
93  external        sp      4  external        sp      4
94  external        uni     1.3  external        uni     1.3
95  external        kegg    1  external        kegg    1
96  subsystems      trusted 20  subsystems      trusted 20
 ABC_transporter_alkylphosphonate_(TC_3.A.1.9.1) master:MattC  
 ABC_transporter_arabinose_(TC_3.A.1.2.2)        master:MattC  
 ABC_transporter_branched-chain_amino_acid_(TC_3.A.1.4.1)        master:MattC  
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 ABC_transporter_tungstate_(TC_3.A.1.6.2)        master:gjo  
 Accessory_Gene_Regulator        master:jcassat  
 Adhesion_of_Campylobacter       master:OlgaZ  
 Aerobactin_siderophore_biosynthesis     master:JenZ  
 Alanine_Biosynthesis    master:Straw  
 Alkanesulfonate_assimilation    master:OlgaV  
 Alkanesulfonates_Utilization    master:RobE  
 Allantoin_degradation   master:MattC  
 Ammonia_assimilation    master:EdF  
 Anaerobic_respiratory_reductases        master:OlgaV  
 Anthracycline_biosynthesis      master:OlgaV  
 Archease        master:gjo  
 Arginine_Biosynthesis   master:RickS  
 Arginine_Putrescine_and_4-aminobutyrate_degradation     master:MattC  
 Aromatic_Amin_Catabolism        master:OlgaV  
 Aromatic_amino_acid_degradation master:OlgaV  
 Arsenic_resistance      master:JenZ  
 Asp-Glu-tRNA(Asn-Gln)_transamidation    master:gjo  
 Bacterial_Cell_Division master:RickS  
 Bacterial_Chemotaxis    master:RickS  
 Bacteriocin-like_peptides_Blp   master:RamyA  
 Benzoate_degradation    master:OlgaV  
 Betaine_biosynthesis    master:MattC  
 Biogenesis_of_c-type_cytochromes        master:SvetaG  
 Biogenesis_of_cbb3-type_cytochrome_c_oxidases   master:SvetaG  
 Biotin_biosynthesis     master:rodionov  
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 Branched-Chain_Amino_Acid_Biosynthesis  master:RossO  
 Butanol_Biosynthesis    master:RickS  
 Campylobacter_Iron_Metabolism   master:OlgaZ  
 Capsular_heptose_biosynthesis   master:OlgaZ  
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 Capsular_surface_virulence_antigen_loci master:JenZ  
 Carbon_monoxide_dehydrogenases  master:rodionov  
 carnitine_metabolism    master:MattC  
 Catechol_branch_of_beta-ketoadipate_pathway     master:OlgaV  
 CbiQO-type_ABC_transporter_systems      master:rodionov  
 Central_meta-cleavage_pathway_of_aromatic_compound_degradation  master:OlgaV  
 Chloroaromatic_degradation_pathway      master:OlgaV  
 Cholera_toxin   master:VeronikaV  
 Choline_Transport       master:RobE  
 Chorismate_Synthesis    master:VeronikaV  
 Clavulanic_acid_biosynthesis    master:OlgaV  
 CMP-N-acetylneuraminate_Biosynthesis    master:OlgaZ  
 Coagulation_cascade     master:rodionov  
 Cobalamin_synthesis     master:gjo  
 CobW    master:vcrecy  
 Coenzyme_A_Biosynthesis master:AndreiO  
 Coenzyme_F420-H2_dehydrogenase_(methanophenazine)       master:gjo  
 Coenzyme_F420_hydrogenase       master:gjo  
 Coenzyme_F420_synthesis master:gjo  
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 Colanic_acid_biosynthesis       master:JenZ  
 Cyanate_hydrolysis      master:gjo  
 Cyanobacterial_Circadian_Clock  master:OlgaZ  
 Cytochrome_B6-F_complex master:SvetaG  
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 Cytolysin_and_Lipase_operon_in_Vibrio   master:JenZ  
 D-alanyl_lipoteichoic_acid_Biosynthesis master:OlgaZ  
 D-arabinose_degradation master:MattC  
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 D-tyrosyl-tRNA(Tyr)_deacylase   master:gjo  
 De_Novo_Purine_Biosynthesis     master:RossO  
 De_Novo_Pyrimidine_Synthesis    master:RossO  
