[Bio] / FigKernelPackages / Assignments.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Assignments.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.16, Tue Jun 12 21:35:35 2007 UTC revision 1.17, Wed Sep 10 20:09:55 2008 UTC
# Line 25  Line 25 
25  sub default_parms {  sub default_parms {
26    
27      my $x = <<END      my $x = <<END
 genome  198214.1        15      Shigella flexneri 2a str. 301  
 genome  198215.1        15      Shigella flexneri 2a str. 2457T  
 genome  216598.1        15      Shigella dysenteriae M131649  
 genome  216599.1        15      Shigella sonnei 53G  
 genome  630.2   15      Yersinia enterocolitica 8081  
 genome  633.2   15      Yersinia pseudotuberculosis (Livermore)  
 genome  187410.1        15      Yersinia pestis KIM  
 genome  214092.1        15      Yersinia pestis CO92  
 genome  229193.1        15      Yersinia pestis biovar Medievalis str. 91001  
 genome  273123.1        15      Yersinia pseudotuberculosis IP 32953  
 genome  594.1   15      Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum  
 genome  99287.1 15      Salmonella typhimurium LT2  
 genome  119912.1        15      Salmonella enterica serovar Choleraesuis SC-B67  
 genome  209261.1        15      Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi Ty2  
 genome  220341.1        15      Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18  
 genome  83333.1 15      Escherichia coli K12  
 genome  83334.1 15      Escherichia coli O157:H7  
 genome  155864.1        15      Escherichia coli O157:H7 EDL933  
 genome  199310.1        15      Escherichia coli CFT073  
 genome  216592.1        15      Escherichia coli 042  
 genome  216593.1        15      Escherichia coli E2348/69  
 genome  192222.1        15      Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168  
 genome  224308.1        15      Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168  
 genome  196600.1        15      Vibrio vulnificus YJ016  
 genome  216895.1        15      Vibrio vulnificus CMCP6  
 genome  223926.1        15      Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633  
 genome  243277.1        15      Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961  
 genome  312309.3        15      Vibrio fischeri ES114  
 genome  314290.3        15      Vibrio sp. MED222  
 genome  314291.3        15      Vibrio splendidus 12B01  
 genome  192222.1        15      Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168  
 genome  195099.3        15      Campylobacter jejuni RM1221  
 genome  306254.1        15      Campylobacter coli RM2228  
 genome  306263.1        15      Campylobacter lari RM2100  
 genome  306264.1        15      Campylobacter upsaliensis RM3195  
 genome  169963.1        15      Listeria monocytogenes EGD-e  
 genome  265669.1        15      Listeria monocytogenes str. 4b F2365  
 genome  267409.1        15      Listeria monocytogenes str. 1/2a F6854  
 genome  267410.1        15      Listeria monocytogenes str. 4b H7858  
 genome  272626.1        15      Listeria innocua Clip11262  
 genome  1314.1          15      Streptococcus pyogenes M5  
 genome  160490.1        15      Streptococcus pyogenes M1 GAS  
 genome  170187.1        15      Streptococcus pneumoniae TIGR4  
 genome  171101.1        15      Streptococcus pneumoniae R6  
 genome  186103.1        15      Streptococcus pyogenes MGAS8232  
 genome  193567.1        15      Streptococcus pyogenes SSI-1  
 genome  198466.1        15      Streptococcus pyogenes MGAS315  
 genome  205921.3        15      Streptococcus agalactiae A909  
 genome  208435.1        15      Streptococcus agalactiae 2603V/R  
 genome  210007.1        15      Streptococcus mutans UA159  
 genome  211110.1        15      Streptococcus agalactiae NEM316  
 genome  246201.1        15      Streptococcus mitis NCTC 12261  
 genome  264199.3        15      Streptococcus thermophilus LMG 18311  
 genome  286636.1        15      Streptococcus pyogenes MGAS10394  
 genome  293653.3        15      Streptococcus pyogenes MGAS5005  
 genome  299768.3        15      Streptococcus thermophilus CNRZ1066  
 genome  319701.3        15      Streptococcus pyogenes MGAS6180  
 genome  93062.4         15      Staphylococcus aureus subsp. aureus COL  
 genome  158878.1        15      Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50  
 genome  158879.1        15      Staphylococcus aureus subsp. aureus N315  
 genome  176279.3        15      Staphylococcus epidermidis RP62A  
 genome  176280.1        15      Staphylococcus epidermidis ATCC 12228  
 genome  196620.1        15      Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2  
 genome  282458.1        15      Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252  
 genome  282459.1        15      Staphylococcus aureus subsp. aureus MSSA476  
28  external        sp      4  external        sp      4
29    external        img     4
30  external        uni     1.3  external        uni     1.3
31  external        kegg    1  external        kegg    1
32  subsystems      trusted 20  external        gi      1
33  END  END
34  ;  ;
35    #
36    # TO PUT FIG ANNOTATIONS BACK IN ADD THE FOLLOWING LINE
37    #######################################################
38    #subsystems     trusted 20
39    #######################################################
40    # You may also improve things by adding lines like:
41    #
42    #genome 83333.1 15      Escherichia coli K12
43    #
44    #######################################################
45    
46      my @parms = split(/\n/,$x);      my @parms = split(/\n/,$x);
47      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
48      my @trusted_subsystems = map { my $sub = $_; my $curr = $fig->subsystem_curator($sub);      my @trusted_subsystems = map { my $sub = $_; my $curr = $fig->subsystem_curator($sub);

Legend:
Removed from v.1.16  
changed lines
  Added in v.1.17

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3