[Bio] / DomReg / scripts / add_BindingSite_and_BSMotif_to_FIGRegulons.pl Repository:
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Annotation of /DomReg/scripts/add_BindingSite_and_BSMotif_to_FIGRegulons.pl

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1 : mkubal 1.1 #!/usr/bin/env /home/bartels/FIGdisk/env/cee/bin/perl
2 :    
3 :     #use strict;
4 :     #use warnings;
5 :    
6 :     use lib '/home/mkubal/PPO/';
7 :     use lib '/home/mkubal/DomReg/';
8 :     use DBMaster;
9 :    
10 :     my $dbmaster = DBMaster->new('FIGRegulons');
11 :    
12 :     #$DataSource_name = shift(@ARGV);
13 :     #$DataSource_version = shift(@ARGV);
14 :    
15 :     $DataSource_name = "RegTransbase";
16 :     $DataSource_version = "20060209_1006";
17 :    
18 :     my $source_objs;
19 :     my $source_obj;
20 :    
21 :     $source_objs = $dbmaster->DataSource->get_objects( { 'name' => $DataSource_name,
22 :     'version' => $DataSource_version
23 :     } );
24 :     if(!scalar(@$source_objs)){
25 :     $source_obj = $dbmaster->DataSource->create( { 'name' => $DataSource_name,
26 :     'version' => $DataSource_version
27 :     } );
28 :     }
29 :     else{
30 :     $source_obj = $source_objs->[0];
31 :     }
32 :    
33 :     open(IN,"/home/mkubal/DomReg/data/site_table.txt");
34 :     while($_ = <IN>){
35 :     chomp($_);
36 :     @parts = split("\t",$_);
37 :     $rtb_site_id = $parts[0];
38 :     $name = $parts[1];
39 :     $start = $parts[2];
40 :     $stop = $parts[3];
41 :     $regulator_peg = $parts[4];
42 :     $sequence = $parts[5];
43 :     $genome = $parts[6];
44 :     $contig = $parts[7];
45 :     $signature = $parts[8];
46 :     $structure = $parts[9];
47 :    
48 :     my $regulator_instance_obj, $bsmotif_obj, $bindingsite_obj, $Regulator;
49 :     $regulator_instance_obj = $dbmaster->RegulatorInstance->get_objects( { 'figid' => $regulator_peg } );
50 :     $regulator_instance = $regulator_instance_obj->[0];
51 :     if($regulator_instance){
52 :     $Regulator = $regulator_instance->Regulator();
53 :     }
54 :    
55 :     $bsmotif_obj = $dbmaster->BSMotif->get_objects( { 'consensus' => $signature } );
56 :     if(!scalar(@$bsmotif_obj)){
57 :     if($Regulator){
58 :     $bsmotif_obj = $dbmaster->BSMotif->create( { 'name' => $name,
59 :     'consensus' => $signature,
60 :     'structure' => $structure,
61 :     'Regulator'=> $Regulator,
62 :     'DataSource' => $source_obj
63 :     });
64 :     }
65 :     else{
66 :     $bsmotif_obj = $dbmaster->BSMotif->create( { 'name' => $name,
67 :     'consensus' => $signature,
68 :     'structure' => $structure,
69 :     'DataSource' => $source_obj
70 :     });
71 :    
72 :     }
73 :     $bsmotif = $bsmotif_obj;
74 :     }
75 :     else{
76 :     $bsmotif = $bsmotif_obj->[0];
77 :     }
78 :    
79 :     $bindingsite_obj = $dbmaster->BindingSite->get_objects( { 'RTBID' => $rtb_site_id } );
80 :     if(!scalar(@$bindingsite_obj)){
81 :     $bindingsite_obj = $dbmaster->BindingSite->create( { 'RTBID' => $rtb_site_id,
82 :     'name' => $name,
83 :     'start' => $start,
84 :     'stop' => $stop,
85 :     'contig' => $contig,
86 :     'RegulatorInstance' => $regulator_instance,
87 :     'sequence' => $sequence,
88 :     'organism' => $genome,
89 :     'contig' => $contig,
90 :     'BSMotif' => $bsmotif,
91 :     'DataSource' => $source_obj
92 :     } );
93 :    
94 :     }
95 :     }

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