 Denitrification master:rodionov  
 Di-Inositol-Phosphate_biosynthesis      master:rodionov  
 DNA-replication master:RickS  
 DNA_repair,_bacterial   master:gjo  
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 Embden-Meyerhof_and_Gluconeogenesis     master:SvetaG  
 Energy-conserving_hydrogenase_(ferredoxin)      master:gjo  
 Entner-Doudoroff_Pathway        master:SvetaG  
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 Ethanolamine_utilization        master:gjo  
 F0F1-type_ATP_synthase  master:RickS  
 Fatty_Acid_Biosynthesis_FASII   master:AndreiO  
 Fe-S_cluster_assembly   master:rodionov  
 Fermentations:_Lactate  master:SvetaG  
 Fermentations:_Mixed_acid       master:SvetaG  
 Flagellum       master:RickS  
 Flagellum_in_Campylobacter      master:JenZ  
 FMN_and_FAD_biosynthesis        master:AndreiO  
 Folate_Biosynthesis     master:vcrecy  
 Formaldehyde_assimilation:_Ribulose_monophosphate_pathway       master:SvetaG  
 Formate_dehydrogenase   master:gjo  
 Formate_hydrogenase     master:OlgaV  
 Glycerol_fermenation_to_1,3-propanediol master:gjo  
 Glycerolipid_and_glycerphospholipid_metabolism  master:VasiliyP_UCSD  
 Glycine_reductase,_sarcosine_reductase_and_betaine_reductase    master:gjo  
 Glycine_synthesis       master:MikeK  
 Glyoxylate_Synthesis    master:RickS  
 GroEL_GroES     master:MikeK  
 Heme-bound_Iron_Scavenge_Pathway        master:RickS  
 Hfl_operon      master:gjo  
 Histidine_Biosynthesis  master:RossO  
 Histidine_Degradation   master:RossO  
 HMG_CoA_Synthesis       master:VeronikaV  
 Homogentisate_pathway_of_aromatic_compound_degradation  master:OlgaV  
 Hydantoin_metabolism    master:OlgaV  
 Hydrogenases    master:OlgaV  
 Hyperosmotic_ectoine_biosynthesis       master:JenZ  
 Inositol_catabolism     master:VeronikaV  
 Inteins master:gjo  
 Isoprenoid_Biosynthesis master:OlgaZ  
 KDO2-Lipid_A_biosynthesis       master:OlgaZ  
 L-ascorbate_utilization_(and_related_gene_clusters)     master:SvetaG  
 Lactate_utilization     master:rodionov  
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 Lipoic_acid_metabolism  master:gjo  
 Lipopolysaccharide_biosynthesis_2       master:OlgaV  
 Listeria_Pathogenicity_Island_LIPI-1_extended   master:SvetaG  
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 LOS_core_oligosaccharide_biosynthesis   master:OlgaZ  
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 Malonate_decarboxylase  master:VeronikaV  
 Mannose-sensitive_hemagglutinin_type_4_pilus    master:RobE  
 Mannose_and_fructose_metabolism master:HanYuC_UCSD  
 Membrane-bound_Ni,_Fe-hydrogenase       master:rodionov  
 Mercury_resistance_operon       master:JenZ  
 Methanogenesis  master:gjo  
 Methanogenesis_from_methylated_compounds        master:gjo  
 Methanophenazine_hydrogenase    master:gjo  
 Methicillin_resistance_in_Staphylococci master:SvetaG  
 Methionine_Biosynthesis master:rodionov  
 Methionine_Salvage      master:gjo  
 MLST    master:RobE  
 Molybdopterin_biosynthesis      master:JenZ  
 Motility_of_Campylobacter       master:OlgaZ  
 N-Acetyl-D-Glucosamine_Utilization      master:OlgaZ  
 N-linked_Glycosylation_in_Bacteria      master:OlgaZ  
 n-Phenylalkanoic_acid_degradation       master:OlgaV  
 Na(+)-translocating_NADH-quinone_oxidoreductase_and_rnf-like_group_of_electron_transport_complexes      master:OlgaV  
 NAD_and_NADP_cofactor_biosynthesis_global       master:AndreiO  
 NAG_short       master:rodionov  
 NiFe_hydrogenase_maturation     master:gjo  
 Nitrate_and_nitrite_ammonification      master:rodionov  
