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revision 1.6, Tue Oct 19 21:55:53 2010 UTC revision 1.7, Fri Oct 22 15:12:00 2010 UTC
# Line 158  Line 158 
158                                      go_m = gb_go_re.match(goid)                                      go_m = gb_go_re.match(goid)
159                                      if go_m:                                      if go_m:
160                                          desc = gb_go_rm.sub('', go_m.group(2))                                          desc = gb_go_rm.sub('', go_m.group(2))
161                                          ont_f.write("\t".join([md5, go_m.group(1), desc, gtype.replace('_',':'), source]) + "\n")                                          ont_f.write("\t".join([md5, go_m.group(1), desc, gtype.replace('_',':')]) + "\n")
162                      seq_f.write("%s\t%s\n" %(md5, seq))                      seq_f.write("%s\t%s\n" %(md5, seq))
163                      prot_f.write("\t".join([md5, fid, func, org, source, str(beg), str(end), str(strd), cid, cdesc, str(clen)]) + "\n")                      prot_f.write("\t".join([md5, fid, func, org, source, str(beg), str(end), str(strd), cid, cdesc, str(clen)]) + "\n")
164                      if ('db_xref' in feat.qualifiers) and (len(feat.qualifiers['db_xref']) > 0):                      if ('db_xref' in feat.qualifiers) and (len(feat.qualifiers['db_xref']) > 0):
# Line 180  Line 180 
180                      go_m = up_go_re.match(ref)                      go_m = up_go_re.match(ref)
181                      # output GO ontology                      # output GO ontology
182                      if go_m and get_ont:                      if go_m and get_ont:
183                          ont_f.write("\t".join([md5, go_m.group(1), '', 'GO', source]) + "\n")                          ont_f.write("\t".join([md5, go_m.group(1), '', 'GO']) + "\n")
184                      else:                      else:
185                          ref_str += "\t" + ref                          ref_str += "\t" + ref
186                  ref_f.write(ref_str + "\n")                  ref_f.write(ref_str + "\n")
# Line 206  Line 206 
206                      prot_f.write("\t".join([md5, rec.id, f[1], org, source]) + "\n")                      prot_f.write("\t".join([md5, rec.id, f[1], org, source]) + "\n")
207                      ogid_m = ogid_re.match(f[0])                      ogid_m = ogid_re.match(f[0])
208                      if ogid_m:                      if ogid_m:
209                          ont_f.write("\t".join([md5, f[0], f[1], ogid_m.group(1), source]) + "\n")                          ont_f.write("\t".join([md5, f[0], f[1], ogid_m.group(1)]) + "\n")
210              else:              else:
211                  prot_f.write("\t".join([md5, rec.id, func, org, source]) + "\n")                  prot_f.write("\t".join([md5, rec.id, func, org, source]) + "\n")
212          return parse_fasta          return parse_fasta
# Line 224  Line 224 
224              if get_ont and ('orthology' in rec.annotations):              if get_ont and ('orthology' in rec.annotations):
225                  orth = rec.annotations['orthology']                  orth = rec.annotations['orthology']
226                  for oid, odesc in orth.iteritems():                  for oid, odesc in orth.iteritems():
227                      ont_f.write("\t".join([md5, oid, odesc, 'KO', source]) + "\n")                      ont_f.write("\t".join([md5, oid, odesc, 'KO']) + "\n")
228              seq_f.write("%s\t%s\n" %(md5, str(rec.seq)))              seq_f.write("%s\t%s\n" %(md5, str(rec.seq)))
229              prot_f.write("\t".join([md5, rec.id, rec.description, org, source]) + "\n")              prot_f.write("\t".join([md5, rec.id, rec.description, org, source]) + "\n")
230              if len(rec.dbxrefs) > 0:              if len(rec.dbxrefs) > 0:

Legend:
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changed lines
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