[Bio] / DrugTargets / drug_targets_table.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /DrugTargets/drug_targets_table.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.2, Wed Aug 10 22:26:14 2005 UTC revision 1.3, Wed Aug 10 23:26:45 2005 UTC
# Line 48  Line 48 
48          chomp;          chomp;
49          if (/^\#/) {          if (/^\#/) {
50              next if ($ignore_comment);              next if ($ignore_comment);
51              (/orgs=(.*)/i) && ($def_org = $1, $def_cat = $def_tag = $def_url = undef);              (/orgs=(.*\w)/i) && ($def_org = $1, $def_cat = $def_tag = $def_url = undef);
52              (/cat=(.*)/i)  && ($def_cat = $1);              (/cat=(.*\w)/i)  && ($def_cat = $1);
53              (/tag=(.*)/i)  && ($def_tag = $1);              (/tag=(.*\w)/i)  && ($def_tag = $1);
54              (/url=(\S+)/i) && ($def_url = $1);              (/url=(\S+)/i) && ($def_url = $1);
55              next;              next;
56          }          }
# Line 64  Line 64 
64          @cols = split(/\t/);          @cols = split(/\t/);
65    
66          if ($gene = $cols[0]) {          if ($gene = $cols[0]) {
67              if ($gene =~ /(\S+)\,\s*(.*)/) {              if ($gene =~ /(\S+)\,\s*(.*\w)/) {
68                  $gene = $1;                  $gene = $1;
69                  $tag = $2;                  $tag = $2;
70              }              }
# Line 76  Line 76 
76              $cat = $cols[1] ? $cols[1] : $cat;              $cat = $cols[1] ? $cols[1] : $cat;
77              $url = $cols[2] ? $cols[2] : $url;              $url = $cols[2] ? $cols[2] : $url;
78              $gene_u = "<a href=$url>$gene</a>" if ($gene);              $gene_u = "<a href=$url>$gene</a>" if ($gene);
             $peg_len = $fig->translation_length($peg);  
79    
80              # funtion role              # funtion role
81              $role = $fig->function_of($peg);              $role = $fig->function_of($peg);
# Line 114  Line 113 
113              # prodist              # prodist
114              my ($peg_len, $pdb_len, $dist) = get_dist($peg, $pdb) if ($pdb);              my ($peg_len, $pdb_len, $dist) = get_dist($peg, $pdb) if ($pdb);
115              my $dist_u = "<a href=peg_pdb_align.cgi?peg=$peg&pdb=$pdb>$dist</a>" if ($pdb);              my $dist_u = "<a href=peg_pdb_align.cgi?peg=$peg&pdb=$pdb>$dist</a>" if ($pdb);
116                my $peg_len = $fig->translation_length($peg);
117    
118              # pass info for pdb free              # pass info for pdb free
119              my ($pass, $pass_maxwgt, $pass_gif) = get_pass($pdb) if ($pdb);              my ($pass, $pass_maxwgt, $pass_gif) = get_pass($pdb) if ($pdb);
# Line 127  Line 127 
127    
128              @row_u = ($cat, $gene_u, $geneId, $peg_u, $peg_len, $gid_u, $uniId_u, $role, $cons, $pdb_bound_u, $escore_bound, $pdb_u, $escore, $pdb_title, $pdb_len, $dist_u, $pass_u, $pass_maxwgt, $clibe_u);              @row_u = ($cat, $gene_u, $geneId, $peg_u, $peg_len, $gid_u, $uniId_u, $role, $cons, $pdb_bound_u, $escore_bound, $pdb_u, $escore, $pdb_title, $pdb_len, $dist_u, $pass_u, $pass_maxwgt, $clibe_u);
129    
130              if (FCSV) {print FCSV join(",", @row) . "\n";}              @row_e= ($cat, "\"$gene\"", "\"$geneId\"", $peg, $peg_len, "\"$gid\"", "\"$uniId\"", "\"$role\"", $cons, $pdb_bound, $escore_bound, $pdb, $escore, "\"$pdb_title\"", $pdb_len, $dist, $pass, $pass_maxwgt, "\"$clibe\"");
131    
132                if (FCSV) {print FCSV join(",", @row_e) . "\n";}
133    
134              if ($webpage) {              if ($webpage) {
135                  print gen_html("row", @row_u);                  print gen_html("row", @row_u);

Legend:
Removed from v.1.2  
changed lines
  Added in v.1.3

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3