 Nitrosative_stress      master:rodionov  
 Nudix_proteins_(nucleoside_triphosphate_hydrolases)     master:gjo  
 NusA-TFII_Cluster       master:gjo  
 One-carbon_metabolism_by_tetrahydropterines     master:OlgaV  
 Osmotically_activated_L-carnitine_ABC_transporter_in_Listeria   master:JenZ  
 Oxidative_stress        master:OlgaV  
 p-Hydroxybenzoate_degradation   master:OlgaV  
 Pentose_phosphate_pathway       master:SvetaG  
 Peptidoglycan_Biosynthesis      master:RickS  
 Peptidyl-prolyl_cis-trans_isomerase     master:gjo  
 Phenylacetate_pathway_of_aromatic_compound_degradation  master:OlgaV  
 Phenylalanine_synthesis master:MikeK  
 Phenylpropionate_Degradation    master:OlgaV  
 Phosphorylcholine_incorporation_in_LPS  master:OlgaZ  
 Phosphotransferase_enzyme_II_-_Glucose_class_permease   master:JenZ  
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 Photosystem_I   master:SvetaG  
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 PnuC-like_transporters  master:rodionov  
 Polyadenylation_bacterial       master:gjo  
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 Proline_reductase       master:gjo  
 Proline_Synthesis       master:RickS  
 Propanediol_utilization master:gjo  
 Prophage-encoded_Exotoxins      master:RamyA  
 Proteasome_archaeal     master:gjo  
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 Protein_degradation     master:gjo  
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 Pterin_biosynthesis     master:vcrecy  
 Purine_conversions      master:OlgaV  
 Purine_Utilization      master:OlgaV  
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 Pyridoxin_(Vitamin_B6)_Biosynthesis     master:OlgaZ  
 Pyruvate:ferredoxin_oxidoreductase      master:SvetaG  
 Pyruvate_Alanine_Serine_Interconversions        master:JasonS_UCSD  
 Pyruvate_metabolism_I:_anaplerotic_reactions,_PEP       master:SvetaG  
 Pyruvate_metabolism_II:_acetyl-CoA,_acetogenesis_from_pyruvate  master:SvetaG  
 Queuosine-Archaeosine_Biosynthesis      master:vcrecy  
 Quorum_Sensing:_Autoinducer-2_Synthesis master:AndrewJ  
 Respiratory_Complex_I   master:OlgaV  
 Respiratory_dehydrogenases_1    master:OlgaV  
 Riboflavin_metabolism   master:rodionov  
 Ribonuclease_P_archaeal_and_eukaryal    master:gjo  
 Ribonucleotide_reduction        master:rodionov  
 Ribosome_biogenesis_bacterial   master:gjo  
 Ribosome_LSU_bacterial  master:gjo  
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 Ribosome_LSU_eukaryotic_and_archaeal    master:gjo  
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 Ribosome_SSU_bacterial  master:gjo  
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 Ribosome_SSU_eukaryotic_and_archaeal    master:gjo  
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 RNA_3'-terminal_phosphate_cyclase       master:gjo  
 RNA_polymerase_archaeal master:gjo  
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 RNA_polymerase_I        master:gjo  
 RNA_polymerase_II       master:gjo  
 RNA_polymerase_II_initiation_factors    master:gjo  
 RNA_polymerase_III      master:gjo  
 Rrf2_family_transcriptional_regulators  master:rodionov  
 SA:14-24        master:RossO  
 Salicylate_ester_degradation    master:OlgaV  
 Selenocysteine_metabolism       master:gjo  
 Serine-glyoxylate_cycle master:OlgaV  
 Serine_Biosynthesis     master:MikeK  
 Sialic_Acid_Metabolism  master:OlgaZ  
 Sodium_Hydrogen_Antiporter      master:JenZ  
 Soluble_cytochromes_and_functionally_related_electron_carriers  master:OlgaV  
 SpeB-SpeF_extended_regulon      master:RamyA  
