[Bio] / FigKernelPackages / Assignments.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Assignments.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.11, Wed May 3 13:18:22 2006 UTC revision 1.12, Wed May 3 15:55:21 2006 UTC
# Line 25  Line 25 
25  sub default_parms {  sub default_parms {
26    
27      my $x = <<END      my $x = <<END
28  genome  198214.1        5       Shigella flexneri 2a str. 301  genome  198214.1        15      Shigella flexneri 2a str. 301
29  genome  198215.1        5       Shigella flexneri 2a str. 2457T  genome  198215.1        15      Shigella flexneri 2a str. 2457T
30  genome  216598.1        5       Shigella dysenteriae M131649  genome  216598.1        15      Shigella dysenteriae M131649
31  genome  216599.1        5       Shigella sonnei 53G  genome  216599.1        15      Shigella sonnei 53G
32  genome  630.2   5       Yersinia enterocolitica 8081  genome  630.2   15      Yersinia enterocolitica 8081
33  genome  633.2   5       Yersinia pseudotuberculosis (Livermore)  genome  633.2   15      Yersinia pseudotuberculosis (Livermore)
34  genome  187410.1        5       Yersinia pestis KIM  genome  187410.1        15      Yersinia pestis KIM
35  genome  214092.1        5       Yersinia pestis CO92  genome  214092.1        15      Yersinia pestis CO92
36  genome  229193.1        5       Yersinia pestis biovar Medievalis str. 91001  genome  229193.1        15      Yersinia pestis biovar Medievalis str. 91001
37  genome  273123.1        5       Yersinia pseudotuberculosis IP 32953  genome  273123.1        15      Yersinia pseudotuberculosis IP 32953
38  genome  594.1   5       Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum  genome  594.1   15      Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum
39  genome  99287.1 5       Salmonella typhimurium LT2  genome  99287.1 15      Salmonella typhimurium LT2
40  genome  119912.1        5       Salmonella enterica serovar Choleraesuis SC-B67  genome  119912.1        15      Salmonella enterica serovar Choleraesuis SC-B67
41  genome  209261.1        5       Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi Ty2  genome  209261.1        15      Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi Ty2
42  genome  220341.1        5       Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18  genome  220341.1        15      Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18
43  genome  83333.1 5       Escherichia coli K12  genome  83333.1 15      Escherichia coli K12
44  genome  83334.1 5       Escherichia coli O157:H7  genome  83334.1 15      Escherichia coli O157:H7
45  genome  155864.1        5       Escherichia coli O157:H7 EDL933  genome  155864.1        15      Escherichia coli O157:H7 EDL933
46  genome  199310.1        5       Escherichia coli CFT073  genome  199310.1        15      Escherichia coli CFT073
47  genome  216592.1        5       Escherichia coli 042  genome  216592.1        15      Escherichia coli 042
48  genome  216593.1        5       Escherichia coli E2348/69  genome  216593.1        15      Escherichia coli E2348/69
49  genome  192222.1        5       Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168  genome  192222.1        15      Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168
50  genome  224308.1        5       Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168  genome  224308.1        15      Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
51  genome  196600.1        5       Vibrio vulnificus YJ016  genome  196600.1        15      Vibrio vulnificus YJ016
52  genome  216895.1        5       Vibrio vulnificus CMCP6  genome  216895.1        15      Vibrio vulnificus CMCP6
53  genome  223926.1        5       Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633  genome  223926.1        15      Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
54  genome  243277.1        5       Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961  genome  243277.1        15      Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
55  genome  312309.3        5       Vibrio fischeri ES114  genome  312309.3        15      Vibrio fischeri ES114
56  genome  314290.3        5       Vibrio sp. MED222  genome  314290.3        15      Vibrio sp. MED222
57  genome  314291.3        5       Vibrio splendidus 12B01  genome  314291.3        15      Vibrio splendidus 12B01
58  genome  192222.1        5       Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168  genome  192222.1        15      Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168
59  genome  195099.3        5       Campylobacter jejuni RM1221  genome  195099.3        15      Campylobacter jejuni RM1221
60  genome  306254.1        5       Campylobacter coli RM2228  genome  306254.1        15      Campylobacter coli RM2228
61  genome  306263.1        5       Campylobacter lari RM2100  genome  306263.1        15      Campylobacter lari RM2100
62  genome  306264.1        5       Campylobacter upsaliensis RM3195  genome  306264.1        15      Campylobacter upsaliensis RM3195
63  genome  169963.1        5       Listeria monocytogenes EGD-e  genome  169963.1        15      Listeria monocytogenes EGD-e
64  genome  265669.1        5       Listeria monocytogenes str. 4b F2365  genome  265669.1        15      Listeria monocytogenes str. 4b F2365
65  genome  267409.1        5       Listeria monocytogenes str. 1/2a F6854  genome  267409.1        15      Listeria monocytogenes str. 1/2a F6854
