[Bio] / Babel / bin / babel.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /Babel/bin/babel.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.1, Thu Jul 7 21:51:21 2011 UTC revision 1.2, Thu Jul 28 19:18:28 2011 UTC
# Line 8  Line 8 
8    
9  use Getopt::Long;  use Getopt::Long;
10    
11    my $verbose = '';
12  my $id      = '';  my $id      = '';
13  my $md5     = '';  my $md5     = '';
14  my $verbose = '';  my $seq     = '';
15  my $org     = '';  my $org     = '';
16  my $func    = '';  my $func    = '';
17  my $analyze = 0 ;  my $analyze = 0 ;
# Line 20  Line 21 
21  my $option  = '';  my $option  = '';
22    
23  my $options = { md52id  => 1 ,  my $options = { md52id  => 1 ,
24                    md52seq => 1 ,
25                  id2md5  => 1 ,                  id2md5  => 1 ,
26                  md52overview => 1 ,                  md52overview => 1 ,
27                } ;                } ;
28    
29  GetOptions( "id=s"       =>\$id,  
30              "verbose!"   =>\$verbose,  GetOptions( "verbose!"   =>\$verbose,
31                "id=s"       =>\$id,
32                "sequence=s" =>\$seq ,
33              "md5=s"      =>\$md5,              "md5=s"      =>\$md5,
34              "organism=s" =>\$org,              "organism=s" =>\$org,
35              "function=s" =>\$func,              "function=s" =>\$func,
# Line 62  Line 66 
66  my $babel = M5NR->new( $dbh );  my $babel = M5NR->new( $dbh );
67    
68    
69  if($help or not $options->{$option} ){  if($help or not ( $options->{$option} or $seq ) ){
70      &help($babel) ;      &help($babel) ;
71      exit;      exit;
72  }  }
73    
74  if( $option eq 'md52id' ){  
75    if  ($seq){
76      output( [[$babel->sequence2md5($seq)]]);
77    }
78    elsif ($md5 and $option eq 'md52seq' ){
79      output( [[$babel->md5s2sequences([$md5])]]);
80    }
81    elsif( $option eq 'md52id' ){
82      my $rows = &md52id($babel , [$md5] , $source) ;      my $rows = &md52id($babel , [$md5] , $source) ;
83      output($rows);      output($rows);
84  }  }

Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.2

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3