 Spliceosome     master:gjo  
 Spore_Coat      master:RickS  
 Streptococcal_Mga_Regulon       master:RamyA  
 Streptococcus_pneumoniae_Vancomycin_Tolerance_Locus     master:RamyA  
 Streptococcus_pyogenes_recombinatorial_zone     master:RamyA  
 Streptococcus_pyogenes_Virulome master:RamyA  
 Streptolysin_S_Biosynthesis_and_Transport       master:RamyA  
 Streptomycin_biosynthesis       master:OlgaV  
 Succinate_dehydrogenase master:OlgaV  
 Sugar-phosphate_stress_regulation       master:gjo  
 Sulfate_to_Sulfide      master:RobE  
 Taurine_Utilization     master:RobE  
 TCA_Cycle       master:OlgaV  
 Teichoic_and_lipoteichoic_acids_biosynthesis    master:OlgaV  
 Teichuronic_acid_biosynthesis   master:OlgaV  
 Terminal_cytochrome_C_oxidases  master:OlgaV  
 Terminal_cytochrome_oxidases    master:OlgaV  
 Tetrathionate_respiration       master:gjo  
 The_Tartronate_Semialdehyde_Hub master:RossO  
 Thiamin_biosynthesis    master:rodionov  
 Thioredoxin-disulfide_reductase master:gjo  
 Threonine_degradation   master:OlgaV  
 Threonine_synthesis     master:MikeK  
 Transcription_factors_bacterial master:gjo  
 Transcription_factors_cyanobacterial_RpoD-like_sigma_factors    master:gjo  
 Translation_elongation_factors_eukaryotic_and_archaeal  master:gjo  
 Translation_factors_bacterial   master:gjo  
 Translation_initiation_factors_eukaryotic_and_archaeal  master:gjo  
 Transport_of_Nickel_and_Cobalt  master:rodionov  
 Tricarballylate_Utilization     master:RossO  
 tRNA_aminoacylation     master:gjo  
 tRNA_aminoacylation,_mitochondrial      master:gjo  
 tRNA_processing master:gjo  
 tRNA_splicing   master:gjo  
 Tryptophan_synthesis    master:VeronikaV  
 Two-component_regulatory_systems_in_Campylobacter       master:OlgaZ  
 Tyrosine_synthesis      master:MikeK  
 Ubiquinone_Biosynthesis master:OlgaZ  
 Ubiquinone_Menaquinone-cytochrome_c_reductase_complexes master:OlgaV  
 UDP-N-acetylmuramate_from_Fructose-6-phosphate_Biosynthesis     master:vasiliyP  
 Universal_GTPases       master:gjo  
 Urea_decomposition      master:rodionov  
 Utilization_of_glutathione_as_a_sulphur_source  master:OlgaV  
 V-Type_ATP_synthase     master:RickS  
 Vibrio_pathogenicity_island     master:JenZ  
 Wyeosine-MimG_Biosynthesis      master:vcrecy  
 Xylose_utilization      master:rodionov  
 yrdC    master:vcrecy  
 //  
97  END  END
98  ;  ;
99      return split(/\n/,$x);      my @parms = split(/\n/,$x);
100        my $fig = new FIG;
101        my @trusted_subsystems = map { my $sub = $_; my $curr = $fig->subsystem_curator($sub);
102                                       "$sub\t$curr\n"
103                                     }
104                                 grep { $fig->usable_subsystem($_) }
105                                 $fig->all_subsystems;
106        push(@parms,@trusted_subsystems,"//\n");
107        return @parms;
108  }  }
109    
110    
111  sub choose_best_assignment {  sub choose_best_assignment {
112      my($fig,$parms,$pegs,$external_ids) = @_;      my($fig,$parms,$pegs,$external_ids,$ignore) = @_;
113      my($peg,$id);      my($peg,$id);
114    
115      my $functions = {};      my $functions = {};
# Line 367  Line 117 
117      {      {
118          &load_peg_function($fig,$parms,$peg,$functions);          &load_peg_function($fig,$parms,$peg,$functions);
119      }      }
120        my @tmp = keys(%$functions);
121        print STDERR &Dumper(['peg check',\@tmp,$functions]) if ($ENV{'DEBUG'} || $ENV{'VERBOSE'});
122    
123        if ((@tmp == 1) && (@$pegs >= 5)) { return $tmp[0] }