66  genome  267410.1        5       Listeria monocytogenes str. 4b H7858  genome  267410.1        15      Listeria monocytogenes str. 4b H7858
67  genome  272626.1        5       Listeria innocua Clip11262  genome  272626.1        15      Listeria innocua Clip11262
68  genome  1314.1          5       Streptococcus pyogenes M5  genome  1314.1          15      Streptococcus pyogenes M5
69  genome  160490.1        5       Streptococcus pyogenes M1 GAS  genome  160490.1        15      Streptococcus pyogenes M1 GAS
70  genome  170187.1        5       Streptococcus pneumoniae TIGR4  genome  170187.1        15      Streptococcus pneumoniae TIGR4
71  genome  171101.1        5       Streptococcus pneumoniae R6  genome  171101.1        15      Streptococcus pneumoniae R6
72  genome  186103.1        5       Streptococcus pyogenes MGAS8232  genome  186103.1        15      Streptococcus pyogenes MGAS8232
73  genome  193567.1        5       Streptococcus pyogenes SSI-1  genome  193567.1        15      Streptococcus pyogenes SSI-1
74  genome  198466.1        5       Streptococcus pyogenes MGAS315  genome  198466.1        15      Streptococcus pyogenes MGAS315
75  genome  205921.3        5       Streptococcus agalactiae A909  genome  205921.3        15      Streptococcus agalactiae A909
76  genome  208435.1        5       Streptococcus agalactiae 2603V/R  genome  208435.1        15      Streptococcus agalactiae 2603V/R
77  genome  210007.1        5       Streptococcus mutans UA159  genome  210007.1        15      Streptococcus mutans UA159
78  genome  211110.1        5       Streptococcus agalactiae NEM316  genome  211110.1        15      Streptococcus agalactiae NEM316
79  genome  246201.1        5       Streptococcus mitis NCTC 12261  genome  246201.1        15      Streptococcus mitis NCTC 12261
80  genome  264199.3        5       Streptococcus thermophilus LMG 18311  genome  264199.3        15      Streptococcus thermophilus LMG 18311
81  genome  286636.1        5       Streptococcus pyogenes MGAS10394  genome  286636.1        15      Streptococcus pyogenes MGAS10394
82  genome  293653.3        5       Streptococcus pyogenes MGAS5005  genome  293653.3        15      Streptococcus pyogenes MGAS5005
83  genome  299768.3        5       Streptococcus thermophilus CNRZ1066  genome  299768.3        15      Streptococcus thermophilus CNRZ1066
84  genome  319701.3        5       Streptococcus pyogenes MGAS6180  genome  319701.3        15      Streptococcus pyogenes MGAS6180
85  genome  93062.4         5       Staphylococcus aureus subsp. aureus COL  genome  93062.4         15      Staphylococcus aureus subsp. aureus COL
86  genome  158878.1        5       Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50  genome  158878.1        15      Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50
87  genome  158879.1        5       Staphylococcus aureus subsp. aureus N315  genome  158879.1        15      Staphylococcus aureus subsp. aureus N315
88  genome  176279.3        5       Staphylococcus epidermidis RP62A  genome  176279.3        15      Staphylococcus epidermidis RP62A
89  genome  176280.1        5       Staphylococcus epidermidis ATCC 12228  genome  176280.1        15      Staphylococcus epidermidis ATCC 12228
90  genome  196620.1        5       Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2  genome  196620.1        15      Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2
91  genome  282458.1        5       Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252  genome  282458.1        15      Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252
92  genome  282459.1        5       Staphylococcus aureus subsp. aureus MSSA476  genome  282459.1        15      Staphylococcus aureus subsp. aureus MSSA476
93  external        sp      4  external        sp      4
94  external        uni     1.3  external        uni     1.3
95  external        kegg    1  external        kegg    1
# Line 156  Line 156 
156      foreach $set (@partitions)      foreach $set (@partitions)
157      {      {
158          $score = &score_set($set,$functions);          $score = &score_set($set,$functions);
159  #       print STDERR &Dumper([$score,$set]);          if ($ENV{'DEBUG'}) { print STDERR &Dumper([$score,$set]); }
160    
161  #       print STDERR "picking from set ",&Dumper($set);          if ($ENV{'DEBUG'}) { print STDERR "picking from set ",&Dumper($set); }
162          ($poss_function,$best_source) = &pick_specific($fig,$parms,$set,$functions);          ($poss_function,$best_source) = &pick_specific($fig,$parms,$set,$functions);
163  #       print STDERR "picked $poss_function from $best_source\n";          if ($ENV{'DEBUG'}) { print STDERR "picked $poss_function from $best_source\n"; }
164          push(@scored,[$score,$poss_function,$best_source]);          push(@scored,[$score,$poss_function,$best_source]);
165      }      }
166      @scored = sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @scored;      @scored = sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @scored;
# Line 249  Line 249 
249          {          {
250              $value += $_;              $value += $_;
251          }          }
   
252          my $subv = 0;          my $subv = 0;
253          my @subs = $fig->peg_to_subsystems($peg);          my @subs = $fig->peg_to_subsystems($peg);
254          my $sub;          my $sub;

Legend:
Removed from v.1.11  
changed lines
  Added in v.1.12

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3