124    
125      foreach $id (@$external_ids)      foreach $id (@$external_ids)
126      {      {
# Line 395  Line 149 
149      my($fig,$parms,$functions) = @_;      my($fig,$parms,$functions) = @_;
150      my($set,$score,$best_source,$poss_function);      my($set,$score,$best_source,$poss_function);
151      my(@scored);      my(@scored);
   
152      my @partitions = &SameFunc::group_funcs(keys(%$functions));      my @partitions = &SameFunc::group_funcs(keys(%$functions));
153      if ($ENV{'VERBOSE'}) {  print STDERR "partition: ",&Dumper(\@partitions,$functions); }      if ($ENV{'VERBOSE'}) {  print STDERR "partition: ",&Dumper(\@partitions,$functions); }
154    
155      foreach $set (@partitions)      foreach $set (@partitions)
156      {      {
157          $score = &score_set($set,$functions);          $score = &score_set($set,$functions);
158  #       print STDERR &Dumper([$score,$set]);          if ($ENV{'DEBUG'}) { print STDERR &Dumper([$score,$set]); }
159    
160  #       print STDERR "picking from set ",&Dumper($set);          if ($ENV{'DEBUG'}) { print STDERR "picking from set ",&Dumper($set); }
161          ($poss_function,$best_source) = &pick_specific($fig,$parms,$set,$functions);          ($poss_function,$best_source) = &pick_specific($fig,$parms,$set,$functions);
162  #       print STDERR "picked $poss_function from $best_source\n";          if ($ENV{'DEBUG'}) { print STDERR "picked $poss_function from $best_source\n"; }
163          push(@scored,[$score,$poss_function,$best_source]);          push(@scored,[$score,$poss_function,$best_source]);
164      }      }
165      @scored = sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @scored;      @scored = sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @scored;
# Line 495  Line 248 
248          {          {
249              $value += $_;              $value += $_;
250          }          }
   
251          my $subv = 0;          my $subv = 0;
252          my @subs = $fig->peg_to_subsystems($peg);          my @subs = ();
253            foreach my $sub ($fig->peg_to_subsystems($peg))
254            {
255                if (1) # (&solid_sub_assign($fig,$sub,$peg,$func))
256                {
257                    push(@subs,$sub);
258                }
259            }
260          my $sub;          my $sub;
261          my $in_sub = 0;          my $in_sub = 0;
262          foreach $sub (@subs)          foreach $sub (@subs)
# Line 516  Line 275 
275      }      }
276  }  }
277    
278    sub solid_sub_assign {
279        my($fig,$sub,$peg,$func) = @_;
280    
281        my $curator = $fig->subsystem_curator($sub);
282        $curator =~ s/^master://;
283        return ($fig->usable_subsystem($sub) && &made_by_curator($fig,$peg,$func,$curator));
284    }
285    
286    sub made_by_curator {
287        my($fig,$peg,$func,$curator) = @_;
288    
289        my @ann = $fig->feature_annotations($peg,"rawtime");
290        my $i;
291        my $funcQ = quotemeta $func;
292        for ($i=$#ann;
293             ($i >= 0) && (($ann[$i]->[2] !~ /$curator/) || ($ann[$i]->[3] !~ /Set \S+ function to\n$funcQ/s));
294             $i--) {}
295        return ($i >= 0);
296    }
297    
298  sub equivalent_ids {  sub equivalent_ids {
299      my($fig,$parms,$pegs) = @_;      my($fig,$parms,$pegs) = @_;
300      my($peg,@aliases,$alias,%external_ids,%pegs,$tuple);      my($peg,@aliases,$alias,%external_ids,%pegs,$tuple);

Legend:
Removed from v.1.8  
changed lines
  Added in v.1.16

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